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- 项目说明服务器TaiShan 200服务器(型号2280)CPU鲲鹏920 5250处理器内存无要求存储无要求磁盘分区/top空间建议保留100G+网络能访问互联网操作系统CentOS 7.6背景:cellranger因源码只开源到3.0.2版本,且3.0.2版本在跑cellranger count基因分析结果出图表报告使用到tsne算法,cellranger官网提供的cellranger二... 项目说明服务器TaiShan 200服务器(型号2280)CPU鲲鹏920 5250处理器内存无要求存储无要求磁盘分区/top空间建议保留100G+网络能访问互联网操作系统CentOS 7.6背景:cellranger因源码只开源到3.0.2版本,且3.0.2版本在跑cellranger count基因分析结果出图表报告使用到tsne算法,cellranger官网提供的cellranger二...
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- 云原生基础设施来帮忙,农作物基因测序不再难 云原生基础设施来帮忙,农作物基因测序不再难
- kentUtils是与UCSC基因组浏览器结合使用的一系列生物信息学实用程序。1 安装准备华为云购买一台鲲鹏服务器本文以云服务器KC1实例搭建,云服务器配置如表1-1所示。 表1-1 云服务器配置项目说明规格kc1.large.2 | 2vCPUs | 4GB磁盘系统盘:高IO(40GB) 表1-2 CentOS操作系统要求项目说明下载地址CentOS7.6在公共镜像中已提供。K... kentUtils是与UCSC基因组浏览器结合使用的一系列生物信息学实用程序。1 安装准备华为云购买一台鲲鹏服务器本文以云服务器KC1实例搭建,云服务器配置如表1-1所示。 表1-1 云服务器配置项目说明规格kc1.large.2 | 2vCPUs | 4GB磁盘系统盘:高IO(40GB) 表1-2 CentOS操作系统要求项目说明下载地址CentOS7.6在公共镜像中已提供。K...
- vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。本文档以“vcftools-0.1.16”为例进行说明1 安装准备华为云购买一台鲲鹏服务器本文以云服务器KC1实例搭建,云服务器配置如表1-1所示。表1-1 云服务器配置项目说明规格kc1.large.2... vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。本文档以“vcftools-0.1.16”为例进行说明1 安装准备华为云购买一台鲲鹏服务器本文以云服务器KC1实例搭建,云服务器配置如表1-1所示。表1-1 云服务器配置项目说明规格kc1.large.2...
- 1 介绍 PennCNV是一个免费软件工具,可从SNP基因分型阵列检测拷贝数变异(CNV)。目前,它可以处理来自Illumina和Affymetrix阵列的信号强度数据。通过适当准备文件格式,它还可以处理其他类型的SNP阵列和寡核苷酸阵列。PennCNV实现了一个隐藏的马尔可夫模型(HMM),该模型集成了多种信息源,以推断单个基因型样本的CNV调用。官网为:http://p... 1 介绍 PennCNV是一个免费软件工具,可从SNP基因分型阵列检测拷贝数变异(CNV)。目前,它可以处理来自Illumina和Affymetrix阵列的信号强度数据。通过适当准备文件格式,它还可以处理其他类型的SNP阵列和寡核苷酸阵列。PennCNV实现了一个隐藏的马尔可夫模型(HMM),该模型集成了多种信息源,以推断单个基因型样本的CNV调用。官网为:http://p...
- Qiime2 的作者是Rob Knight和Greg Caporaso, 主要用于微生物16S rRNA的基因的扩增子分析,用于物种的分类和群落结构分析。以下主要介绍Qiime2 的安装以及分析过程安装1.sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh2.编辑 .bashrc, 查看其中是否有以下内容# added by Miniconda3 installere... Qiime2 的作者是Rob Knight和Greg Caporaso, 主要用于微生物16S rRNA的基因的扩增子分析,用于物种的分类和群落结构分析。以下主要介绍Qiime2 的安装以及分析过程安装1.sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh2.编辑 .bashrc, 查看其中是否有以下内容# added by Miniconda3 installere...
- 第三代基因测序技术革新 云计算的应用一位准妈妈,在怀孕12-24周时,需要做唐氏儿的筛查,传统唐筛的方式准确率低,如果结果显示危险性高,那么准妈妈还需要做羊膜穿刺等进一步检查。 而今天,随着基因测序技术的发展,我们可以通过无创DNA检测的方式,利用DNA测序对母体外周血浆中的游离DNA基因片段进行测序,并将测序结果进行生物信息分析,可以从中得到胎儿的遗传信息,从而实现对唐氏儿的精准筛查。 ... 第三代基因测序技术革新 云计算的应用一位准妈妈,在怀孕12-24周时,需要做唐氏儿的筛查,传统唐筛的方式准确率低,如果结果显示危险性高,那么准妈妈还需要做羊膜穿刺等进一步检查。 而今天,随着基因测序技术的发展,我们可以通过无创DNA检测的方式,利用DNA测序对母体外周血浆中的游离DNA基因片段进行测序,并将测序结果进行生物信息分析,可以从中得到胎儿的遗传信息,从而实现对唐氏儿的精准筛查。 ...
- 均一度是指测序的reads在目标区域的测序深度均匀程度的度量。目前用的较多的是大于平均深度的20% 的碱基位点占目标区域碱基位点总数的比例。可以使用IGV去看测序reads在 hg19 基因组上的覆盖情况, 这样能更直观的看出均一度是怎么计算的。上图是用IGV定位到 8号染色体的 145743076bp 附近可以看出在Coverage 这个显示窗口,大部分位点的测序深度是在100 - 422... 均一度是指测序的reads在目标区域的测序深度均匀程度的度量。目前用的较多的是大于平均深度的20% 的碱基位点占目标区域碱基位点总数的比例。可以使用IGV去看测序reads在 hg19 基因组上的覆盖情况, 这样能更直观的看出均一度是怎么计算的。上图是用IGV定位到 8号染色体的 145743076bp 附近可以看出在Coverage 这个显示窗口,大部分位点的测序深度是在100 - 422...
- 研究者使用piggyBac转座子系统构建了CAR T细胞,通过对两例淋巴细胞瘤恶性转化患者的研究,发现转基因并没有整合到已知的癌基因中。 研究者使用piggyBac转座子系统构建了CAR T细胞,通过对两例淋巴细胞瘤恶性转化患者的研究,发现转基因并没有整合到已知的癌基因中。
- 关键词:液体活检;基因测序;变异检测;文献简介标题(英文):Serial circulating tumor DNA to predict early recurrence in patients with hepatocellular carcinoma: a prospective study标题(中文):连续循环肿瘤DNA检测可预测肝癌患者早期复发:一项前瞻性研究发表期刊:Molecu... 关键词:液体活检;基因测序;变异检测;文献简介标题(英文):Serial circulating tumor DNA to predict early recurrence in patients with hepatocellular carcinoma: a prospective study标题(中文):连续循环肿瘤DNA检测可预测肝癌患者早期复发:一项前瞻性研究发表期刊:Molecu...
- 介绍本文介绍了使用Sentieon®工具处理下一代测序数据的方法,同时利用分子条码信息(也称为唯一分子索引或UMI)。分子条码可以在测序之前在模板DNA分子的末端引入唯一标签,从而大大减少PCR重复和测序错误对变异调用过程的影响。Sentieon®工具提供从读数据中提取UMI标签和执行基于条码的一致性生成的功能。此流程预期输入是无适配器的条形码化读取数据。UMI一致性流程的输出是一个包含从条... 介绍本文介绍了使用Sentieon®工具处理下一代测序数据的方法,同时利用分子条码信息(也称为唯一分子索引或UMI)。分子条码可以在测序之前在模板DNA分子的末端引入唯一标签,从而大大减少PCR重复和测序错误对变异调用过程的影响。Sentieon®工具提供从读数据中提取UMI标签和执行基于条码的一致性生成的功能。此流程预期输入是无适配器的条形码化读取数据。UMI一致性流程的输出是一个包含从条...
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