- 1. 研究背景 RNA与蛋白质之间的相互作用在转录后的调节中起重大作用，因此需对RNA-蛋白质（RBP）之间的结合进行预测，但是实验手段的应用难以广泛开展。结构生物学实验只能检测某一个特定RNA与蛋白间的相互作用，而不能提供统计意义上的结合偏好的信息。而assay的方法可以提供结合的亲和力，但是没有办法抓住具体的结构上的结合构象的差异和细... 1. 研究背景 RNA与蛋白质之间的相互作用在转录后的调节中起重大作用，因此需对RNA-蛋白质（RBP）之间的结合进行预测，但是实验手段的应用难以广泛开展。结构生物学实验只能检测某一个特定RNA与蛋白间的相互作用，而不能提供统计意义上的结合偏好的信息。而assay的方法可以提供结合的亲和力，但是没有办法抓住具体的结构上的结合构象的差异和细...
- 2019年12月，洛桑联邦理工学院和瑞士生物信息研究所的研究者在nature methods上提出使用分子表面的化学和几何指纹，来预测蛋白质和其他分子间的相互作用。 1 介绍 蛋白质与其他生物分子之间的相互作用是大多数生物过程中蛋白质功能的基础。仅从结构预测这些相互作用仍然是结构生物学中最重要的挑战之一。许多程序通过利用蛋白质序列和结构中的进化特征有效... 2019年12月，洛桑联邦理工学院和瑞士生物信息研究所的研究者在nature methods上提出使用分子表面的化学和几何指纹，来预测蛋白质和其他分子间的相互作用。 1 介绍 蛋白质与其他生物分子之间的相互作用是大多数生物过程中蛋白质功能的基础。仅从结构预测这些相互作用仍然是结构生物学中最重要的挑战之一。许多程序通过利用蛋白质序列和结构中的进化特征有效...
- 研究背景 组织病理学可以追溯到19世纪，它一直是病理学中使用的黄金标准诊断方法之一。如果在医学检查之后或在外科手术期间需要活组织检查，则需要从患者身上取出组织样本，然后将其切成微米薄片。这些病理学切片包含有关组织病理状态的微观信息；然而，这种薄的切片是透明的，并且在标准光学显微镜下不能提供足够的对比度。组织化学利用标本的... 研究背景 组织病理学可以追溯到19世纪，它一直是病理学中使用的黄金标准诊断方法之一。如果在医学检查之后或在外科手术期间需要活组织检查，则需要从患者身上取出组织样本，然后将其切成微米薄片。这些病理学切片包含有关组织病理状态的微观信息；然而，这种薄的切片是透明的，并且在标准光学显微镜下不能提供足够的对比度。组织化学利用标本的...
- 词向量one hot编码词向量编码思想Word2VecEmbeddingSkip-gram的原理负采样 前言：深度学习网络rnn能解决有序的问题，我们就生活在这样一个有序的世界。比如时间，音乐，说话的句子，甚至一场比赛，比如最近正在举办的俄罗斯世界杯。... 词向量one hot编码词向量编码思想Word2VecEmbeddingSkip-gram的原理负采样 前言：深度学习网络rnn能解决有序的问题，我们就生活在这样一个有序的世界。比如时间，音乐，说话的句子，甚至一场比赛，比如最近正在举办的俄罗斯世界杯。...
- 化学领域，对物理性质的预测模型和化合物的生成模型的研究变得活跃。最近，尝试使用深度学习来预测有机化合物合成所需的化学反应。 问题设置：反应预测和逆向合成路线搜索 在化学反应中，可以使用具有“ ABC >> D”的反应SMILES进行使反应物 A和B 在催化剂 ... 化学领域，对物理性质的预测模型和化合物的生成模型的研究变得活跃。最近，尝试使用深度学习来预测有机化合物合成所需的化学反应。 问题设置：反应预测和逆向合成路线搜索 在化学反应中，可以使用具有“ ABC >> D”的反应SMILES进行使反应物 A和B 在催化剂 ...
- Chainer Chemistry Chainer Chemistry是一个使用Chainer的化学和生物学深度学习库。 Github地址：https : //github.com/pfnet-research/chainer-chemistry 手册地址：https : //chainer-che... Chainer Chemistry Chainer Chemistry是一个使用Chainer的化学和生物学深度学习库。 Github地址：https : //github.com/pfnet-research/chainer-chemistry 手册地址：https : //chainer-che...
- OpenCV简介 OpenCV是计算机视觉领域应用最广泛的开源工具包，基于C/C++，支持Linux/Windows/MacOS/Android/iOS，并提供了Python，Matlab和Java等语言的接口，因为其丰富的接口，优秀的性能和商业友好的使用许可，不管是学术界还是业界中都非常受欢迎。OpenCV最早源于Intel公司1998年的一个研究项目，当时在Intel从... OpenCV简介 OpenCV是计算机视觉领域应用最广泛的开源工具包，基于C/C++，支持Linux/Windows/MacOS/Android/iOS，并提供了Python，Matlab和Java等语言的接口，因为其丰富的接口，优秀的性能和商业友好的使用许可，不管是学术界还是业界中都非常受欢迎。OpenCV最早源于Intel公司1998年的一个研究项目，当时在Intel从...
- 基于深层神经网络使用单目摄像头实现物体识别节点功能包推荐 参考链接：公告：：ROSwiki：：Github源码：：Deep Neural Networks (dnn module) 为了使机器人成为有用的工具，需要能够识别物体，以便可以对这些物体的行为进行编程。例如，在我们的机器人鸡尾酒服务员应用程序中，机器人必须能够找到房间里的人来服务。因为这是重要的功能，所以我们开发了... 基于深层神经网络使用单目摄像头实现物体识别节点功能包推荐 参考链接：公告：：ROSwiki：：Github源码：：Deep Neural Networks (dnn module) 为了使机器人成为有用的工具，需要能够识别物体，以便可以对这些物体的行为进行编程。例如，在我们的机器人鸡尾酒服务员应用程序中，机器人必须能够找到房间里的人来服务。因为这是重要的功能，所以我们开发了...
- 引言 Deep Graph Library (DGL) 是一个在图上做深度学习的框架。在0.3.1版本中，DGL支持了基于PyTorch的化学模型库。 如何生成分子图是我感兴趣的。 环境准备 PyTorch：深度学习框架 DGL：用于图上的深度学习，支持PyTorch、MXNet等多种深度学习框架 RDK... 引言 Deep Graph Library (DGL) 是一个在图上做深度学习的框架。在0.3.1版本中，DGL支持了基于PyTorch的化学模型库。 如何生成分子图是我感兴趣的。 环境准备 PyTorch：深度学习框架 DGL：用于图上的深度学习，支持PyTorch、MXNet等多种深度学习框架 RDK...
- 深度学习(Deep Learning) 深度学习是基于机器学习延伸出来的一个新的领域，由以人大脑结构为启发的神经网络算法为起源加之模型结构深度的增加发展，并伴随大数据和计算能力的提高而产生的一系列新的算法。 深度学习什么时间段发展起来的？ 其概念由著名科学家... 深度学习(Deep Learning) 深度学习是基于机器学习延伸出来的一个新的领域，由以人大脑结构为启发的神经网络算法为起源加之模型结构深度的增加发展，并伴随大数据和计算能力的提高而产生的一系列新的算法。 深度学习什么时间段发展起来的？ 其概念由著名科学家...
- 今天给大家介绍的是2020年1月在Chemical Science上发表的论文“Target identification among known drugs by deep learning from heterogeneous networks”。在不了解完整的药物靶标信息的情况下，开发有效的药物是一个巨大的挑战。本研究为药物靶标识别提供了一个... 今天给大家介绍的是2020年1月在Chemical Science上发表的论文“Target identification among known drugs by deep learning from heterogeneous networks”。在不了解完整的药物靶标信息的情况下，开发有效的药物是一个巨大的挑战。本研究为药物靶标识别提供了一个...
- nature methods副主编，Arunima Singh，3月4日在nature methods上发表文章，探讨了基于深度学习的蛋白质结构预测方向近期的研究进展。 蛋白质结构预测是近几十年来的研究热点，理论方法使人们深入了解了实验难以处理的蛋白质结构。同时，随着测定蛋白质结构的实验方法的改进，大量高质量蛋白质结构数据可... nature methods副主编，Arunima Singh，3月4日在nature methods上发表文章，探讨了基于深度学习的蛋白质结构预测方向近期的研究进展。 蛋白质结构预测是近几十年来的研究热点，理论方法使人们深入了解了实验难以处理的蛋白质结构。同时，随着测定蛋白质结构的实验方法的改进，大量高质量蛋白质结构数据可...
- 分子生成 具有理想药理特性新分子的发现是计算药物发现中的关键问题。传统上，这项任务是通过临床合成候选化合物并对其进行实验来完成的。但是，由于化学空间是巨大的，合成分子并对其进行广泛的实验是非常耗时的任务。从头设计药物不是在分子中寻找具有所需特性的空间，而是设计具有我们感兴趣特性的新化合物。 事实证明，深度学习的最新进展，尤其是深度生成模型在从头药物设计中具有不可估量的价值... 分子生成 具有理想药理特性新分子的发现是计算药物发现中的关键问题。传统上，这项任务是通过临床合成候选化合物并对其进行实验来完成的。但是，由于化学空间是巨大的，合成分子并对其进行广泛的实验是非常耗时的任务。从头设计药物不是在分子中寻找具有所需特性的空间，而是设计具有我们感兴趣特性的新化合物。 事实证明，深度学习的最新进展，尤其是深度生成模型在从头药物设计中具有不可估量的价值...
- @Author：Runsen 最近，一直在学习Google Colab。可以来说，学习Ai，入门就是Google Colab 文章目录 Google Colab 启动Google Colab 从GitHub上传笔记本 Kaggle上传数据 Google云端硬盘读取文件 使用硬件加速器GPU Google Colab中的TP... @Author：Runsen 最近，一直在学习Google Colab。可以来说，学习Ai，入门就是Google Colab 文章目录 Google Colab 启动Google Colab 从GitHub上传笔记本 Kaggle上传数据 Google云端硬盘读取文件 使用硬件加速器GPU Google Colab中的TP...
- Convolutional Neural Networks (CNN)卷积神经网络AutoEncoder 自动编码器Sparse Coding 稀疏编码Restricted Boltzmann Machine(RBM) 限制波尔兹曼机Deep Belief Networks(DBN) 深信... Convolutional Neural Networks (CNN)卷积神经网络AutoEncoder 自动编码器Sparse Coding 稀疏编码Restricted Boltzmann Machine(RBM) 限制波尔兹曼机Deep Belief Networks(DBN) 深信...
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