-
1.1 介绍NAMD(NAnoscale Molecular Dynamics)是用于分子动力学模拟的计算机软件,使用Charm++并行编程模型编写。它以其并行效率而著称,通常用于模拟大型系统(数百万个原子)。NAMD是由伊利诺伊大学厄巴纳香槟分校的理论和计算生物物理学组(TCB)和并行编程实验室(PPL)合作开发的。关于NAMD的更多信息请访问NAMD官网。语言:C++。一句话描述:分子动力学模拟的开源程序包。开源协议:自定义开源协议。建议的版本建议使用的版本为“NAMD 2.14 ”。1.2 环境要求硬件要求硬件要求如表4-1所示。表1-1 硬件要求项目说明CPU鲲鹏920处理器。 软件要求软件要求如表4-2所示。表1-2 软件要求项目版本下载地址NAMD2.14https://www.ks.uiuc.edu/Research/namdFFTW3.3.8http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz毕昇编译器1.3.3https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/compiler/bisheng_compiler/bisheng-compiler-1.3.3-aarch64-linux.tar.gzHyper MPI1.1.1https://support.huaweicloud.com/usermanual-kunpenghpcs/userg_huaweimpi_0010.htmlNVIDIA CUDA组件11.4https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.4.0/local_installers/cuda_11.4.0_470.42.01_linux_sbsa.run测试算例stmv_nve_cudahttps://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/stmv.tar.gz 操作系统要求操作系统要求如表4-3所示。表1-3 操作系统要求项目版本下载地址CentOS8.2https://vault.centos.org/8.2.2004/isos/aarch64/CentOS-8.2.2004-aarch64-dvd1.isoKernel4.18.0-193https://vault.centos.org/8.2.2004/BaseOS/Source/SPackages/kernel-4.18.0-193.el8.src.rpm 1.3 移植规划数据本章节给出NAMD软件在移植过程中涉及到的相关软件安装规划路径的用途及详细说明。表1-4 移植规划数据序号软件安装规划路径用途说明1-基础环境搭建中的各安装包安装路径。参考《HPC解决方案 基础环境搭建指导书》中“安装规划数据”章节。2/path/to/FFTWFFTW的安装规划路径。这里的安装规划路径只是一个举例说明,建议部署在共享路径中。现网需要根据实际情况调整,后续章节凡是遇到安装路径的命令,都以现网实际规划的安装路径为准进行替换,不再单独说明。3/path/to/NAMDNAMD的安装规划路径。4/path/to/CASENAMD的测试规划路径。 1.4 配置编译环境前提条件使用SFTP工具将各安装包上传至服务器对应目录下。配置流程表1-5 配置流程序号配置项说明1基础环境搭建参考《HPC解决方案 基础环境搭建指导书》中“集群场景环境搭建”章节。2安装FFTW和TCL参考1.4.1 安装FFTW和TCL。3禁用nouveau驱动参考1.4.2 禁用nouveau驱动。4安装NVIDIA CUDA组件参考1.4.3 安装NVIDIA CUDA组件。5安装毕昇编译器参考1.4.4 安装毕昇编译器。 1.4.1 安装FFTW和TCL操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令安装FFTW、TCL安装包。yum -y install fftw-devel tcl-devel----结束1.4.2 禁用nouveau驱动操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令查看nouveau驱动是否已禁用。lsmod |grep nouveaul 若有回显信息,表示nouveau驱动未禁用,则执行步骤3。l 若无回显信息,表示nouveau驱动已禁用,则结束操作。步骤 3 执行以下命令禁用nouveau驱动。1. 新建文件“disable-nouveau.conf”。vi /etc/modprobe.d/disable-nouveau.conf2. 按“i”进入编辑模式,添加如下内容。blacklist nouveauoptions nouveau modeset=03. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。步骤 4 执行以下命令备份并生成新的“initramfs”文件cp /boot/initramfs-$(uname -r).img /boot/initramfs-$(uname -r)-nouveau.imgdracut -f /boot/initramfs-$(uname -r).img $(uname -r)步骤 5 执行以下命令重启机器。reboot----结束1.4.3 安装NVIDIA CUDA组件操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令获取NVIDIA CUDA组件。wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.4.0/local_installers/cuda_11.4.0_470.42.01_linux_sbsa.run步骤 3 执行以下命令安装NVIDIA CUDA组件。sudo shcuda_11.4.0_470.42.01_linux_sbsa.run步骤 4 执行以下命令进行验证。ls -l /usr/local/cuda-11.4/步骤 5 执行以下命令配置CUDA的环境变量。export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-11.4export PATH=/usr/local/cuda-11.4/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.4/lib64:$LD_LIBRARY_PATH----结束1.4.4 安装毕昇编译器操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令获取毕昇编译器软件包。wget https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/compiler/bisheng_compiler/bisheng-compiler-1.3.3-aarch64-linux.tar.gz步骤 3 执行以下命令创建毕昇编译器安装目录(这里以/opt/compiler为例)。mkdir -p /opt/compiler步骤 4 执行以下命令将毕昇编译器压缩包拷贝到安装目录下。cp -r bisheng-compiler-1.3.3-aarch64-linux.tar.gz /opt/compiler步骤 5 执行以下命令进入压缩包目录。cd /opt/compiler步骤 6 执行以下命令解压缩软件包。tar -zxvf bisheng-compiler-1.3.3-aarch64-linux.tar.gz步骤 7 执行以下命令配置毕昇编译器的环境变量。export PATH=/opt/compiler/bisheng-compiler-1.3.3-aarch64-linux/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/opt/compiler/bisheng-compiler-1.3.3-aarch64-linux/lib:$LD_LIBRARY_PATHexport CC=clang CXX=clang++ FC=flang步骤 8 执行以下命令验证。clang -v若返回结果已包含毕昇编译器版本信息,说明安装成功。----结束1.5 获取源码操作步骤 步骤 1 下载NAMD安装包,需要注册账号。下载地址:https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd步骤 2 使用SFTP工具将NAMD安装包上传至服务器“/path/to/NAMD”目录。----结束1.6 编译和安装操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令进入主程序安装目录。cd /path/to/NAMD步骤 3 执行以下命令解压NAMD安装包。tar -xvf NAMD_2.14_Source.tar.gz步骤 4 执行以下命令进入解压后的NAMD_2.14_Source目录。cd NAMD_2.14_Source步骤 5 执行以下命令解压charm-6.10.2.tar安装包。tar xvf charm-6.10.2.tar步骤 6 执行以下命令进入解压后的charm-6.10.2目录。cd charm-6.10.2步骤 7 执行以下命令进行配置。./build charm++ multicore-arm8 clang flang --with-production步骤 8 执行以下命令进入解压后路径。cd multicore-arm8-flang-clang/tests/charm++/megatest/步骤 9 执行以下命令安装组件。make pgm./pgm +p4步骤 10 执行以下命令修改FFTW、TCL配置项。1. 复制FFTW3的模板。cd /path/to/NAMDcp arch/Linux-x86_64.fftw3 arch/Linux-ARM64.fftw2. 打开arch/Linux-ARM64.fftw文件。vi arch/Linux-ARM64.fftw3. 按“i”进入编辑模式,修改将路径FFTDIR修改为/usr。FFTDIR=/usr4. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。5. 打开arch/Linux-ARM64.tcl文件。vi arch/Linux-ARM64.tcl6. 按“i”进入编辑模式,将路径TCLDIR修改为/usr,库文件版本修改为-ltcl8.6。TCLDIR=/usrTCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.6 -ldl -lpthread7. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。步骤 11 执行以下命令编译NAMD。./config Linux-ARM64-g++ --charm-arch multicore-arm8-flang-clang --with-cuda --cxx clang++ --cc clangcd Linux-ARM64-g++/make编译完成后在当前目录下生成namd2执行程序。----结束1.7 运行和验证操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令创建工作目录。mkdir -p path/to/CASE步骤 3 执行以下命令进入工作目录。cd /path/to/CASE步骤 4 执行以下命令获取算例和二进制文件。wget https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/stmv.tar.gzwget https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.13/benchmarks/stmv_nve_cuda.namd步骤 5 执行以下命令解压stmv.tar.gz。tar xvf stmv.tar.gz步骤 6 执行以下命令把“stmv_nve_cuda.namd”文件拷贝到stmv目录下。cp stmv_nve_cuda.namd stmv步骤 7 执行以下命令运行算例, 开始测试。cd stmv/path/to/NAMD/NAMD_2.14_Source/Linux-ARM64-g++/namd2 +p96 +setcpuaffinity +maffinity +isomalloc_sync +devices 0,1 stmv_nve_cuda.namd需要查看日志中的“day/ns”数值,数值越小性能越优。----结束
-
1 介绍VMD 是一个分子可视化程序,用于使用 3-D 图形和内置脚本显示、动画和分析大型生物分子系统。VMD 支持运行 MacOS X、Unix 或 Windows 的计算机,免费分发,包括源代码。VMD 专为蛋白质、核酸、脂质双层组装等生物系统的建模、可视化和分析而设计。它可用于查看更通用的分子,因为 VMD 可以读取标准蛋白质数据库 (PDB) 文件并显示包含的结构。VMD 提供了多种用于渲染和着色分子的方法:简单的点和线、CPK 球体和圆柱体、甘草键、骨架管和丝带、卡通画等。VMD 可用于动画和分析分子动力学 (MD) 模拟的轨迹。特别是,VMD 可以作为外部 MD 程序的图形前端,通过在远程计算机上显示和动画化正在模拟的分子。一句话描述:VMD是用于3-D 图形和内置脚本显示、动画和分析大型生物分子系统的分子可视化程序语言:C开源协议:UIUC Open Source License建议的版本建议使用版本为“vmd 1.9.4a55”。2 环境要求硬件要求硬件要求如表2-1所示。表2-1 硬件要求项目说明CPUKunpeng 920GPUNVIDIA Tesla A100 软件要求软件要求如表2-2所示。表2-2 软件要求项目版本下载地址VMD1.9.4https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMDNvidia CUDA组件11.4https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.4.0/local_installers/cuda_11.4.0_470.42.01_linux_sbsa.run 操作系统要求操作系统要求如表2-3所示。表2-3 操作系统要求项目版本下载地址CentOS8.2https://www.centos.org/download/Kernel4.18.0-193.el8.aarch64https://www.centos.org/download/3 移植规划数据本章节给出VMD软件在移植过程中涉及到的相关软件安装规划路径的用途及详细说明。表3-1 移植规划数据序号软件安装规划路径用途说明1-基础环境搭建中的各安装包安装路径。参考《HPC解决方案 基础环境搭建指导书》中“安装规划数据”章节。2/path/to/vmdvmd的安装规划路径。这里的安装规划路径只是一个举例说明,建议部署在共享路径中。现网需要根据实际情况调整,后续章节凡是遇到安装路径的命令,都以现网实际规划的安装路径为准进行替换,不再单独说明。3/path/to/rpmtcl、tk的RPM包的存放规划路径4 配置编译环境前提条件使用SFTP工具将各安装包上传至服务器对应目录下。配置流程表4-1 配置流程序号配置项说明1基础环境搭建参考《HPC解决方案 基础环境搭建指导书》中“集群场景环境搭建”章节。1禁用nouveau驱动参考4.1禁用nouveau驱动。2安装NVIDIA-CUDA组件参考4.2安装NVIDIA-CUDA组件。 4.1 禁用nouveau驱动操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令查看nouveau驱动是否已禁用lsmod |grep nouveau步骤 3 执行以下命令禁用nouveau驱动新建文件/etc/modprobe.d/disable-nouveau.confvim /etc/modprobe.d/disable-nouveau.conf添加如下两行:blacklist nouveauoptions nouveau modeset=0步骤 4 备份并生成新的initramfs文件cp /boot/initramfs-$(uname -r).img /boot/initramfs-$(uname -r)-nouveau.img dracut -f /boot/initramfs-$(uname -r).img $(uname -r)步骤 5 重启机器reboot----结束4.2 安装NVIDIA-CUDA组件操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令确认nouveau驱动已禁用(回显为空)lsmod |grep nouveau步骤 3 执行以下命令安装NVIDIA-CUDA组件:wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.4.0/local_installers/cuda_11.4.0_470.42.01_linux_sbsa.runsudo sh cuda_11.4.0_470.42.01_linux_sbsa.run步骤 4 配置环境变量:export PATH=/usr/local/cuda-11.4/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.4/lib64:$LD_LIBRARY_PATH步骤 5 执行以下命令验证nvcc --version----结束 5 获取源码操作步骤步骤 1 下载vmd安装包“vmd-1.9.4a55.src.tar.gz”。下载地址:https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD。步骤 2 使用SFTP工具将VMD安装包上传至服务器“/path/to/VMD”目录。----结束6 编译和安装操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令进入主程序安装目录:cd /path/to/VMD步骤 3 执行以下命令解压安装包:tar -xvf vmd-1.9.4a55.src.tar.gz步骤 4 执行以下命令进入解压后路径:cd vmd-1.9.4a55步骤 5 执行以下命令安装fltk:yum install fltk fltk-devel步骤 6 执行以下命令安装actc:1. 执行以下命令创建、进入actc目录mkdir -p /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/actccd /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/actc2. 在https://sourceforge.net/projects/actc/下载actc安装包3. 执行以下命令解压安装包tar xvf actc-1.1.tar.gz4. 执行以下命令编译actcmv actc-1.1/* ./make如果有libactc.a出现则算是编译成功了。需要额外信息请查看README。步骤 7 执行以下命令安装stride:1. 执行以下命令进入actc目录cd /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/stride2. 在http://webclu.bio.wzw.tum.de/stride/stride.tar.gz下载stride安装包3. 执行以下命令解压安装包tar xvf stride.tar.gz4. 执行以下命令安装stridemake5. 执行以下命令创建软连接ln -s /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/stride/stride /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/stride/stride_LINUXARM64步骤 8 执行以下命令安装surf:1. 执行以下命令进入surf目录cd /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/surf2. 执行以下命令解压安装包tar xvf surf.tar.Z3. 执行以下命令安装surfyum install imakemake dependmake surf4. 执行以下命令创建软连接ln -s /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/stride/surf /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/stride/surf_LINUXARM64步骤 9 执行以下命令安装vrpn:1. 执行以下命令进入vrpn目录mkdir -p /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/vrpncd /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/vrpn2. 在https://github.com/vrpn/vrpn下载vrpn安装包3. 执行以下命令解压安装包unzip vrpn-master.zip4. 执行以下命令安装vrpnmv vrpn-master/* ./mkdir buildcd buildyum install cmake libarchivecmake ../ -DCMAKE_INSTAL_PREFIX=/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/vrpn/make && make install 步骤 10 执行以下命令安装tachyon:1. 执行以下命令进入tachyon目录cd /path/to/VMD/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon2. 在https://ftp.sudhip.com/archlinux/other/community/tachyon/tachyon-0.99b6.tar.gz下载tachyon安装包3. 执行以下命令解压安装包tar xvf tachyon-0.99b6.tar.gz4. 执行以下命令进入安装包unix目录cd tachyon/unix5. 执行以下命令修改配置vim Make-config 将支持JPEG和PNG部分全部注释掉169 #USEJPEG=170 #JPEGINC=171 #JPEGLIB=…189 #USEPNG=190 #PNGINC=191 #PNGLIB= 修改前:169 USEJPEG=170 JPEGINC=171 JPEGLIB=…189 USEPNG=190 PNGINC=191 PNGLIB=执行以下命令去除-m64编译参数sed -i "s/-m64//" Make-archcd ../ demosrc修改spaceball.c第35行,将port改为serialport;修改109行的括号,源码漏掉几个括号vim spaceball.c35 if (serialport != NULL) {…109 if (((buttonchanged & SBALL_BUTTON_PICK) && (buttons & SBALL_BUTTON_PICK)) ||110 ((buttonchanged & SBALL_BUTTON_1) && (buttons & SBALL_BUTTON_1)) ||111 ((buttonchanged & SBALL_BUTTON_LEFT) && (buttons & SBALL_BUTTON_LEFT)) ) { 修改前:35 if (port != NULL) {…109 if ((buttonchanged & SBALL_BUTTON_PICK) && (buttons & SBALL_BUTTON_PICK)) ||110 (buttonchanged & SBALL_BUTTON_1) && (buttons & SBALL_BUTTON_1)) ||111 (buttonchanged & SBALL_BUTTON_LEFT) && (buttons & SBALL_BUTTON_LEFT)) ) { 6. 执行以下命令安装tachyoncd ../unixmake linux-64-thr7. 执行以下命令创建软连接ln –s /path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/compile/linux-64-thr/tachyon /path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon_LINUXARM64 步骤 11 执行以下命令安装tcl/tk 8.5:1. 使用SFTP工具将tcl、tk的rpm包上传至服务器“/path/to/rpm”目录2. 执行以下命令安装tcl、tkcd /path/to/rpmrpm –ivh tcl-8.5.13-8.el7.aarch64.rpmrpm –ivh tcl-devel-8.5.13-8.el7.aarch64.rpmrpm –ivh tk-8.5.13-6.el7.aarch64.rpmrpm –ivh tk-devel-8.5.13-6.el7.aarch64.rpm步骤 12 执行以下命令编译plugins:1. 执行以下命令进入plugins目录 cd /path/to/VMD/plugins2. 执行命令设置tcl头文件和库文件环境变量export TCL_INCLUDE_DIR=/usr/share/tcl8.5export TCL_LIBRARY_DIR=/usr/lib64/tcl8.53. 执行以下命令编译make LINUXARM64mkdir /path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/pluginsexport PLUGINDIR=/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/pluginsmake distrib 步骤 13 执行以下命令编译vmd:1. 执行以下命令进入vmd-1.9.4a55目录 cd /path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/2. 执行命令修改配置文件vim configure设置安装路径信息$install_bin_dir="/path/to/vmd/ vmd-1.9.4a55/bin";$install_library_dir="/path/to/vmd/ vmd-1.9.4a55/lib/vmd"; 设置tachyon环境变量$libtachyon_dir="/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon";$libtachyon_include="-I/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/src";$libtachyon_library="-L"/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/compile/linux-64-thr; 修改LINUXARM64的$arch_nvccflags参数注释掉"-gencode arch=compute_30,code=compute_30 " .s 16 $install_bin_dir="/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/bin";1718 # Directory where VMD files and executables are installed19 $install_library_dir="/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/vmd";…1354 $libtachyon_dir = "/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon";1355 $libtachyon_include = "-I/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/src";1356 $libtachyon_library = "-L/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/compile/linux-64-thr";…2627 #"-gencode arch=compute_30,code=compute_30 " . 修改前:16 $install_bin_dir="/usr/local/bin";1718 # Directory where VMD files and executables are installed19 $install_library_dir="/usr/local/lib/$install_name";…1354 $libtachyon_dir = "$vmd_library_dir/tachyon";1355 $libtachyon_include = "-I$libtachyon_dir/include";1356 $libtachyon_library = "-L$libtachyon_dir/lib_$config_arch";…2627 "-gencode arch=compute_30,code=compute_30 " . 3. 执行以下命令编译./configure LINUXARM64 EGLPBUFFER CUDA IMD LIBTACHYON ZLIB COLVARS TCL PTHREADS SILENTcd src && make verycleanmake如果出现“No resource compiler required on this platform”,说明编译顺利,然后安装make install当看到"Make sure /Projects/vmd/ vmd-1.9.4a55/bin is in your path.VMD installation complete. Enjoy!"说明安装成功。 ----结束7 运行和验证操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令进入bin目录:cd /path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/bin步骤 3 执行以下命令运行:./vmd ----结束8 更多资源vmd 官网:http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
-
1 介绍单颗粒冷冻电镜是结构生物学研究的重要手段之一,冷冻电镜的模型重构通常需要对几万甚至几十万张投影图片进行分析、组装和优化,计算量巨大,这需要先进的计算架构配合有效的算法才能实现。Relion是专门为低温电子显微镜(cryo-EM)设计的图像处理软件。由MRC分子生物学实验室的Sjors Scheres组开发的Relion框架正在革新冷冻电磁领域。该软件在通过电子冷冻显微镜数据的单颗粒分析来优化大分子结构。Relion采用经验贝叶斯方法对多个3D重建或2D类平均值进行细化。借助GPU CUDA并行计算架构,改进了算法,GPU解决了Cryo-EM中计算量最大的过程,例如粒子自动选取,2D和3D图像分类以及高分辨率图像细化。关于RELION的更多信息请访问RELION官网。语言:C++/CUDA一句话描述:Relion 是由 MRC 的 Scheres 在 2012 年发布的针对单颗粒冷冻电镜图片进行处理的框架。开源协议:GPLv3建议的版本建议使用版本为“RELION 3.1.2”。2 环境要求硬件要求硬件要求如表2-1所示。表2-1 硬件要求项目说明CPUKunpeng 920GPUNVIDIA Tesla A100 软件要求软件要求如表2-2所示。表2-2 软件要求项目版本下载地址RELION3.1.2https://github.com/3dem/relion/archive/refs/tags/3.1.2.tar.gz毕昇编译器1.3.3https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/compiler/bisheng_compiler/bisheng-compiler-1.3.3-aarch64-linux.tar.gzHMPI21.0https://support.huaweicloud.com/usermanual-kunpenghpcs/userg_huaweimpi_0011.htmlFFTW3.3.8https://fftw.org/pub/fftw/fftw-3.3.8.tar.gzcmake3.8.1https://cmake.org/files/v3.8/cmake-3.8.1.tar.gzNvidia CUDA组件11.4https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.4.0/local_installers/cuda_11.4.0_470.42.01_linux_sbsa.run测试算例relion_benchmark.tar.gzftp://ftp.mrc-lmb.cam.ac.uk/pub/scheres/relion_benchmark.tar.gz 操作系统要求操作系统要求如表2-3所示。表2-3 操作系统要求项目版本下载地址CentOS8.2https://www.centos.org/download/Kernel4.18.0-193.el8.aarch64https://www.centos.org/download/3 移植规划数据本章节给出RELION软件在移植过程中涉及到的相关软件安装规划路径的用途及详细说明。表3-1 移植规划数据序号软件安装规划路径用途说明1-基础环境搭建中的各安装包安装路径。参考《HPC解决方案 基础环境搭建指导书》中“安装规划数据”章节。2/path/to/bisheng-1.3.3毕昇编译器的安装规划路径。这里的安装规划路径只是一个举例说明,建议部署在共享路径中。现网需要根据实际情况调整,后续章节凡是遇到安装路径的命令,都以现网实际规划的安装路径为准进行替换,不再单独说明。3/path/to/HMPIHMPI的安装规划路径4/path/to/ NVIDIA-CUDANVIDIA-CUDA组件的安装规划路径。5/path/to/FFTWFFTW的安装规划路径。6/path/to/CMAKECMAKE的安装规划路径。7path/to/wxWidgetswxWidgets的安装规划路径。8path/to/CTFFINDCTFFIND的安装规划路径。9/path/to/RELIONRELION的安装规划路径。10/path/to/CASERELION的算例文件存放规划路径。4 配置编译环境前提条件使用SFTP工具将各安装包上传至服务器对应目录下。配置流程表4-1 配置流程序号配置项说明1基础环境搭建参考《HPC解决方案 基础环境搭建指导书》中“集群场景环境搭建”章节。2安装毕昇编译器参考《毕昇编译器》中“安装毕昇编译器”章3安装HMPI参考《源码安装Hyper MPI》中“毕昇编译Hyper MPI软件包”章节 。4禁用nouveau驱动参考4.1禁用nouveau驱动。5安装NVIDIA-CUDA组件参考4.2安装NVIDIA-CUDA组件。6安装FFTW参考4.3 安装FFTW。7安装cmake参考4.4 安装cmake。8安装wxWidgets参考4.5 安装wxWidgets。9安装CTFFIND参考4.6 安装CTFFIND。4.1 禁用nouveau驱动4.2 安装NVIDIA-CUDA组件4.3 安装FFTW4.4 安装cmake4.5 安装wxWidgets4.6 安装CTFFIND4.1 禁用nouveau驱动操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令查看nouveau驱动是否已禁用lsmod |grep nouveau步骤 3 执行以下命令禁用nouveau驱动新建文件/etc/modprobe.d/disable-nouveau.confvim /etc/modprobe.d/disable-nouveau.conf添加如下两行:blacklist nouveauoptions nouveau modeset=0步骤 4 备份并生成新的initramfs文件cp /boot/initramfs-$(uname -r).img /boot/initramfs-$(uname -r)-nouveau.img dracut -f /boot/initramfs-$(uname -r).img $(uname -r)步骤 5 重启机器reboot----结束4.2 安装NVIDIA-CUDA组件操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令确认nouveau驱动已禁用(回显为空)lsmod |grep nouveau步骤 3 执行以下命令安装NVIDIA-CUDA组件:wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.4.0/local_installers/cuda_11.4.0_470.42.01_linux_sbsa.runsudo sh cuda_11.4.0_470.42.01_linux_sbsa.run步骤 4 配置环境变量:export PATH=/usr/local/cuda-11.4/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.4/lib64:$LD_LIBRARY_PATH步骤 5 执行以下命令验证nvcc --version----结束 4.3 安装FFTW操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令下载FFTW安装包wget https://fftw.org/pub/fftw/fftw-3.3.8.tar.gz步骤 3 执行以下命令解压FFTW安装包tar –zxvf fftw-3.3.8.tar.gz步骤 4 执行以下命令进入FFTW安装包 cd fftw-3.3.8步骤 5 执行以下命令安装FFTW:export CC=clang CXX=clang++ FC=flang./bootstrap.sh./configure --prefix=/path/to/FFTW --enable-single --enable-float --enable-neon --enable-shared --enable-threads --enable-openmp --enable-mpi CFLAGS="-O3 -fomit-frame-pointer -fstrict-aliasing"make -j && make installmake clean./configure --prefix=/path/to/FFTW --enable-long-double --enable-shared --enable-threads --enable-openmp --enable-mpi CFLAGS="-O3 -fomit-frame-pointer -fstrict-aliasing"make -j && make installmake clean./configure --prefix=/path/to/FFTW --enable-shared --enable-threads --enable-openmp --enable-mpi CFLAGS="-O3 -fomit-frame-pointer -fstrict-aliasing"make -j && make install步骤 6 执行以下命令配置环境变量:export PATH=/path/to/FFTW/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/path/to/FFTW/lib:$LD_LIBRARY_PATH4.4 安装cmake操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令安装cmake:wget https://cmake.org/files/v3.8/cmake-3.8.1.tar.gztar -zxvf cmake-3.8.1.tar.gzcd cmake-3.8.1./configure --prefix=/path/to/CMAKEmake -j64make install步骤 3 执行以下命令配置环境变量:export PATH=/path/to/CMAKE/bin:$PATH4.5 安装wxWidgets操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令安装wxWidgets:wget https://github.com/wxWidgets/wxWidgets/archive/refs/tags/v3.0.5.tar.gz tar -zxvf v3.0.5.tar.gzcd wxWidgets-3.0.5./configure --disable-guimake -j16make install步骤 3 执行以下命令配置环境变量:ldconfig步骤 4 执行以下命令进行验证:wx-config --version4.6 安装CTFFIND操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令解压ctffind:wget https://grigoriefflab.umassmed.edu/system/tdf?path=ctffind-4.1.14.tar.gz&file=1&type=node&id=26 tar -zxvf ctffind-4.1.14.tar.gzcd ctffind-4.1.14步骤 3 执行以下命令修改文件:vim src/core/matrix.cpp修改第7行的代码7 #define _AL_SINCOS(x, s, c) s = sinf(x); c = cosf(x);原始内容:7 #define _AL_SINCOS(x, s, c) __asm__ ("fsincos" : "=t" (c), "=u" (s) : "0" (x))步骤 4 执行以下命令进行编译安装:yum install -y libjpeg* libtiff* fftw*autoreconf -f -i./configure --prefix=/path/to/ctffind --disable-mkl --enable-openmp --enable-debugmodevim Makefile将CFLAGS CPPFLAGS CXXFLAGS中的-O2改成-O0296 CFLAGS = -g –O0297 CPP = clang -E298 CPPFLAGS = -O0 -g -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DDEBUG299 CXX = clang++300 CXXCPP = clang++ -E301 CXXDEPMODE = depmode=gcc3302 CXXFLAGS = -O0 -g -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DDEBUG -fopenmp 原始内容:296 CFLAGS = -g -O2297 CPP = clang -E298 CPPFLAGS = -O2 -g -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DDEBUG299 CXX = clang++300 CXXCPP = clang++ -E301 CXXDEPMODE = depmode=gcc3302 CXXFLAGS = -O2 -g -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DDEBUG -fopenmpmake & make install步骤 5 执行以下命令配置环境变量:export PATH=/path/to/install/ctffind/bin:$PATH----结束 5 获取源码操作步骤步骤 1 下载RELION安装包“RELION-3.1.2.tar.gz”。下载地址:https://github.com/3dem/relion/archive/refs/tags/3.1.2.tar.gz。步骤 2 使用SFTP工具将RELION安装包上传至服务器“/path/to/RELION”目录。----结束6 编译和安装操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令进入主程序安装目录:cd /path/to/RELION步骤 3 执行以下命令解压安装包:tar -xvf 3.1.2.tar.gz步骤 4 执行以下命令进入解压后路径:cd relion-3.1.2mkdir build步骤 5 执行以下命令进行配置:yum install -y libtiff-* fltk* fltk-devel*yum -y install xorg-x11-xauthcd buildexport FFTW_HOME=/path/to/FFTWexport FFTW_LIB=$FFTW_HOME/libexport FFTW_INCLUDE=$FFTW_HOME/includecmake -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DCUDA=ON -DCudaTexture=ON -DCUDA_ARCH=80 -DCMAKE_BUILD_TYPE=release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/install/RELION ..(-DCUDA_ARCH的值要对应显卡的计算能力,最低35,如A100为80,V100为70,具体可通过Nvidia网页进行查看)步骤 6 执行以下命令开始编译:make -j40 make -j40 install步骤 7 执行以下命令查看RELION版本:/path/to/install/RELION/bin/relion_refine_mpi --help步骤 8 执行以下命令设置环境变量:export PATH=/path/to/install/RELION/bin:$PATH----结束7 运行和验证操作步骤步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。步骤 2 执行以下命令进入测试目录:cd /path/to/CASE步骤 3 执行以下命令解压算例文件:tar xvf relion_benchmark.tar.gz步骤 4 执行以下命令进入解压后的目录:cd relion_benchmark步骤 5 执行以下命令运行RELION测试:mkdir class3dyum -y install timetime -p mpirun --allow-run-as-root -n 4 relion_refine_mpi --j 24 --gpu 0 --pool 100 --dont_combine_weights_via_disc --i Particles/shiny_2sets.star --ref emd_2660.map:mrc --firstiter_cc --ini_high 60 --ctf --ctf_corrected_ref --iter 25 --tau2_fudge 4 --particle_diameter 360 --K 6 --flatten_solvent --zero_mask --oversampling 1 --healpix_order 2 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --norm --scale --random_seed 0 --maxsig 500 --fast_subsets --o class3d/test01----结束8 更多资源RELION Github:https://github.com/3dem/relionRELION 官网:https://relion.readthedocs.io/en/latest/Installation.html#download-relion
-
本期精彩看点:如何快速进行鲲鹏应用迁移调优实验?鲲鹏应用迁移调优实验:https://www.hikunpeng.com/learn/experiments下一篇:鲲鹏软件迁移系列基础知识有哪些,如何获取?上一篇:毕昇JDK是什么?
-
在数字化背景下,算力多样性发展已成为必然。作为多样性计算的典型代表,越来越多的开发者加入鲲鹏产业生态,基于鲲鹏平台进行应用的迁移和开发。在应用软件迁移过程中,存在部分存量现网应用软件只有x86/ARM32版本二进制工具包,且无源码可供移植的问题,导致无法直接在鲲鹏平台上运行。针对这一问题,ExaGear实现“低损耗”、“零成本”的无源码快速迁移,使得Linux x86/ARM32应用无需重新编译即可运行在鲲鹏平台上。ExaGear是什么?ExaGear是华为自主可控的动态二进制翻译软件,在运行时将待迁移Guest应用的x86(32/64-bit)或ARM32指令翻译成ARM64指令,并模拟Guest应用调用的操作系统API,使得Linux x86(32/64-bit)或ARM32的程序可运行在鲲鹏平台上,实现低成本、快速迁移到ARM64服务器。其翻译过程准确、稳定、高效,为当前无源码的商用软件运行于ARM64平台上铺平了最后一公里道路。图1 ExaGear在鲲鹏上翻译运行二进制程序ExaGear有哪些优势?1 一键式快速安装,支持多种部署方式ExaGear的安装和部署过程简单,一键即可完成,安装完成后,进入ExaGear环境,尤如在原生x86环境操作一样。ExaGear始终运行于Linux用户态,不对操作系统的运行产生干扰。以编译技术作为依托,ExaGear基于IR中间表示层做中端优化,既有支持多指令集的前端模块(如x86_32、x86_64、ARM32等),也有支持多指令集的后端模块(如ARM64、RISC-V等)。当前,ExaGear支持CentOS、openEuler、Ubuntu、安卓等主流操作系统,及容器相关的部署。后续版本根据市场需求可以适配更多的操作系统平台。图2 ExaGear的各种部署形态2 代码 “0”修改,最小化业务迁移成本无需改造源码,直接在ExaGear环境中部署x86软件,即可完成迁移,迁移周期短,业务连续性好。翻译过程遵循指令集标准规格以及Linux操作系统调用标准规格进行转换,在最底层完成业务执行,避免软件跨平台源码移植引入的额外bug,整体迁移过程兼容性好,稳定性有保障。3 性能领先,翻译性能极致优化在通用的编译框架基础上,ExaGear采用了“边翻译边执行+二级优化”的策略,在不影响业务流畅度的前提下,利用Guest程序在运行过程中表现出来的热点特征,针对热点执行路径极致优化,从而达到相对纯粹静态编译更优的翻译结果。图3 ExaGear工作流程图通过Benchmark对比评测x86的程序经过ExaGear指令翻译后的性能与原生AArch64的程序性能,当前在二级优化开启的情况下已经达到AArch64 Native的80%+能力,部分测试项甚至超越了原生应用的表现。随着技术的不断演进与优化,HPC等典型场景的性能损耗会进一步压缩。图4 ExaGear性能数据ExaGear主要用于哪些场景?ExaGear解决了用户将原有平台的软件系统迁移到鲲鹏平台时遇到的痛点问题。在迁移过程中,用户业务按重要性差异,往往可分为三类:无源码业务、有源码的非关键业务和有源码的关键业务。行业相关的无源码商业软件。这类软件只有二进制、没有源码,在行业内又有相当的影响力。在这样的场景下,需要ExaGear动态二进制翻译技术保障顺利完成迁移。有源码的非关键业务。使用频率低、对性能不敏感。对于这部分业务,客户就可以利用ExaGear完成动态的二进制翻译,使存量业务应用不需要通过代码移植,就可以直接运行在鲲鹏平台上。这一过程省却了大量的移植或优化源代码所需的人力和时间,而且没有因移植代码而引入额外的稳定性隐患。性能敏感且有源码的关键业务。建议通过手工的代码移植和性能优化完成迁移,达到最优的性能预期。ExaGear利用动态二进制翻译技术,结合动态二进制优化能力,能够稳定支持无源码的x86和ARM32存量业务运行在鲲鹏平台上,并且适于部署的场景广泛,既可以直接部署于操作系统,也可以部署于容器中,甚至是在ExaGear中再部署容器,能够在无源码的情况下屏蔽底层平台差异,低成本解决应用的平滑迁移,释放鲲鹏平台澎湃算力。想了解更多关于ExaGear的产品知识,欢迎各位开发者访问ExaGear产品页,还可以添加如下小助手微信进入Compiler SIG交流群与大家进行互动交流。原文转载自毕昇编译——通过动态二进制翻译快速迁移无源码应用关注 毕昇编译 获取编译技术更多信息
-
【活动已结束,获奖名单已公布】【2021鲲鹏开发者年终盛典】年度技能大比拼,赚积分,赢华为手表、手环等好礼!_鲲鹏论坛_华为云论坛 (huaweicloud.com)今天偶然收到快递,深圳发过来的华为移动电源,自己没有在论坛兑换过啊,而且论坛商城都是从大连发货的,打过去咨询才知道是鲲鹏活动的奖品,大家是不是都忘了看看有没有自己,看到好多熟悉的名字。
-
今天突然收到个快递,从深圳发过来一个华为移动电源,论坛商城都是从大连发货,很好奇是谁寄的,打电话过去才知道原来是参加鲲鹏活动的奖品,哈哈开心,都没想到还能得到礼品,给大家发下名单,看到好多熟悉的名字。【活动已结束,获奖名单已公布】【2021鲲鹏开发者年终盛典】年度技能大比拼,赚积分,赢华为手表、手环等好礼!_鲲鹏论坛_华为云论坛 (huaweicloud.com)
-
Devcloud板块CDN有奖调研活动,2000码豆任你拿!!!(参与过的用户也可以继续参与哦~) 活动时间不限https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-147775-1-1.html 鲲鹏论坛【元宵节预热活动】锁定鲲鹏灯谜,赢华为手环等好礼 预热时间2月8日-2月10日正式开始时间2月11日-2月15日https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-179006-1-1.html 【活动已结束,获奖名单已公布】【元宵节预热活动】锁定鲲鹏灯谜,赢华为手环等好礼!_鲲鹏论坛_华为云论坛 (huaweicloud.com)2022年度鲲鹏众智金质量奖评选:高质量交付众智开发任务,赢华为电脑等好礼!https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-178622-1-1.html活动时间2022.2.8-2022.12.31(每个月评选一次;年终评选一次)“猜谜谜”:闹元宵 · 猜鲲鹏灯谜华为音箱、码豆等你来拿!https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-178634-1-1.html活动时间 2月11日-2月15日昇腾论坛新年福利到,虎气豪礼大放送!】三重互动福利来啦!50+礼品赶紧抢!!!活动时间 2022/01/28-2022/02/20https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-178568-1-1.html 社区活动【云声·建议】2月建议好礼,华为WATCH 手表等你来领!奖励多多活动时间2022年2月1号---2022年2月28号https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-179149-1-1.html 新春云上过,AI贺新年——写开发体验,赢扫地机器人、雷柏机械键盘、华为手环等惊喜好礼【华为云博客有奖征文第9期】活动时间2022/01/18-2022/02/24https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-178289-1-1.html 博客活动【月度博主评选】第18期 新春大吉,虎气冲天,更多原创激励等你参与,还有华为智能手表WATCH FIT等你拿!活动时间2022/02/01-2022/02/28https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-179257-1-1.html应用服务【微服务直播 | 好礼多多】微服务快速开发利器之 Local CSE 活动火热进行中https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-176986-1-1.html活动时间2022/02/17 19:00-20:00智能云网【欢喜闹元宵预热活动】元宵圆圆,福利连连,游戏go~go~go~_数通网络开放可编程_智能云网_华为云论坛 (huaweicloud.com)活动时间2022/02/15-2022/02/25华为云市场【未开始】轻装办公,从「邮箱」开启!看直播,赢码豆、小夜灯等好礼!_华为云市场_华为云论坛 (huaweicloud.com)<直播时间>2月24日 19:00-20:00 还有问卷好多好礼等你来拿!本帖不定时更新论坛活动,未完待续。。。。。。。
-
麒麟系统默认的yum源只提供java 1.8,项目要求只能使用Java 1.7,请问如何在麒麟系统上安装java 1.7呢?
-
计算全栈故障注入工具(DemonCAT)作为鲲鹏生态DFX的故障注入工具,在合作伙伴的联合开发和支持下,已于2021年03月01日启用。工具已完成OS工具发布、Portal上线、容器工具发布,工具在不断的完善。为让关心鲲鹏DFX建设和计算故障感兴趣的伙伴,及时获取计算故障方面的信息,未来一段时间会连续更新计算故障方面的干货,尽请期待。背景:计算故障注入技术首次在国际上提出是在二十世纪七十年代初期,之后一直被业 界用来对容错系统的设计进行验证,到了八十年代中期,计算故障注入技术才逐渐开 始作为系统中容错机制的实验评价方法,并被高校和科研单位所采用,进入九十年代 之后,该技术引起越来越多的研究人员和工程设计者的重视,对计算故障注入的研究与应用也随之越发的深入和广泛起来。故障注入的研究主要集中在容错系统的设计与 应用。国内的计算故障注入研究起步较晚,开始于八十年代中期,在已有的研究中,硬件实现方法的故障注入手段较多,主要是管脚级硬件故障注入方法,其次是软件实现 的故障注入,这种方法主要是修改内存或寄存器的内容来注入故障,或者使用程序编译来实现故障注入。现状:虽然目前对计算故障注入的研究已经有很多的成果,许多的工具也投入使用,但是依旧缺乏一套系统级的、全栈的故障注入方法或工具,大多数都是针对单一领域进 行研究和开发,主要存在以下几点问题: (1)故障注入方法复用率低,某些项目中专门设计的故障注入方法,目的是为提 供特定目标系统中某些感兴趣的特征或指标,这些故障注入方法往往无法覆盖到其他系统或场景中,使用场景单一。 (2)覆盖面单一,现有计算故障注入工具主要是使用硬件或软件方式来针对二进制代码进行故障数据的注入,这些工具往往具有较强的领域性,如 Devmem 只能针对寄存器进行注入,而无法对处理器、硬盘这些设备进行故障注入。(3)故障注入工具使用复杂,即便拥有了某些故障注入方法和工具,操作起来依旧较为困难,如某些故障的故障注入参数获取困难、故障注入条件较为苛刻等,导致故障注入难度加大。 (4)故障现象不可读,某些故障注入完成后故障现象不明显,无法确定故障是否注入成功,导致故障现象读取困难。 (5)故障注入工具零散,现有的计算故障注入工具分布零散,既存在小部分开源工具,又存在大部分的自有研发工具;致使工具获取困难、使用复杂、流程方法不统一,无法提供整体化、归一化的故障注入工具。 总之,现有的故障注入方法/工具存在这样或那样的缺陷,无法为计算提供一套可 复用、覆盖面全、使用简单、完整的可靠性验证工具。好啦,本期我们已经了解到计算故障注入的背景和现状了,应该对故障注入有了一个初步的了解,下一期我们一起来学习目前业界故障注入工具是什么样的,什么是混沌工程。
-
我是操碎了心,到头来也是空欢喜啊https://bbs.huaweicloud.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=173227&ordertype=2&page=1
-
1月25日,2022数字中国创新大赛•鲲鹏赛道正式启动报名。鲲鹏赛道迭代更新 细分为三个赛场 作为2022数字中国创新大赛的十大赛道之一,鲲鹏赛道继续迭代更新,根据实用为先的原则,更加细分为场景体验赛、开源创新赛、解决方案赛三个赛场。 场景体验赛延续往届大赛“从适配到使用”“从可用到好用”的要求,主要面向基于国产基础软硬件体系开发应用软件场景的企业、机构、高校和个人,鼓励提交已交付使用的具有良好体验的软件产品参赛,注重作品在实际应用中的场景体验和客观评价,优中选优、精益求精。 开源创新赛是2022年新增设的赛场,主要面向围绕开放原子开源基金会孵化的开源项目开展技术应用的团队,鼓励提交已交付使用的软硬件产品,探索构建和培育开源生态,注重作品在实际生产中的创新应用,夯实基础、持续创新,为全国开源生态构建注入新动能。 解决方案赛主要面向重点行业需求征集解决方案,要求围绕以下三个场景提交作品:一、基于自主可控AI技术的工业现场作业安全管控;二、基于自主可控AI技术助力企业经营管理基层作业减负;三、基于国产芯片或开源鸿蒙操作系统机顶盒的智慧家庭应用。参赛者提交的作品应注重因地制宜、对症下药,运用人工智能解决国产化软硬件环境实际业务应用中的技术难题,为本地主导产业提供更多基于新一代数字化技术的、可复制推广的解决方案。鲲鹏赛道获奖作品奖励丰厚 本届赛事总奖金池共计80万元人民币。除现金奖励外,获奖作品将有机会在第五届数字中国建设峰会展览会上进行展示。此外,对于具备市场化能力、可推广可复制的作品,组委会还将对接投融资机构,为优秀作品注入“金融活水”。鲲鹏赛道 助推国产数字生态快速演进 2020年,为推进数字技术国产化,数字中国创新大赛组委会决定开辟我国首个以“国产化数字生态”为主要方向的专门赛道,“鲲鹏赛道”应运而生。赛道以国产处理器、服务器、操作系统、数据库、中间件等基础软硬件为支撑环境,以各行业、各领域应用软件国产化开发、迁移、适配、调优为重点课题,面向企业和开发者,采取月赛和年度赛相结合的形式,通过举办常态化保持、迭代式推进、高频度亮相的赛事、培训和交流活动,助推国产数字生态快速演进。 鲲鹏赛道从2020年启动至今,形成了“训练营”集训、“适配中心”认证、“赛事活动”选拔的“三位一体”运行模式,为国产化技术人才提供了“全栈式”的赛事支撑配套服务。应对新挑战 鲲鹏赛道邀您一起把握新机遇 当下,信息技术的快速发展推动生产方式、生活方式和治理方式发生了深刻的变革,以信息技术生态优势、数字化转型势能、数据治理能力为核心的国家创新力和竞争力正在成为世界各国新一轮竞争的焦点,数字领域规则体系及核心技术生态体系的竞争日趋激烈,发展信创产业、鼓励科技创新、在核心关键领域坚持自主安全可控,是时不我待的重要命题。2022数字中国创新大赛·鲲鹏赛道,期待您的参加! 参赛团队可通过官网(https://www.dcic-china.com/)下载报名表及产品演示PPT后,点击网页右上角“报名参赛”进行提交。参赛队员可在关注下方二维码后由工作人员邀请至赛道交流群。姓名:林晓彬电话:13705919508邮箱:KunpengTrack@fzrjy.com
-
参与对象 鲲鹏众智开发者 活动时间 2022.2.8-2022.12.31(每个季度评选一次;年终评选一次) 活动背景 本次活动以“鲲鹏众智计划”(点击查看)为背景,开发者需要按照本活动的“评选说明”提交交付件、完成活动申报。我们将以单个项目为粒度,根据交付是否及时、交付质量等评选出“鲲鹏众智星光奖”和“鲲鹏众智金质量奖”。活动结束后,还将盘点出年度优秀项目,评选出“年度鲲鹏众智星光奖”和“年度鲲鹏众智金质量奖”。 活动流程 评选说明 奖项评选范围评选周期评选说明年度鲲鹏众智星光奖优秀团队活动结束后评选1、盘点年度优秀团队和优秀开发者,评选出“年度鲲鹏众智星光奖”、“年度鲲鹏众智金质量奖”。2、获奖个人、团队(指导老师),需提供相应展示信息(姓名、学校、团队风采照、个人照、获奖感言),并同意在鲲鹏众智专题网站上展示。年度鲲鹏众智金质量奖优秀开发者鲲鹏众智星光奖“优异团队”的指导老师每季度一次1、项目交付及时,并且代码质量优异的团队,视作“优异团队”,鲲鹏众智运营团队会定向邀约参选。2、指导老师受邀参选后,需提供相应展示信息(团队风采照、指导老师个人照片、姓名、学校、获奖感言),并同意在鲲鹏众智专题网站上展示。鲲鹏众智金质量奖“优秀团队”的开发者1、项目交付及时,并且代码完成质量好的团队,视作“优秀团队”,指导老师可以推荐1-2位优秀开发者参选。2、推荐参选的开发者,需要在鲲鹏众智论坛分享干货帖1篇,方能参选。3、开发者获奖后,需提供个人展示信息(个人照片、姓名、学校),并同意在鲲鹏众智专题网站上展示。 奖励设置 奖项可选奖品(任选其一)年度鲲鹏众智金质量奖年度鲲鹏众智星光奖鲲鹏众智金质量奖注:需发表一篇鲲鹏众智开发干货帖参选,内容原创、形式不限鲲鹏众智星光奖注:本次活动奖品最终解释权归主办方所有。上述奖品可能因缺货等原因,活动过程中会进行调整。 发表干货帖说明 >>点击此处开始发帖<<点击“发表主题”后,主题分类选择“优秀实践”,即可开始输出文章。发表帖子后,将“帖子链接”以回帖的形式在本帖下方回复一下即可。要求内容原创,形式不限。思路清晰:整篇文章逻辑清晰,观点输出准确,语句通顺。结构工整:结构分明,排版工整,文中需要用小标题进行分割。图文并茂:能够在文中准确的配图(配图不是必须项),让文章内容更加丰富。 申报方式 请按照文末附件填写内容,并发邮件到zhouhuan50@huawei.com,即为完成申报。邮件主题为:鲲鹏众智活动申报表+姓名+电话“鲲鹏众智金质量奖”第一期获奖名单获奖者参与项目名称学校指导老师心得体会+超链奖品林新源LAPACK_对称矩阵线性求解函数北京航空航天大学刘轶https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181197-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机宣智博LAPACK_对称矩阵线性求解函数北京航空航天大学刘轶https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181147-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机赵津铫加速库-glibc time函数优化北京交通大学赵宏智https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181256-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机彭琳峰 HPC软件GFS、WRF、OpenFoams 4款软件迁移openEuler平台成都电子科技大学卢国明https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181180-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机肖雁南A-ops-前端页面系统开发项目桂林电子科技大学温佩芝https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181277-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机张强强开源使能-分布式存储软件适配项目1期兰州大学张洋 https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-180578-1-1.html华为智能体脂秤 3 Pro李沛桢HPC软件迁移openEuler平台兰州大学张洋 https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-180577-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机徐彦军remill指令语义开发同济大学田春岐https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-180663-1-1.html华为手环6 Pro张浩东remill指令语义开发同济大学田春岐https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-180667-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机沈俊昆openGauss支持pg_buffercache插件开发合作项目武汉大学彭煜玮https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181198-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机张舸openGauss支持pg_buffercache插件开发合作项目武汉大学彭煜玮https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181210-1-1.html华为手环6 Pro汪志勋HPC软件CAMx、CESM、ROMS等14款软件迁移openEuler平台重庆邮电大学刘勇 https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-180585-1-1.html华为手环6 Pro周召剑HPC软件CAMx、CESM、ROMS等15款软件迁移openEuler平台重庆邮电大学刘勇 https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-180658-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机杨广业开源使能-虚拟化软件适配项目1期天津视通智能(企业)徐志威https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181423-1-1.html华为手环6 Pro朱时锦开源使能-虚拟化软件适配项目1期天津视通智能(企业)徐志威https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181422-1-1.html华为手环6 Pro陈征REMILL指令(复杂运算类)语义开发项目北方工业大学李阳https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181137-1-1.html华为手环6 Pro李竟博REMILL指令(复杂运算类)语义开发项目北方工业大学李阳https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181140-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机廖元REMILL指令(逻辑运算类)语义开发项目北京交通大学翟高寿https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181212-1-1.html华为手环6 Pro王振强REMILL指令(逻辑运算类)语义开发项目北京交通大学翟高寿https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181221-1-1.html华为智能体脂秤 3 Pro郭成旺基于KML_VML的JAVA语言适配北京邮电大学杨正球https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-180703-1-1.html华为手环6 Pro黄美建android容器兼容TIM、飞书、i深圳等湖南麒麟信安(企业)邓旺波https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181208-1-1.html华为AI音响2赵维明android容器兼容TIM、飞书、i深圳等湖南麒麟信安(企业)邓旺波https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181252-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机邢可 基于KML_SPBLAS的JAVA语言适配华中科技大学甘早斌https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181285-1-1.html华为手环6 Pro余志伟 基于KML_SPBLAS的JAVA语言适配华中科技大学甘早斌https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181285-1-1.html华为手环6 Pro杨卫东鲲鹏Java性能分析工具IntelliJ插件实现深圳易宝软件(企业)樊建科https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181274-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机武文迪鲲鹏Java性能分析工具IntelliJ插件实现深圳易宝软件(企业)樊建科https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181276-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机原豪LAPACK_压缩格式线性系统求解函数四川大学陈刚https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181213-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机朱紫陌LAPACK_压缩格式线性系统求解函数四川大学陈刚https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181241-1-1.html华为手环6 Pro毛煜灵TrustZone算力资源池化-技术开发项目武汉大学余发江https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-180851-1-1.htmlHUAWEI FreeBuds 4i 无线耳机杨一夫TrustZone算力资源池化-技术开发项目武汉大学余发江https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-180855-1-1.html华为手环6 Pro胡雅冰容器镜像制作移植开发项目武汉理工大学柳星https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-179403-1-1.html华为手环6 Pro文敏娟Nginx支持异步&使能KAE引擎软通动力(企业)/https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181287-1-1.html华为智能体脂秤 3 Pro张超HPC软件SWAN、CDO、eccodes等7款软件迁移openEuler平台软通动力(企业)/https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181316-1-1.html华为AI音响2贾韵昊KunpengSecL远程证明特性实现武汉大学张立强https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-181489-1-1.html华为手环6 Pro“鲲鹏众智星光奖”第一期获奖名单项目名称团队名称学校指导老师奖品TrustZone算力资源池化-技术开发项目至余团队武汉大学余发江HUAWEI MateBook D 14 2022款 14英寸11代酷睿 i5 集显 16GB 512GB 轻薄笔记本 护眼全面屏 华为分享(银)基于KML_VML的JAVA语言适配北邮鲲鹏众智团队北京邮电大学修佳鹏 HUAWEI P50 4G 全网通 8GB+256GB(曜金黑)容器镜像制作移植开发项目智能计算系统研究组武汉理工大学柳星HUAWEI MateBook D 14 2022款 14英寸11代酷睿 i5 集显 16GB 512GB 轻薄笔记本 护眼全面屏 华为分享(银)KunpengSecL远程证明特性实现武汉大学KunpengSecL远程证明特性实现团队武汉大学安全学院张立强HUAWEI MateBook D 14 2022款 14英寸11代酷睿 i5 集显 16GB 512GB 轻薄笔记本 护眼全面屏 华为分享(银)glibc time函数优化计算机与信息技术学院体系结构团队北京交通大学赵宏智HUAWEI P50 4G 全网通 8GB+256GB(曜金黑)LLVM编译器Fortran语言前端兼容性实现1期-V1.0湖南卡姆派乐湖南卡姆派乐(企业)王锋HUAWEI MateBook D 14 2022款 14英寸11代酷睿 i5 集显 16GB 512GB 轻薄笔记本 护眼全面屏 华为分享(银)REMILL指令(向量算术运算类)语义开发项目同济大学认知与智能计算团队同济大学田春岐HUAWEI MateBook D 14 2022款 14英寸11代酷睿 i5 集显 16GB 512GB 轻薄笔记本 护眼全面屏 华为分享(银)HPC软件CAMx、CESM、ROMS等14款软件迁移openEuler平台重庆邮电大学理学院-数据统计分析与决策创新团队重庆邮电大学刘勇HUAWEI P50 4G 全网通 8GB+256GB(曜金黑)BoostKit-开源使能-分布式存储软件适配项目1期兰州大学高性能计算系统与应用团队兰州大学超算中心张洋HUAWEI P50 4G 全网通 8GB+256GB(曜金黑)注:以上排名不分先后
-
操作步骤按照参考:当前遇到的错误如下:[Server1 ~]$ service ntpd startRedirecting to /bin/systemctl start ntpd.service[Server1 ~]$ service ntpd statusRedirecting to /bin/systemctl status ntpd.service● ntpd.service - Network Time Service Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/ntpd.service; enabled; vendor preset: disabled) Active: active (running) since Tue 2022-01-25 14:26:37 CST; 9s ago Process: 1614721 ExecStart=/usr/sbin/ntpd -u ntp:ntp $OPTIONS (code=exited, status=0/SUCCESS) Main PID: 1614723 (ntpd) Tasks: 2 Memory: 2.3M CGroup: /system.slice/ntpd.service └─1614723 /usr/sbin/ntpd -u ntp:ntp -gJan 25 14:26:37 server1 ntpd[1614723]: kernel reports TIME_ERROR: 0x41: Clock UnsynchronizedJan 25 14:26:38 server1 ntpd[1614723]: bind(24) AF_INET6 fe80::6434:de8b:eb91:63b6%2#123 flags 0x11 failed: Cannot assign requested addressJan 25 14:26:38 server1 ntpd[1614723]: unable to create socket on enp4s0 (8) for fe80::6434:de8b:eb91:63b6%2#123Jan 25 14:26:38 server1 ntpd[1614723]: failed to init interface for address fe80::6434:de8b:eb91:63b6%2Jan 25 14:26:38 server1 ntpd[1614723]: bind(24) AF_INET6 fe80::9ed:6206:dacd:c4b3%2#123 flags 0x11 failed: Cannot assign requested addressJan 25 14:26:38 server1 ntpd[1614723]: unable to create socket on enp4s0 (9) for fe80::9ed:6206:dacd:c4b3%2#123Jan 25 14:26:38 server1 ntpd[1614723]: failed to init interface for address fe80::9ed:6206:dacd:c4b3%2Jan 25 14:26:38 server1 ntpd[1614723]: bind(24) AF_INET6 fe80::ab5c:90cd:2289:5250%2#123 flags 0x11 failed: Cannot assign requested addressJan 25 14:26:38 server1 ntpd[1614723]: unable to create socket on enp4s0 (10) for fe80::ab5c:90cd:2289:5250%2#123Jan 25 14:26:38 server1 ntpd[1614723]: failed to init interface for address fe80::ab5c:90cd:2289:5250%2
推荐直播
-
华为云码道 × 仓颉编程:工程化AI编码探索2026/05/27 周三 19:00-21:00
刘俊杰-华为云仓颉语言专家/李炎-华为云码道技术专家/王智鹏-OpenCangjie开源社区发起人
本场直播围绕华为云仓颉语言与华为云码道的深度结合,展示华为云智能编程从零基础到高效落地的完整生态能力。以华为云码道为引擎,仓颉语言为载体,带给大家日常提效、趣味创新到极速量产的开发体验。
回顾中
热门标签