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鲲鹏920服务器SUSE15sp1系统Mysql 8.0.16迁移部署实践分享

1、前言&软件需求1、本文档TaiShan 2280 V2基于硬件环境展开。2、本文档基于新安装的SUSE 15SP1系统环境展开。3、系统安装时选择了Development Tools套件。4、已关闭系统防火墙。5、/home分区大小≥50G1.1、软件需求列表软件包名称软件版本获取地址mysql-8.0.16.tar.gz8.0.16https://cdn.mysql.com/archives/mysql-8.0/mysql-8.0.16.tar.gz mysql-boost8.0.16.tar.gz8.0.16https://cdn.mysql.com/archives/mysql-8.0/mysql-boost-8.0.16.tar.gzSLE-15-SP1-Packages-aarch64-GM-DVD1.iso15SP1www.suse.comSLE-15-SP1-Installer-DVD-aarch64-GM-DVD1.iso15SP1www.suse.com 2、zypper 源配置1、通过SFTP工具上传SLE-15-SP1-Packages-aarch64-GM-DVD1.iso 到/software2、以root用户登录Linux系统，挂载上传的镜像文件。（命令如下）mount -o loop /software/SLE-15-SP1-Packages-aarch64-GM-DVD1.iso /mnt1、配置本地zypper源路径zypper ar file:///mnt local_sles2、执行zypper lr 查看配置结果3、安装依赖组件1、执行以下命令安装依赖组件zypper install *gcc*zypper install m4zypper instal makezypper install bisonzypper install gmp-develzypper install cmakezypper install firewalldzypper install ncurseszypper install ncurses-develzypper install libaio-develzypper install opensslzypper install openssl-devel zypper install gmp zypper install gmp-devel zypper install mpfr zypper install mpfr-develzypper install libmpczypper install libmpc-devel2、验证gcc&glibc版本gcc -vldd –-version4、Mysql 8.0.16安装1、前提条件已完成依赖组件的安装，并验证版本。。2、上传软件包至/homemysql-8.0.16.tar.gz8.0.16https://cdn.mysql.com/archives/mysql-8.0/mysql-8.0.16.tar.gzmysql-boost8.0.16.tar.gz8.0.16https://cdn.mysql.com/archives/mysql-8.0/mysql-boost-8.0.16.tar.gz3、执行以下命令进行依赖包补全4、创建数据文件目录（本文以sdb举例）mkfs.xfs /dev/sdbcd /mkdir datamount /dev/sdb /data3、编辑fstab添加以下条目，保存退出。Vi /etc/fstab4、创建mysql用户、用户组及文件目录groupadd mysqluseradd -g mysql mysqlmkdir -p /data/mysql-8.0.16/mysqlcd /data/mysql-8.0.16/mysqlmkdir data tmp run logchown -R mysql:mysql /data/mysql-8.0.16/mysql5、解压Mysql源码。cd /hometar -zxvf mysql-8.0.16.tar.gztar -zxvf mysql-boost-8.0.16.tar.gz6、编译安装Mysqlwhereis gcc （查看gcc路径）cd /home/mysql-8.0.16cmake . -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/mysql-8.0.16/mysql -DMYSQL_DATADIR=/data/mysql-8.0.16/mysql -DSYSCONFDIR=/etc -DWITH_INNOBASE_STORAGE_ENGINE=1 -DWITH_PARTITION_STORAGE_ENGINE=1 -DWITH_FEDERATED_STORAGE_ENGINE=1 -DWITH_ARCHIVE_STORAGE_ENGINE=1 -DWITH_BLACKHOLE_STORAGE_ENGINE=1 -DWITH_MYISAM_STORAGE_ENGINE=1 -DENABLED_LOCAL_INFILE=1 -DENABLE_DTRACE=0 -DDEFAULT_CHARSET=utf8mb4 -DDEFAULT_COLLATION=utf8mb4_general_ci -DWITH_EMBEDDED_SERVER=1 -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/bin/gcc -DDOWNLOAD_BOOST=1 -DWITH_BOOST=/home/mysql-8.0.16/boost/boost_1_69_0 -DFORCE_INSOURCE_BUILD=1在编译安装的时候，路径要根据实际情况而定，下表为对编译安装的关键路径的解释：DCMAKE_INSTALL_PREFIX用于指定软件的安装路径。本次安装路径为：/home/mysql-8.0.16DMYSQL_DATADIR创建数据库时，数据文件存放的路径。本次安装路径为：/data/mysql-8.0.16/mysqlDCMAKE_C_COMPILER安装gcc的存放路径，如果在安装gcc没有指定路径的情况下，一般默认存放在/usr/local/bin目录下，可使用whereis gcc查看具体路径。DWITH_BOOST解压的mysql安装压缩包中boost_1_69_0文件夹所在路径。例如，本文解压在/home目录下，则路径为：/home/mysql-8.0.17/boost/boost_1_69_0完成后如下图：make -j 40make install7、增加环境变量vim /etc/profile在文件尾部加入以下字段export PATH=/home/mysql-8.0.16/mysql/bin:$PATH其中PATH中的/home/mysql-8.0.16/mysql/bin路径，为mysql软件安装目录下的bin文件的绝对路径10、使用source命令生效环境变量source /etc/profile5、Mysql初始化1、前提条件已完成数据库安装。2、创建Mysql配置文件 cd /etc touch my.cnf3、编辑my.cnf文件，其中文件路径（包括软件安装路径、数据日志存放路径等）根据实际情况修改。 vi /etc/my.cnf[mysqld_safe]log-error=/data/mysql-8.0.16/mysql/log/mysql.logpid-file=/data/mysql-8.0.16/mysql/run/mysqld.pid[mysqldump]quick[mysql]no-auto-rehash[client]socket=/data/mysql-8.0.16/mysql/run/mysql.sock[mysqld]basedir=/home/mysql-8.0.16/mysql （数据库软件安装的全路径）tmpdir=/data/mysql-8.0.16/mysql/tmpdatadir=/data/mysql-8.0.16/mysql/datasocket=/data/mysql-8.0.16/mysql/run/mysql.sockport=3306user=root[client]socket=/data/mysql-8.0.16/mysql/run/mysql.sockdefault-character-set=utf84、初始化数据库（注意记录密码）/home/mysql-8.0.16/mysql/bin/mysqld --defaults-file=/etc/my.cnf --initialize --basedir=/home/mysql-8.0.16/mysql --datadir=/data/mysql-8.0.16/mysql/data --user=mysql5、启动数据库服务chmod 777 /home/mysql-8.0.16/mysql/support-files/mysql.servercp /home/mysql-8.0.17/mysql/support-files/mysql.server /etc/init.d/mysqlchmod 777 /etc/init.d/mysqlchkconfig --add mysqlservice mysql start 如果启动时出现 mysql is neither service nor target!?使用systemctl unmask mysql.service然后再运行 service mysql startsystemctl status mysql6、登录数据mysql -uroot -p 密码参考初始化数据库章节。7、修改账户密码和相关参数alter user 'root'@'localhost' identified by "123456"; ——修改本地root用户登录密码create user 'root'@'%' identified by '123456'; ——创建全域root用户(允许root从其他服务器访问)grant all privileges on *.* to 'root'@'%'; ——进行授权flush privileges;

敬业的板砖工 发表于2020-03-30 15:05:27 2020-03-30 15:05:27 最后回复 Linton林小顿 2020-09-16 12:28:02
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鲲鹏 MySQL Linux
[云桌面百科] 【云桌面使用入门宝典】让你轻松使用云桌面，化身云达人~~~

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UOS上安装和配置ftp服务器https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-70017-1-1.html分类技巧链接银河麒麟桌面使用技巧1.显示隐藏的文件和文件夹https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-68608-1-1.html2.设置程序开机启动https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-68780-1-1.html3.设置网络代理https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-68795-1-1.html4.修改文件夹中文件的视图类型https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-69793-1-1.html5.修改开始菜单中图标的排序方式https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-69798-1-1.html6.开始菜单搜索功能说明https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-69800-1-1.html7.设置托盘显示https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-69805-1-1.html8.任务管理器（系统监视器）使用https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-70032-1-1.html9.银河麒麟安装java（jdk）https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-69934-1-1.html10.查看应用运行日志https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-70258-1-1.html11.查看各种硬件信息https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-70414-1-1.html12.添加、管理网络打印机设备https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-113921-1-1.html13.软件安装和卸载https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-114150-1-1.html14.麒麟V10终端中复制粘贴https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-114881-1-1.html15.设置桌面个性化显示https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-114896-1-1.html16.设置系统时间和日期https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-114926-1-1.html17.如何在银河麒麟中使用微信https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-114952-1-1.html18.查看各种硬件信息https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-114959-1-1.html19.银河麒麟便捷功能--按名称组织桌面，一秒自动整理桌面https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-114965-1-1.html20.WIN字体如何导入银河麒麟https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-114630-1-1.html21.设置默认程序https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115460-1-1.html22.桌面网络连接https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115453-1-1.html23.如何显示更多常用软件https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115451-1-1.html24.如何快速打开系统监视器https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115432-1-1.html25.无法登录桌面https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115430-1-1.html26.如何使用键盘的功能与如何使用桌面的快捷键https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115426-1-1.html27.如何在桌面上截图https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115419-1-1.html28.操作配置项https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115407-1-1.html29.连接外设https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115394-1-1.html30.系统安全操作https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115343-1-1.html31.管理电源https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115276-1-1.html32.如何查看文件浏览器https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115469-1-1.html33.如何打开麒麟桌面屏幕键盘https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115500-1-1.html34.银河麒麟操作系统在线更新推送补丁包失败问题https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115616-1-1.html35.FTP客户端https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-116061-1-1.html36.跨平台、无服务器传输文字/文件工具——麒麟传书使用方法https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115837-1-1.html37.如何查看各种操作的日志https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115820-1-1.html38.账户密码强度设置https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115812-1-1.html39.如何连接到远程桌面https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115805-1-1.html40.如何让其他用户远程查看自己的桌面https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115798-1-1.html41.桌面类使用小技巧https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115631-1-1.html42.如何修复损坏的程序包依赖性https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-116339-1-1.html43.软件商店误删软件后如何重装https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-117309-1-1.html44.安装软件提示缺失依赖https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-117866-1-1.html分类技巧链接中标麒麟桌面使用技巧1.文件夹中显示隐藏的文件或文件夹https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-113981-1-1.html2.提示"您没有查看"xxx"的内容所需的权限"该怎么办？https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-113985-1-1.html3.如何设置中标麒麟dns？https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-114203-1-1.html4.打开主机共享文件夹提示权限不足https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-114094-1-1.html５.命令提示符中复制粘贴https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-116296-1-1.html6.如何进行系统更新https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-116245-1-1.html7.查看各种系统信息https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-116237-1-1.html8.如何在桌面上截图https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-115652-1-1.html9.如何更改用户登陆密码？https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-114333-1-1.html10.实用工具FTP客户端https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-116502-1-1.html11.设置默认程序https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-116529-1-1.html12.如何删除开始菜单上的软件https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-116573-1-1.html13.如何使用命令查看操作系统的信息https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-116586-1-1.html14.如何设置和查看输入法？https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-116618-1-1.html

忘忘羡贝 发表于2020-03-30 14:58:42 2020-03-30 14:58:42 最后回复 yd_239247619 2022-05-17 16:12:21
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弹性云服务器 ECS Linux
Kunpeng平台cJSON 1.7.12版本移植安装指南

1 cJSON简介 cJSON是一个由纯C(ANSI C89)实现的JSON解析器，跨平台性较好。cJSON是采用链表存储的。 2 环境信息2.1 环境信息项目版本下载地址CentOS7.6https://www.centos.org/download/Kernel4.14.0包含在操作系统镜像中CPU鲲鹏920服务器配置16U16GB40GB 3 配置编译环境3.1 配置yum源配置yum源参考《KunPeng平台软件移植 Yum源配置参考》。说明：文档中的Yum源配置包含本地yum源、网络yum、华为yum源三种，本次使用本地yum源，其它方式保留在文档中，按需参考。----结束3.2 安装cmake和gcc步骤1 安装cmake和gcc。yum install cmake gcc -y ----结束 4 安装说明：本文将介绍两种安装方式，请视具体情况选择其中一种安装方式。表 4-1 安装方式说明安装方式安装说明源码编译安装源码安装，与环境内核无冲突，可定制，但是复杂度高。rpm方式安装rpm包方式，方便简单（当部署环境与本文档环境一致时，推荐使用本方式）。4.1 源码编译安装4.1.1 获取源码步骤 1 下载cJSON源码。cd /optgit clone https://github.com/DaveGamble/cJSON.git4.1.2 cmake编译步骤 1 新建构建目录build。cd /opt/cJSONmkdir build步骤 2 cmake编译。cd /opt/cJSON/buildcmake ..步骤 2 查看结果是否生成cJSON动态库。cd /opt/cJSON/buildls----结束4.2 RPM方式安装说明：附件中的rpm都是通过开源代码编译打包而成，并验证通过，打包过程参考”6 RPM打包“。步骤 1 复制RPM包至服务器“ /opt”目录。cp cJSON-1.7.12-1.el7.aarch64.rpm /opt步骤 2 安装RPM包。cd /optrpm –ivh cJSON-1.7.12-1.el7.aarch64.rpm 说明：使用yum localinstall cJSON-1.7.12-1.el7.aarch64.rpm安装 RPM包，可以自动安装依赖；如使用rpm安装，则需要手动安装依赖。----结束5 运行和验证5.1 运行测试步骤 1 添加cJSON动态库路径。export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cJSON/build:$LD_LIBRARY_PATHecho $ LD_LIBRARY_PATH步骤 2 执行cJSON_test测试用例。cd /usr/local/cJSON/build./cJSON_test出现如下画面表示执行成功。步骤 2 执行tests目录下测试用例（有多个用例，可挑选执行）。cd /usr/local/cJSON/build/tests./cjson_add && ./*_tests && ./parse_* && ./print_* && ./readme_examples查看所有执行结果，如无失败，则表示执行成功。----结束6 RPM打包(参考)说明：本段提供了RPM包制作的详细过程，当部署环境与本文档环境不兼容时，可参考此打包过程，自制RPM包，然后再安装到部署环境。6.1 准备RPM 打包环境步骤 1 安装rpmdevtools。yum install rpmdevtools 步骤 2 生成打包目录树。cd ~/rpmdev-setuptree步骤 3 进入目录~/rpmbuild，应有如下文件夹：cd ~/rpmbuild 说明：由于通过github下载安装，所以SOURCES目录并无压缩包，故直接下载至BUILD目录下，然后进行其他操作。----结束 6.2 编辑SPEC文件步骤 1 生成SPEC文件模板。1．切换目录至~/rpmbuild/SPECS。 cd ~/rpmbuild/SPECS2．生成模板文件cjson.spec。 rpmdev-newspec cjson步骤 2 修改SPEC文件。修改后的cjson.spec文件内容（亦可见附件cjson.spec.zip）。%define _cjsondir $RPM_BUILD_DIR/%{name}-%{version}Name: cJSONVersion: 1.7.12 Release: 1%{?dist}Summary: Ultra-lightweight JSON parser in ANSI-CLicense: MIT URL: https://github.com/DaveGamble/cJSON Prefix: /usr/localBuildRequires: cmake gcc %descriptionAn ultra-lightweight, portable, single-file, simple-as-can-be ANSI-C compliant JSON parser, under MIT license. %prepif [ -d "/root/rpmbuild/BUILD/cJSON-1.7.12/" ];then rm -rf /root/rpmbuild/BUILD/cJSON-1.7.12fimkdir -p /root/rpmbuild/BUILD/cJSON-1.7.12git clone https://github.com/DaveGamble/cJSON cJSON-1.7.12 %buildcd $RPM_BUILD_DIR/cJSON-1.7.12mkdir buildcd build && cmake ..make %{?_smp_mflags} %installrm -rf $RPM_BUILD_ROOTmkdir -p $RPM_BUILD_ROOT/usr/local/cJSONcp %{_cjsondir}/LICENSE $RPM_BUILD_ROOT/usr/local/cJSON/LICENSE cp -r %{_cjsondir}/build $RPM_BUILD_ROOT/usr/local/cJSON/ %files%license %{prefix}/%{name}/LICENSE %dir %{prefix}/%{name}/build%{prefix}/%{name}/build/* %changelog* Wed Mar 18 2020 guweibo <youremail@xxx.xxx> - 1.7.12-1- Update to 1.7.12----结束6.3 RPM打包步骤 1 rpmlint检查SPEC文件或RPM包。1．安装rpmlint。 yum install rpmlint 2．错误检查。说明：如果返回错误/警告，使用 “-i” 选项查看更详细的信息。但由于rpmlint检测较严格，一些错误可忽略，可根据实际情况结合检测结果进行修改。 rpmlint –i cjson.spec 步骤 2 构建RPM。rpmbuild -bb cjson.spec 步骤 3 查看生成的RPM包。ls ~/rpmbuild/RPMS/aarch64 步骤 4 RPM包验证。RPM包的验证，可参考”5 运行和验证“。----结束7 FAQ7.1 RPM打包流程、示例及问题集参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html7.2 KunPeng平台软件移植 Yum源配置参考参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-47344-1-1.html

行解大鹏 发表于2020-03-27 17:44:02 2020-03-27 17:44:02 最后回复五湖四海@银河护卫队 2020-04-03 09:19:46
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yum Linux
KunPeng平台 cAdvisor 0.36.0移植安装指南

1 cAdvisor简介 cAdvisor（容器顾问）使用容器用户了解其运行容器的资源使用情况和性能特征。它是一个运行态的守护程序，用于收集、聚合、处理和导出有关正在运行的容器的信息。具体来说，对于每个容器，它保留其资源隔离参数，历史资源使用情况，完整历史资源使用情况，并通过直方图的形式展示出来。 2 环境信息2.1 环境信息目版本下载地址CentOS7.6https://www.centos.org/download/Kernel4.14.0包含在操作系统镜像中CPU鲲鹏920服务器配置16U16GB40GB3 配置编译环境3.1 Yum源配置说明：根据依赖或软件来源的不同，以及配置过程的不同，yum源配置分为如下三种： · 本地yum源 · 网络yum源 · 华为yum源不作任何配置时，则默认使用Centos官方yum源（需要外网权限）。 Yum源详细配置，可以参考：《KunPeng平台软件移植Yum源配置参考》，本次使用Centos官方默认yum源。 ----结束3.2 安装依赖包步骤1 安装依赖包。 yum install gcc git wget unzip yum-utils ----结束3.3 安装配置go 步骤 1 下载go。 wget https://studygolang.com/dl/golang/go1.14.1.linux-arm64.tar.gz 说明：如果提示”wget: 未找到命令”，请先用yum install wget安装wget工具。步骤 1 解压go到指定目录。 tar -C /usr/local -zxvf go1.14.1.linux-arm64.tar.gz 步骤 2 配置go环境变量。执行如下命令行，在/etc/profile添加环境变量配置: echo 'export GOROOT=/usr/local/go' >> /etc/profile echo 'export GOPATH=/usr/lib64/golang' >> /etc/profile echo 'export GO111MODULE=on' >> /etc/profile echo 'export GOPROXY=https://goproxy.io' >> /etc/profile echo "export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH" >> /etc/profile 执行/etc/profile，使用配置生效： source /etc/profile 步骤3 查看go版本信息。 go version ----结束4 安装说明：本文将介绍两种安装方式，请视具体情况选择其中一种安装方式。表 4-1 安装方式说明安装方式安装说明源码编译安装源码安装，与环境内核无冲突，可定制，但是复杂度高。rpm方式安装rpm包方式，方便简单（当部署环境与本文档环境一致时，推荐使用本方式）。4.1 源码编译安装4.1.1 获取源码步骤 1 下载cAdvisor。 wget https://github.com/google/cadvisor/archive/v0.36.0.zip 如何出现”“错误，请在wget后增加—no-check-certificate选项参数 wget https://github.com/google/cadvisor/archive/v0.36.0.zip --no-check-cerfificate 4.1.2 编译安装cAdvisor 步骤 1 解压cAdvisor压缩包。解压压缩包。 unzip v0.36.0.zip 步骤 3 编译cAdvisor。进入cAdvisor解压目录，并增加文件可执行权限： cd cadvisor-0.36.0/ chmod –R 744 * 开始编译： make build 步骤 4 配置cAdvisor。为了方便管理使用，建议将cAdvisor-0.36.0移至/usr/local目录，并将路径添加至环境变量。 mv cadvisor-0.36.0 /usr/local/ echo "export PATH=/usr/local/cadvisor-0.36.0:$PATH" >> /etc/profile source /etc/profile ----结束4.2 RPM方式安装说明：rpm都是通过开源代码编译打包而成，并验证通过，打包过程参考”6 RPM打包“。步骤 1 从附件获取RPM包，并复制RPM包至服务器“ /home”目录并安装。 ls /home 步骤 2 安装RPM包。 yum localinstall /home/cadvisor-0.36.0-1.el7.aarch64.rpm 步骤 3 刷新PATH环境变量。 echo "export PATH=/usr/local/cadvisor-0.36.0:$PATH" >> /etc/profile source /etc/profile ----结束5 运行和验证5.1 验证准备步骤 1 安装docker容器。安装yum-utils: sudo yum install yum-utils 下载docket yum源仓库文件： sudo yum-config-manager –add-repo http://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo 通过yum安装docker: yum install docker-ce docker-ce-cli containerd.io 启动docker服务: sudo systemctl start docker 创建示例容器： Sudo docker run hello-world 步骤 2 停止部署环境上的firewall。为了测试方便，停止部署环境上的firewall服务： systemctl stop firewalld.service 步骤 3 启动cAdvisor。 ----结束5.2 运行测试步骤 1 通过浏览器，相看cAdvisor对容器的监控统计。 http://server_ip:8080，自动重定向到 http://server_ip:8080/containers/ ----结束6 RPM打包(参考) 说明：本段提供了RPM包制作的详细过程，当部署环境与本文档环境不兼容时，可参考此打包过程，自制RPM包，然后再安装到部署环境。6.1 准备RPM 打包环境步骤 1 安装打包依赖。 RPM打包依赖与编译依赖相同，请参考“3 配置编译环境“。步骤 2 安装rpmdevtools。 yum install rpmdevtools 步骤 3 生成打包目录树。 cd ~/ rpmdev-setuptree 步骤 4 进入目录~/rpmbuild，应有如下文件夹： cd ~/rpmbuild 步骤 5 下载源码包，并移至~/rpmbuild/SOURCES： mv ~/v0.36.0.zip ~/rpmbuild/SOURCES ls ----结束6.2 编辑SPEC文件步骤 1 生成SPEC文件模板。 1．切换目录至~/rpmbuild/SPECS。 cd ~/rpmbuild/SPECS 2．生成模板文件cadvisor.spec。 rpmdev-newspec cadvisor ls 步骤 2 修改SPEC文件。 vi cadvisor.spec 修改后，cadvisor.spec文件内容如下： Name: cadvisor Version: 0.36.0 Release: 1%{?dist} Summary: ccAdvisor (Container Advisor) provides container users an understanding of the resource usage and performance characteristics of their running containers License: Apache License URL: https://github.com/google/cadvisor/ Source0: v0.36.0.zip BuildRequires: gcc git wget unzip %description cAdvisor (Container Advisor) provides container users an understanding of the resource usage and performance characteristics of their running containers. It is a running daemon that collects, aggregates, processes, and exports information about running containers. Specifically, for each container it keeps resource isolation parameters, historical resource usage, histograms of complete historical resource usage and network statistics. This data is exported by container and machine-wide. cAdvisor has native support for Docker containers and should support just about any other container type out of the box. We strive for support across the board so feel free to open an issue if that is not the case. cAdvisor's container abstraction is based on lmctfy's so containers are inherently nested hierarchically. %prep %setup -q %define install_path %{_prefix}/local %define target_path %{buildroot}%{install_path} %build make build mkdir %{target_path} -p cp -r %{_builddir}/%{name}-%{version} %{target_path} %files %{install_path} %changelog ----结束6.3 RPM打包步骤 1 rpmlint检查SPEC文件或RPM包。 1．安装rpmlint。 yum install rpmlint 2．错误检查。说明：如果返回错误/警告，使用 “-i” 选项查看更详细的信息。但由于rpmlint检测较严格，一些错误可忽略，可根据实际情况结合检测结果进行修改。 rpmlint –i cadvisor.spec 步骤 2 构建SRPM和RPM。 rpmbuild -bb cadvisor.spec ........ 步骤 3 查看生成的RPM包。 ls ~/rpmbuild/RPMS/aarch64 步骤 4 RPM包验证。 RPM包的验证，可参考”5 运行和验证“。 ----结束7 参考7.1 RPM打包流程、示例及问题集参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html7.2 官方文档参考：https://github.com/google/cadvisor/tree/master

行解大鹏 发表于2020-03-27 15:27:47 2020-03-27 15:27:47 最后回复行解大鹏 2020-04-15 17:02:28
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Docker Linux
KunPeng平台 Axis2c 1.6.0版本移植安装指南

1 Axis2c简介 Apache Axis2/C是用C语言实现的Web服务引擎。它基于可扩展且灵活的Axis2体系架构。Apache Axis2/C可用于提供和使用WebServices。它的实现具有可移植性和嵌入式功能，因此可以在其他软件中作Web服务支持器。 2 环境信息2.1 环境信息项目版本下载地址CentOS7.6https://www.centos.org/download/Kernel4.14.0包含在操作系统镜像中CPU鲲鹏920服务器配置16U16GB40GB 3 配置编译环境3.1 Yum源配置说明：根据依赖或软件来源的不同，以及配置过程的不同，yum源配置分为如下三种：１、本地yum源２、网络yum源３、华为yum源不作任何配置时，则默认使用Centos官方yum源（需要外网权限）。Yum源详细配置，可以参考：《KunPeng平台软件移植Yum源配置参考》，本次使用本地yum源方式。3.2 安装依赖包步骤1 安装依赖包。yum install wget gcc-c++ libxml2-devel----结束 4 安装说明：本文将介绍两种安装方式，请视具体情况选择其中一种安装方式。表 4-1 安装方式说明安装方式安装说明源码编译安装源码安装，与环境内核无冲突，可定制，但是复杂度高。rpm方式安装rpm包方式，方便简单（当部署环境与本文档环境一致时，推荐使用本方式）。4.1 源码编译安装4.1.1 获取源码步骤 1 下载Axis2c源码。wget http://archive.apache.org/dist/ws/axis2/c/1_6_0/axis2c-src-1.6.0.tar.gz解压至当前目录：tar -zxvf axis2c-src-1.6.0.tar.gz说明：如果提示”wget: 未找到命令”，请先用yum install wget安装wget工具。 4.1.2 编译安装Axis2c步骤 1 设置环境变量。export AXIS2C_HOME=/usr/local/axis2c 步骤 2 编译配置。切换至解压目录并编译配置CFLAGS=-Wno-unused-but-set-variable ./configure --prefix=$AXIS2C_HOME --enable-tests=no --enable-amqp=no --enable-libxml2=yes --build=arm-linux 步骤 3 根据官方补丁修改文件。直接编译会出现以下问题，因此先根据官方补丁解决办法修改对应文件后，再执行编译。 vi neethi/test/Makefile.am：vi neethi/test/Makefile.in：步骤 4 编译安装。make -j4 && sudo -E make install 步骤 5 编译安装程序样例。cd samples/CFLAGS=-I$AXIS2C_HOME/include/axis2c-1.6.0 LDFLAGS=-L$AXIS2C_HOME/lib ./configure --prefix=$AXIS2C_HOME --build=arm-linux安装成功：4.2 RPM方式安装说明：附件中的rpm都是通过开源代码编译打包而成，并验证通过，打包过程参考”6 RPM打包“。步骤 1 复制RPM包至服务器“ /home”目录并安装。ll /home步骤 2 安装RPM包。yum localinstall /home/axis2c-1.6.0-1.el7.aarch64.rpm 步骤 3 添加环境变量。vi /etc/profileexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/axis2c/libsource /etc/profile----结束5 运行和验证5.1 运行测试步骤 1 启动axis2c服务。切换至安装目录bin目录。cd /usr/local/axis2c/bin./axis2_http_server 步骤 2 启用调试模式。新建服务器连接，切换至安装目录bin目录。STAFF_LOG_LEVEL=DEBUG3 STAFF_EXCEPTION_STACKTRACING=1./axis2_http_server 步骤 3 防火墙设置。firewall-cmd --zone=public --add-port=9090/tcp --permanentfirewall-cmd --reload步骤 4 测试服务是否正常。http://localhost:9090/axis2/services ----结束 6 RPM打包(参考)说明：本段提供了RPM包制作的详细过程，当部署环境与本文档环境不兼容时，可参考此打包过程，自制RPM包，然后再安装到部署环境。6.1 准备RPM 打包环境步骤 1 安装rpmdevtools。yum install rpmdevtools步骤 2 生成打包目录树。cd ~/rpmdev-setuptree步骤 3 进入目录~/rpmbuild，应有如下文件夹：cd ~/rpmbuild----结束步骤 4 上传补丁：上传附件补丁至以下目录：6.2 编辑SPEC文件步骤 1 生成SPEC文件模板。1．切换目录至~/rpmbuild/SPECS。cd ~/rpmbuild/SPECS2．生成模板文件axis2c1.6.0.spec。rpmdev-newspec axis2c1.6.0ls 步骤 2 修改SPEC文件。vi axis2c1.6.0.spec修改后，axis2c1.6.0.spec文件内容如下：Name: axis2cVersion: 1.6.0Release: 1%{?dist}Summary: Apache Axis2/C is a Web services engine implemented in the C programming language. License: Apache LicenseURL: http://axis.apache.org/axis2/c/core/index.html%undefine _disable_source_fetchSource0: http://archive.apache.org/dist/ws/axis2/c/1_6_0/axis2c-src-1.6.0.tar.gzSource1: Makefile.amSource2: Makefile.in BuildRequires: gcc-c++ libxml2-devel %descriptionApache Axis2/C is a Web services engine implemented in the C programming language. It is based on the extensible and flexible Axis2 architecture. Apache Axis2/C can be used to provide and consume WebServices. It has been implemented with portability and ability to embed in mind, hence could be used as a Web services enabler in other software. %prep%setup -c -n %{name}-%{version} %buildcd axis2c-src-1.6.0/cp -rf %{SOURCE1} %{SOURCE2} neethi/test/ export AXIS2C_HOME=%_buildrootdir/axis2c-1.6.0-1.el7.aarch64/usr/local/%{name}CFLAGS=-Wno-unused-but-set-variable ./configure --prefix=$AXIS2C_HOME --enable-tests=no --enable-amqp=no --build=arm-linux --enable-libxml2=yesmake -j4make install cd samplesCFLAGS=-I$AXIS2C_HOME/include/axis2-1.6.0 LDFLAGS=-L$AXIS2C_HOME/lib ./configure --prefix=$AXIS2C_HOME --build=arm-linuxmake -j4 && sudo -E make install cd /root/rpmbuild/BUILDROOT/axis2c-1.6.0-1.el7.aarch64/usr/local/axis2c/lib rm -rf libaxis2_axiom.so libaxis2_axiom.so.0 libaxis2_engine.so libaxis2_engine.so.0 libaxis2_http_common.so libaxis2_http_common.so.0 libaxis2_http_receiver.so libaxis2_http_receiver.so.0 libaxis2_http_sender.so libaxis2_http_sender.so.0 libaxis2_parser.so libaxis2_parser.so.0 libaxis2_xpath.so libaxis2_xpath.so.0 libaxutil.so libaxutil.so.0 libguththila.so libguththila.so.0 libneethi.so.0 libneethi.so cp libaxis2_axiom.so.0.6.0 libaxis2_axiom.socp libaxis2_axiom.so.0.6.0 libaxis2_axiom.so.0 cp libaxis2_engine.so.0.6.0 libaxis2_engine.socp libaxis2_engine.so.0.6.0 libaxis2_engine.so.0 cp libaxis2_http_common.so.0.6.0 libaxis2_http_common.socp libaxis2_http_common.so.0.6.0 libaxis2_http_common.so.0 cp libaxis2_http_receiver.so.0.6.0 libaxis2_http_receiver.socp libaxis2_http_receiver.so.0.6.0 libaxis2_http_receiver.so.0 cp libaxis2_http_sender.so.0.6.0 libaxis2_http_sender.socp libaxis2_http_sender.so.0.6.0 libaxis2_http_sender.so.0 cp libaxis2_parser.so.0.6.0 libaxis2_parser.socp libaxis2_parser.so.0.6.0 libaxis2_parser.so.0 cp libaxis2_xpath.so.0.6.0 libaxis2_xpath.socp libaxis2_xpath.so.0.6.0 libaxis2_xpath.so.0 cp libaxutil.so.0.6.0 libaxutil.socp libaxutil.so.0.6.0 libaxutil.so.0 cp libguththila.so.0.6.0 libguththila.socp libguththila.so.0.6.0 libguththila.so.0 cp libneethi.so.0.6.0 libneethi.socp libneethi.so.0.6.0 libneethi.so.0 %files/usr%doc----结束6.3 RPM打包步骤 1 rpmlint检查SPEC文件或RPM包。1．安装rpmlint。yum install rpmlint 2．错误检查。说明：如果返回错误/警告，使用 “-i” 选项查看更详细的信息。但由于rpmlint检测较严格，一些错误可忽略，可根据实际情况结合检测结果进行修改。rpmlint –i axis2c1.6.0.spec 步骤 2 构建SRPM和RPM。rpmbuild -ba axis2c1.6.0.spec 步骤 3 查看生成的RPM包。ls ~/rpmbuild/RPMS/aarch64步骤 4 RPM包验证。RPM包的验证，可参考”5 运行和验证“。----结束 7 FAQ7.1 RPM打包流程、示例及问题集参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-40825-1-1.html7.2 Unable to guess system type问题现象：解决：手动指定操作系统类型,加编译配置参数--build=arm-linux7.3 check-rpaths detected a broken PATH问题现象：解决：vi ~/.rpmmacros

行解大鹏 发表于2020-03-26 20:46:57 2020-03-26 20:46:57 最后回复五湖四海@银河护卫队 2020-04-01 19:18:39
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yum Linux
KunPeng平台 Cfssl 1.4.1版本移植安装指南

1 Cfssl简介 CFSSL是CloudFlare开源的一款PKI/TLS工具。它既是命令行工具，又是用于签名，验证并且**TLS证书的 HTTP API 服务。需要Go 1.12+才能构建。 2 环境信息2.1 环境信息项目版本下载地址CentOS7.6https://www.centos.org/download/Kernel4.14.0包含在操作系统镜像中CPU鲲鹏920服务器配置16U16GB40GB 3 配置编译环境3.1 Yum源配置说明：根据依赖或软件来源的不同，以及配置过程的不同，yum源配置分为如下三种：１、本地yum源２、网络yum源３、华为yum源不作任何配置时，则默认使用Centos官方yum源（需要外网权限）。Yum源详细配置，可以参考：《KunPeng平台软件移植Yum源配置参考》，本次使用网络yum源方式。3.2 安装依赖包步骤1 安装依赖包。yum install wget gcc git----结束 4 安装说明：本文将介绍两种安装方式，请视具体情况选择其中一种安装方式。表 4-1 安装方式说明安装方式安装说明源码编译安装源码安装，与环境内核无冲突，可定制，但是复杂度高。rpm方式安装rpm包方式，方便简单（当部署环境与本文档环境一致时，推荐使用本方式）。4.1 源码编译安装4.1.1 获取源码步骤 1 下载Cfssl源码至opt目录。git clone https://github.com/cloudflare/cfssl.git 说明：如果提示”git: 未找到命令”，请先用yum install git安装git工具。步骤 2 下载go1.14.1至opt目录。wget https://studygolang.com/dl/golang/go1.14.1.linux-arm64.tar.gz说明：如果提示”wget: 未找到命令”，请先用yum install wget安装wget工具。 4.1.2 安装配置go步骤 1 解压go压缩包至/usr/local。tar -C /usr/local -zxvf go1.14.1.linux-arm64.tar.gz步骤 2 配置环境变量。vi /etc/profile在文件最后添加以下变量：export GOROOT=/usr/local/goexport GOPATH=/usr/lib64/golang同时添加go代理：export GO111MODULE=onexport GOPROXY=https://goproxy.io是环境变量生效：source /etc/profile 步骤3 查看版本信息。go version----结束4.1.3 编译安装Cfssl步骤 1 编译准备。创建目录：mkdir $GOPATH/src/github.com/cloudflare/cfssl –pcd $GOPATH/src/github.com/cloudflare/cfssl拷贝源码至当前目录：cp -r /opt/cfssl/ ./ 步骤 2 编译安装。cd cfsslmake –j16生成以下文件： 4.2 RPM方式安装说明：附件中的rpm都是通过开源代码编译打包而成，并验证通过，打包过程参考”6 RPM打包“。步骤 1 复制RPM包至服务器“ /home”目录并安装。ll /home步骤 2 安装RPM包。yum localinstall /home/cfssl-1.4.1-1.el7.aarch64.rpm 生成以下文件：----结束 5 运行和验证5.1 验证准备步骤 1 配置环境变量。编译方式安装需如下配置：export PATH=$PATH:/usr/lib64/golang/src/github.com/cloudflare/cfssl/cfssl/binRPM方式安装需如下配置：export PATH=$PATH:/usr/local/cfssl/bin使环境变量生效：source /etc/profile----结束5.2 运行测试步骤 1 执行cfssl version。----结束 6 RPM打包(参考)说明：本段提供了RPM包制作的详细过程，当部署环境与本文档环境不兼容时，可参考此打包过程，自制RPM包，然后再安装到部署环境。6.1 安装配置go参考4.1.2章节配置go6.2 准备RPM 打包环境步骤 1 安装rpmdevtools。yum install rpmdevtools步骤 2 生成打包目录树。cd ~/rpmdev-setuptree步骤 3 进入目录~/rpmbuild，应有如下文件夹：cd ~/rpmbuild步骤 4 克隆源代码。切换目录至~/rpmbuild/BUILD。cd ~/rpmbuild/ BUILD 克隆源码：git clone https://github.com/cloudflare/cfssl.git----结束6.3 编辑SPEC文件步骤 1 生成SPEC文件模板。1．切换目录至~/rpmbuild/SPECS。cd ~/rpmbuild/SPECS2．生成模板文件cfssl1.4.1.spec。rpmdev-newspec cfssl1.4.1ls步骤 2 修改SPEC文件。vi cfssl1.4.1.spec修改后，cfssl1.4.1.spec文件内容如下：Name: cfsslVersion: 1.4.1Release: 1%{?dist}Summary: CFSSL is CloudFlare's PKI/TLS swiss army knife. License: GPLURL: https://github.com/cloudflare/cfssl BuildRequires: gcc %descriptionCFSSL is CloudFlare's PKI/TLS swiss army knife. It is both a command line tool and an HTTP API server for signing, verifying, and bundling TLS certificates. It requires Go 1.12+ to build. %buildcd ~/rpmbuild/BUILD/cfsslmakemkdir -p /root/rpmbuild/BUILDROOT/cfssl-1.4.1-1.el7.aarch64/usr/localcp -r /root/rpmbuild/BUILD/cfssl /root/rpmbuild/BUILDROOT/cfssl-1.4.1-1.el7.aarch64/usr/local %files/usr/local%doc ----结束6.4 RPM打包步骤 1 rpmlint检查SPEC文件或RPM包。1．安装rpmlint。yum install rpmlint2．错误检查。说明：如果返回错误/警告，使用 “-i” 选项查看更详细的信息。但由于rpmlint检测较严格，一些错误可忽略，可根据实际情况结合检测结果进行修改。rpmlint –i cfssl1.4.1.spec步骤 2 构建SRPM和RPM。rpmbuild -bb cfssl1.4.1.spec ........步骤 3 查看生成的RPM包。ls ~/rpmbuild/RPMS/aarch64步骤 4 RPM包验证。RPM包的验证，可参考”5 运行和验证“。----结束 7 FAQ7.1 RPM打包流程、示例及问题集参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-40825-1-1.html

行解大鹏 发表于2020-03-24 19:29:12 2020-03-24 19:29:12 最后回复五湖四海@银河护卫队 2020-04-02 09:14:25
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yum Linux
KunPeng平台Canu 1.9移植安装指南

1 Canu简介 Canu是以Celera Assembler为基础开发的高噪声单分子测序工具（支持PacBio RSII和Oxford Nanopore MinION）, 能将三代测序工具产生的长读长基因序列组装成独特的可被组装的contigs、unitigs，主要功能包括三个阶段：correction、trimming和assembly。 2 环境信息2.1 环境信息项目版本下载地址CentOS7.6https://www.centos.org/download/Kernel4.14.0包含在操作系统镜像中CPU鲲鹏920服务器配置16U16GB40GB3 配置编译环境3.1 Yum源配置说明：根据依赖或软件来源的不同，以及配置过程的不同，yum源配置分为如下三种： · 本地yum源 · 网络yum源 · 华为yum源不作任何配置时，则默认使用Centos官方yum源（需要外网权限）。 Yum源详细配置，可以参考：《KunPeng平台软件移植Yum源配置参考》，本次使用Centos官方默认yum源。3.2 安装依赖包步骤1 安装依赖包。 yum install gcc gcc-c++ kernel-devel boost boost-devel boost-doc java-1.8.0-openjdk ----结束4 安装说明：本文将介绍两种安装方式，请视具体情况选择其中一种安装方式。表 4-1 安装方式说明安装方式安装说明源码编译安装源码安装，与环境内核无冲突，可定制，但是复杂度高。rpm方式安装rpm包方式，方便简单（当部署环境与本文档环境一致时，推荐使用本方式）。4.1 源码编译安装 4.1.1 获取源码步骤 1 下载canu源码。 wget –O canu-1.9.zip https://github.com/marbl/canu/archive/v1.9.zip 说明：如果提示”wget: 未找到命令”，请先用yum install wget安装wget工具。步骤 2 复制至服务器“/home”目录。 cp canu-1.9.zip /home 4.1.2 编译安装canu 步骤 1 解压canu源码包。 cd /home unzip canu-1.9.zip 说明：如果提示”unzip: 未找到命令”，请先用yum install unzip安装unzip工具。步骤 2 make编译。 cd canu-1.9 cd src make –j 8 说明：编译过程的警告信息可以忽略，结束后可以看到“Success!”的提示，且使用echo $?查询编译结果，预期为0。 echo $? 步骤 3 刷新PATH环境变量。 echo "export PATH=/home/canu-1.9/Linux-aarch64/bin:$PATH" >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ----结束4.2 RPM方式安装说明：附件中的rpm都是通过开源代码编译打包而成，并验证通过，打包过程参考”6 RPM打包“。步骤 1 下载附件，并复制附件中的RPM包至服务器“ /home”目录并安装。 ls /home 步骤 2 安装RPM包。 yum localinstall /home/canu-1.9-1.el7.aarch64.rpm 步骤 3 刷新PATH环境变量。 echo "export PATH=/usr/local/canu/bin:$PATH" >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ----结束5 运行和验证5.1 验证准备步骤 1 获取测试数据。 curl -L -o pacbio.fastq http://gembox.cbcb.umd.edu/mhap/raw/ecoli_p6_25x.filtered.fastq 说明：文件222M大小，下载时间很长，请耐心等待。 ----结束5.2 运行测试步骤 1 执行测试命令。 canu -p ecoli -d ecoli-pacbio \ genomeSize=4.8m obtOverlapper=mhap \ corMhapThreads=4 obtMhapThreads=4 \ utgOverlapper=mhap utgMhapThreads=4 \ -nanopore-raw pacbio.fastq …… ----结束 6 RPM打包(参考) 说明：本段提供了RPM包制作的详细过程，当部署环境与本文档环境不兼容时，可参考此打包过程，自制RPM包，然后再安装到部署环境。6.1 准备RPM 打包环境步骤 1 安装rpmdevtools。 yum install rpmdevtools 步骤 2 生成打包目录树。 cd ~/ rpmdev-setuptree 步骤 3 进入目录~/rpmbuild，应有如下文件夹： cd ~/rpmbuild ----结束6.2 编辑SPEC文件步骤 1 生成SPEC文件模板。 1．切换目录至~/rpmbuild/SPECS。 cd ~/rpmbuild/SPECS 2．生成模板文件canu.spec。 rpmdev-newspec canu ls 步骤 2 修改SPEC文件。 vi canu.spec 修改后，canu.spec文件内容如下： Name: canu Version: 1.9 Release: 1%{?dist} Summary: Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II/Sequel or Oxford Nanopore MinION). License: GPL URL: https://github.com/marbl/canu %undefine _disable_source_fetch Source0: https://github.com/marbl/canu/archive/v1.9.zip BuildRequires: gcc gcc-c++ kernel-devel boost boost-devel boost-doc Requires:java-1.8.0-openjdk %description Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II/Sequel or Oxford Nanopore MinION). %prep %setup -q %define install_path %{_prefix}/local/%{name} %define target_path %{buildroot}%{install_path} %build cd src make -j 8 mkdir -p %{target_path} cp -r $RPM_BUILD_DIR/%{name}-%{version}/Linux-aarch64/* %{target_path} %files %{install_path} %changelog ----结束6.3 RPM打包步骤 1 rpmlint检查SPEC文件或RPM包。 1．安装rpmlint。 yum install rpmlint 2．错误检查。说明：如果返回错误/警告，使用 “-i” 选项查看更详细的信息。但由于rpmlint检测较严格，一些错误可忽略，可根据实际情况结合检测结果进行修改。 rpmlint –i canu.spec 步骤 2 构建SRPM和RPM。 rpmbuild -bb canu.spec ........ 步骤 3 查看生成的RPM包。 ls ~/rpmbuild/RPMS/aarch64 步骤 4 RPM包验证。 RPM包的验证，可参考”5 运行和验证“。 ----结束 7 参考7.1 RPM打包流程、示例及问题集参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html7.2 官方文档参考：https://canu.readthedocs.io/en/latest/quick-start.html#quickstart

行解大鹏 发表于2020-03-24 15:35:43 2020-03-24 15:35:43 最后回复五湖四海@银河护卫队 2020-04-09 10:07:09
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Kunpeng平台 emqx 4.0.5 版本移植安装指南

1 EMQX简介 EMQX 基于 Erlang/OTP 平台开发的 MQTT 消息服务器，是开源社区中最流行的 MQTT 消息服务器。 2 环境信息2.1 环境信息项目版本下载地址CentOS7.6https://www.centos.org/download/Kernel4.14.0包含在操作系统镜像中CPU鲲鹏920服务器配置16U16GB40GB3 配置编译环境3.1 配置yum源配置yum源参考《KunPeng平台软件移植 Yum源配置参考》。说明：文档中的Yum源配置包含本地yum源、网络yum、华为yum源三种，本次使用本地yum源，其它方式保留在文档中，按需参考。----结束3.2 安装erlang/opt环境步骤1 安装依赖包。yum -y install make gcc gcc-c++ kernel-devel m4 ncurses-devel openssl-devel perl-devel 步骤2 下载erlang源码包。cd /optwget http://erlang.org/download/otp_src_22.0.tar.gz步骤3 解压erlang源码包。tar -zxvf otp_src_22.0.tar.gz步骤4 设置安装目录。mkdir -p /usr/local/erlcd otp_src_22.0./configure --prefix=/usr/local/erl步骤5 编译安装。make && make install说明：编译过程的警告信息可以忽略，结束后使用echo $?查询编译结果，预期为0。echo $?步骤6 配置软链接和PATH。ln -s /usr/local/erl/bin/erl /usr/local/bin/erlexport PATH=$PATH: /usr/local/erl/bin步骤7 测试验证。在命令行输入erl命令，显示如下，说明安装成功。 ----结束 4 安装说明：本文将介绍两种安装方式，请视具体情况选择其中一种安装方式。表 4-1 安装方式说明安装方式安装说明源码编译安装源码安装，与环境内核无冲突，可定制，但是复杂度高。rpm方式安装rpm包方式，方便简单（当部署环境与本文档环境一致时，推荐使用本方式）。4.1 源码编译安装4.1.1 获取源码步骤 1 下载emqx源码。进入“/opt”目录下：git clone https://github.com/emqtt/emq-relx说明：如果是新机器需在”/etc/resolv.conf”中添加nameserver，防止找不到域名。4.1.2 emqx编译步骤 1 make编译。cd emqx-relmake说明：1) 编译过程会从github下载大量相关依赖包，中途可能会编译失败。失败后，只需重新make即可（可能需要make多次）。2) 编译过程的警告信息可以忽略，结束后使用echo $?查询编译结果，预期为0。----结束4.2 RPM方式安装说明：附件中的rpm都是通过开源代码编译打包而成，并验证通过，打包过程参考”6 RPM打包“。步骤 1 复制RPM包至服务器“ /opt”目录。cp emqx-4.0.5-1.el7.aarch64.rpm /opt步骤 2 安装RPM包。cd /optrpm –ivh emqx-4.0.5-1.el7.aarch64.rpm说明：使用yum localinstall emqx-4.0.5-1.el7.aarch64.rpm安装 RPM包，可以自动安装依赖；如使用rpm安装，则需要手动安装依赖。----结束5 运行和验证5.1 验证准备步骤 1 关闭防火墙。1) 查看防火墙状态：systemctl status firewalld；2) 若防火墙开启，则关闭防火墙：systemctl stop firewalld；3) 再次查看防火墙状态，确保关闭。说明：防火墙开启状态下，无法进行web访问。 ----结束5.2 运行测试步骤 1 启动emqx console。cd /usr/local/emqxcd _build/emqx/rel/emqx && ./bin/emqx console出现如下画面表示console启动成功。步骤 2 web登录。在浏览器输入IP:18083启动web，登录显示如下表示成功（默认用户名：admin，密码：public）。 ----结束6 RPM打包(参考)说明：本段提供了RPM包制作的详细过程，当部署环境与本文档环境不兼容时，可参考此打包过程，自制RPM包，然后再安装到部署环境。6.1 准备RPM 打包环境步骤 1 安装rpmdevtools。yum install rpmdevtools 步骤 2 生成打包目录树。cd ~/rpmdev-setuptree步骤 3 进入目录~/rpmbuild，应有如下文件夹：cd ~/rpmbuild 说明：由于通过github下载安装，所以SOURCES目录并无压缩包，故直接下载至BUILD目录下，然后进行其他操作。----结束 6.2 编辑SPEC文件步骤 1 生成SPEC文件模板。1．切换目录至~/rpmbuild/SPECS。 cd ~/rpmbuild/SPECS2．生成模板文件bwa.spec。 rpmdev-newspec bwa步骤 2 修改SPEC文件。修改后的emqx.spec文件内容（亦可见附件emqx.spec.zip）。%define _emqxdir $RPM_BUILD_DIR/%{name}-%{version}Name: emqxVersion: 4.0.5 Release: 1%{?dist}Summary: Scalable Enterprise MQTT Broker License: GPL3.0 URL: https://emqx.io #Source0: https://github.com/emqx/emqx-rel/archive/v4.0.5.zip Prefix: /usr/localBuildRequires: make gcc gcc-c++ kernel-devel m4 ncurses-devel openssl-devel perl-devel %descriptionEMQ X Broker is a massively scalable, highly extensible distributed MQTT message broker written in Erlang/OTP. %prepif [ ! -d "/root/rpmbuild/BUILD/emqx-4.0.5/" ];then git clone https://github.com/emqtt/emq-relx emqx-4.0.5fi %buildcd $RPM_BUILD_DIR/emqx-4.0.5make %{?_smp_mflags} %installrm -rf $RPM_BUILD_ROOTmkdir -p $RPM_BUILD_ROOT/usr/local/emqxcp -r %{_emqxdir}/* $RPM_BUILD_ROOT/usr/local/emqx/ %files%license %{_prefix}/%{name}/LICENSE %dir %{_prefix}/%{name}%{_prefix}/%{name}/* %changelog* Wed Mar 18 2020 guweibo <youremail@xxx.xxx> - 4.0.5-1- Update to 4.0.5----结束6.3 RPM打包步骤 1 rpmlint检查SPEC文件或RPM包。1．安装rpmlint。 yum install rpmlint 2．错误检查。说明：如果返回错误/警告，使用 “-i” 选项查看更详细的信息。但由于rpmlint检测较严格，一些错误可忽略，可根据实际情况结合检测结果进行修改。 rpmlint –i emqx.spec 步骤 2 构建RPM。rpmbuild -bb emqx.spec 步骤 3 查看生成的RPM包。ls ~/rpmbuild/RPMS/aarch64步骤 4 RPM包验证。RPM包的验证，可参考”5 运行和验证“。----结束7 FAQ7.1 RPM打包流程、示例及问题集参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html7.2 基于鲲鹏云服务的EMQX编译安装（centos）参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-25031-1-1.html7. 3 KunPeng平台软件移植 Yum源配置参考参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-47344-1-1.html

行解大鹏 发表于2020-03-24 11:37:38 2020-03-24 11:37:38 最后回复 Amber@银河护卫队 2020-05-20 11:07:21
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KunPeng平台 BWA 0.7.17 版本移植安装指南

1 BWA简介 BWA是用于将低分叉序列比对到大的参考基因组比如人基因组的软件包。BWA主要是由三种算法组成：BWA-backtrack，BWA-SW和BWA-MEM。第一个算法是针对于illumina测序reads最多100bp的算法。后面两个主要是针对于从70bp到1Mbp的更长序列。BWA-SW和BWA-MEM拥有一些相同的特征例如长reads支持和序列分开模式。但是相对而言，更加推荐更新的BWA-MEM，因为可以更快和更准确在更高质量上比对。BWA-MEM相比较BWA-backtrack在70-100bp illumina reads上有更好的性能。 2 环境信息2.1 环境信息项目版本下载地址CentOS7.6https://www.centos.org/download/Kernel4.14.0包含在操作系统镜像中CPU鲲鹏920服务器配置16U16GB40GB3 配置编译环境3.1 配置yum源配置yum源参考《KunPeng平台软件移植 Yum源配置参考》。说明：文档中的Yum源配置包含本地yum源、网络yum、华为yum源三种，本次使用本地yum源，其它方式保留在文档中，按需参考。----结束3.2 安装GCC步骤1 本次编译工具使用gcc 9.1.0。安装方法参考《HPC解决方案基础环境搭建指导书》中“单机场景环境搭建”章节。3.3 安装依赖包步骤1 安装依赖包。yum install zlib-devel –y----结束 4 安装说明：本文将介绍两种安装方式，请视具体情况选择其中一种安装方式。表 4-1 安装方式说明安装方式安装说明源码编译安装源码安装，与环境内核无冲突，可定制，但是复杂度高。rpm方式安装rpm包方式，方便简单（当部署环境与本文档环境一致时，推荐使用本方式）。4.1 源码编译安装4.1.1 获取源码步骤 1 下载bwa源码。wget https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.17.tar.bz2说明：如果提示”wget: 未找到命令”，请先用yum install wget安装wget工具。步骤 2 复制bwa源码至服务器“/opt”目录。cp bwa-0.7.17.tar.bz2 /opt4.1.2 bwa编译安装步骤 1 获取“SSE2NEON.h”文件。获取路径：https://github.com/jratcliff63367/sse2neon步骤 2 复制“SSE2NEON.h”文件至编译器的安装目录下。cp SSE2NEON.h /usr/local/gcc-9.1.0/lib/gcc/aarch64-unknown-linux-gnu/9.1.0/include步骤 3 解压bwa源码包。cd /opttar -xvf bwa-0.7.17.tar.bz2步骤 4 修改Makefile文件中的”INCLUDES”参数。cd bwa-0.7.17vi Makefile按“i”进入编辑模式，修改“Makefile”文件第14行。INCLUDES= -I/usr/local/gcc-9.1.0/lib/gcc/aarch64-unknown-linux-gnu/9.1.0/include按“ESC”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。修改前：修改后：步骤 5 修改“ksw.c”文件中头文件引用。cd bwa-0.7.17vi ksw.c按“i”进入编辑模式，修改“ksw.c”文件第29行。include <SSE2NEON.h>按“ESC”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出。修改前：修改后：步骤6 make编译。cd bwa-0.7.17make说明：编译过程的警告信息可以忽略，结束后使用echo $?查询编译结果，预期为0。echo $?步骤4 加载BWA环境。export PATH=/opt/bwa-0.7.17:$PATH----结束4.2 RPM方式安装说明：附件中的rpm都是通过开源代码编译打包而成，并验证通过，打包过程参考”6 RPM打包“。步骤 1 复制RPM包至服务器“ /opt”目录。cp bwa-0.7.17-1.el7.aarch64.rpm /opt步骤 2 安装RPM包。cd /optrpm –ivh bwa-0.7.17-1.el7.aarch64.rpm提示perl相关依赖检测失败，安装perl依赖即可：yum install perl依赖安装完成后，再重新安装。说明：使用yum localinstall bwa-0.7.17-1.el7.aarch64.rpm安装 RPM包，可以自动安装依赖；如使用rpm安装，则需要手动安装依赖。----结束 5 运行和验证5.1 验证准备步骤 1 验证机器配置要求。由于验证所需测试算例文件较大，在执行bwa mem时生成的结果文件较大，且算法对机器性能要求较高，所以需要注意以下事项：1) 内核不要低于8个，否则验证执行耗时太长；2) 内存不要低于8GB，否则生成索引文件时机器会卡死；3) 验证空间不要低于50GB，否则生成结果文件时会报存储空间不足。说明：由于机器系统盘只分配了40GB，生成结果文件会出现空间不够用，所以在验证时重新挂载了1个数据盘至/data目录下。步骤 2 获取测试算例文件。算例文件1 --- B17NC_R1.fq.gzwget https://obs.cn-north-1.myhuaweicloud.com/obs-82bb/data/Panel/B17NC_R1.fastq.gz算例文件2 --- B17NC_R2.fq.gzwget https://obs.cn-north-1.myhuaweicloud.com/obs-82bb/data/Panel/B17NC_R2.fastq.gz算例文件3 --- hg19.fawget https://obs.cn-north-1.myhuaweicloud.com/obs-82bb/open_database/hg19/gatk_bundle/hg19.fa步骤 3 上传全部算例文件至“/opt/case”目录下如果已挂载数据盘至/data，可以将算例文件拷至/data目录。----结束5.2 运行测试步骤 1 创建参考基因组hg19.fa的索引。cd /opt/casebwa index –a bwtsw hg19.fa说明：基因组文件较大，创建索引耗时较长。执行完成后，当前目录下会产生如下5个文件。将当前目录下文件拷贝至/data目录下。步骤 2 执行以下命令运行测试。cd /databwa mem -t 16 hg19.fa B17NC_R1.fastq.gz B17NC_R2.fastq.gz > bwa.sam 2> bwa_log命令执行结束后，需要查看“bwa_log”日志中的“Real time”数值，单位是“s”，数值越少性能越优。输出的结果样例如下图：----结束6 RPM打包(参考)说明：本段提供了RPM包制作的详细过程，当部署环境与本文档环境不兼容时，可参考此打包过程，自制RPM包，然后再安装到部署环境。6.1 准备RPM 打包环境步骤 1 安装rpmdevtools。yum install rpmdevtools 步骤 2 生成打包目录树。cd ~/rpmdev-setuptree步骤 3 进入目录~/rpmbuild，应有如下文件夹：cd ~/rpmbuild ----结束6.2 编辑SPEC文件步骤 1 生成SPEC文件模板。1．切换目录至~/rpmbuild/SPECS。 cd ~/rpmbuild/SPECS2．生成模板文件bwa.spec。 rpmdev-newspec bwa ls 步骤 2 修改SPEC文件。修改后的bwa.spec文件内容详见附件bwa.spec.zip。 %define __debug_install_post \ %{_rpmconfigdir}/find-debuginfo.sh %{?_find_debuginfo_opts} "%{_builddir}/%{?buildsubdir}"\ %{nil} # %define _prefix /usr/local %define _bwadir $RPM_BUILD_DIR/%{name}-%{version} Name: bwa Version: 0.7.17 Release: 1%{?dist} Summary: BWA is a program for aligning sequencing reads against a large reference genome (e.g. human genome). License: GPL3.0 URL: http://bio-bwa.sourceforge.net Source0: %{name}-%{version}.tar.bz2 Source1: SSE2NEON.h Prefix: /usr/local BuildRequires: make zlib-devel m4 %description BWA is a program for aligning sequencing reads against a large reference genome (e.g. human genome). It has two major components, one for read shorter than 150bp and the other for longer reads. %prep %setup -q cp %{SOURCE1} %{_prefix}/gcc-9.1.0/lib/gcc/aarch64-unknown-linux-gnu/9.1.0/include cd %{_bwadir} # Modify Makefile sed '14d' Makefile sed '13a\INCLUDES= -l/usr/local/gcc-9.1.0/lib/gcc/aarch64-unknown-linux-gnu/9.1.0/include' Makefile # Modify header file sed -i "29 s#emmintrin.h#SSE2NEON.h#g" ksw.c %build make %{?_smp_mflags} %install rm -rf $RPM_BUILD_ROOT mkdir -p $RPM_BUILD_ROOT/usr/local/bwa cp -r %{_bwadir}/* $RPM_BUILD_ROOT/usr/local/bwa/ %files %license %{_prefix}/%{name}/COPYING %dir %{_prefix}/%{name} %{_prefix}/%{name}/* %changelog * Wed Mar 18 2020 guweibo <youremail@xxx.xxx> - 0.7.17-1 - Update to 0.7.17 ----结束6.3 RPM打包步骤 1 rpmlint检查SPEC文件或RPM包。1．安装rpmlint。 yum install rpmlint 2．错误检查。说明：如果返回错误/警告，使用 “-i” 选项查看更详细的信息。但由于rpmlint检测较严格，一些错误可忽略，可根据实际情况结合检测结果进行修改。 rpmlint –i bwa.spec 步骤 2 构建RPM。rpmbuild -bb bwa.spec ........步骤 3 查看生成的RPM包。ls ~/rpmbuild/RPMS/aarch64步骤 4 RPM包验证。RPM包的验证，可参考”5 运行和验证“。----结束7 FAQ7.1 RPM打包流程、示例及问题集参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html7.2 BWA 0.7.17 移植指南（CentOS 7.6）参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-37690-1-1.html7.3 HPC解决方案基础环境搭建指导书参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-37708-1-1.html7.4 鲲鹏(ARM64) GCC 9.1.0 CentOS 7.6移植指南参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-42781-1-1.html7.5 BWA使用参考：https://blog.csdn.net/Doris_xixi/article/details/80842353参考：https://www.cnblogs.com/leezx/p/5601525.html

行解大鹏 发表于2020-03-20 17:46:50 2020-03-20 17:46:50 最后回复五湖四海@银河护卫队 2020-04-14 10:26:33
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KunPeng平台 BLAST 2.9.0版本移植安装指南

1 BLAST简介 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是一种对相似性的统计说明。 2 环境信息2.1 环境信息项目版本下载地址CentOS7.6https://www.centos.org/download/Kernel4.14.0包含在操作系统镜像中。CPUKunpeng 920服务器配置16U16GB40GB 3 配置编译环境说明：Yum源配置包含本地yum源、网络yum、华为yum源（华为源目前不支持repo文件下载，只支持手动创建）三种，本次使用本地yum源方式，其它方式保留在文档中，按需参考。3.1 配置本地yum源说明：如果组网环境处于外网受限情况下，服务器yum命令无法通过外界获取依赖包时，可参考本节内容进行本地源配置。步骤 1 获取镜像文件。将OS镜像文件CentOS-7-aarch64-Everything-1810.iso拷贝到服务器的“/root”目录下。步骤 2 镜像文件挂载。 1. 将“/root”目录下的CentOS操作系统对应iso文件挂载到“/mnt”目录下(该操作单次生效，重启后失效)。 mount /root/CentOS-7-aarch64-Everything-1810.iso /mnt 2. （可选）设置开机挂载。如果需要开机启动后自动挂载镜像，则请执行以下操作。否则，请忽略该步骤 a. 打开fstab文件。 vi /etc/fstab b. 编辑/etc/fstab文件，在文件末尾添加如下内容: /root/CentOS-7-aarch64-Everything-1810.iso /mnt iso9660 loop 0 0 c. 保存并退出fstab文件。步骤 3 添加本地源文件。 1. 备份“/etc/yum.repos.d”目录。 mv /etc/yum.repos.d /etc/yum.repos.d.bak 2. 进入“/etc/yum.repos.d”目录。 mkdir –p /etc/yum.repos.d cd /etc/yum.repos.d 3. 创建local.repo文件。 a. 打开local.repo文件 touch local.repo vi local.repo b. 在local.repo文件中添加如下内容: [local] name=local.repo baseurl=file:///mnt enabled=1 gpgcheck=0 其中，baseurl中file路径为镜像挂载路径，与步骤2的挂载目录“/mnt”对应。步骤 4 生效本地源。 yum clean all yum makecache 说明：使用yum repolist查看repo列表，结果中包含local，即表示本地源配置成功： Yum repolist ----结束3.2 配置网络yum源(清华大学源)说明：如果centos官方yum源及本地源无法满足依赖包的安装，需要使用到网络yum源时，可参考本节内容进行网络yum源（清华大学源）配置。步骤 1 备份系统原来的repo文件。 1. 进入“/etc/yum.repos.d”目录。 cd /etc/yum.repos.d 2. 备份系统官方的repo文件。 cp CentOS-Base.repo CentOS-Base.repo.bak步骤 2 修改/etc/yum.repos.d/ CentOS-Base.repo文件。在 mirrorlist= 开头行前面加 # 注释掉；并将 baseurl= 开头行取消注释（如果被注释的话），把该行内的域名/系统框架（例如mirror.centos.org/altarch）替换为 mirrors.tuna.tsinghua. edu.cn/centos-altarch。步骤 3 执行yum源更新命令。 yum clean all yum makecache 说明：使用yum repolist查看repo列表，结果中包含base/7/aarch64，即表示网络源配置成功： yum repolist ----结束3.3 配置华为yum源步骤 1 将华为源配置写入华为源repo文件： echo -e "[kunpeng]\nname=CentOS-kunpeng - Base - mirrors.huaweicloud.com\nbaseurl=https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/yum/el/7/aarch64/\ngpgcheck=0\nenabled=1" >/etc/yum.repos.d/CentOS-Base-kunpeng.repo步骤 2 更新yum源配置： yum clean all yum makecache 说明：使用yum repolist查看repo列表，结果中包含kunpeng，即表示华为源配置成功： yum repolist ----结束4 安装说明：本文将介绍两种安装方式，请视具体情况选择其中一种安装方式。表 4-1 安装方式说明安装方式安装说明源码编译安装源码安装，与环境内核无冲突，可定制，但复杂度高。rpm方式安装rpm包方式，方便简单（当部署环境与本文档环境一致时，推荐使用本方式）。4.1 编译安装gcc 9.1.0参考以下链接完成：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-37708-1-1.html4.2 源码编译安装 4.2.1 获取源码步骤 1 下载BLAST 下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ 手动下载源码包“ncbi-blast-2.9.0+-src.tar.gz” 步骤 2 上传至服务器 mkdir -p /usr/local/BLAST && cd /usr/local/BLAST 上传源码包至该目录并解压 tar xzf ncbi-blast-2.9.0+-src.tar.gz cd ncbi-blast-2.7.1+-src export BLAST_TOP=`pwd` export CC=gcc export CXX=g++ 步骤 3 下载LMDB 下载地址：https://github.com/LMDB/lmdb/releases 手动下载源码包“ lmdb-LMDB_0.9.24.tar.gz” 步骤 4 上传至服务器 cd /usr/local/BLAST/ncbi-blast-2.7.1+-src 上传源码包至该目录并解压 tar -xvf lmdb-LMDB_0.9.24.tar.gz cd lmdb-LMDB_0.9.24 export LMDB_PATH=$BLAST_TOP/lmdb-LMDB_0.9.24 4.2.2 编译安装BLAST 步骤 1 配置。 cd $BLAST_TOP/c++./configure 步骤 2 编译安装。 cd ReleaseMT/build make all_r -j4 cd $BLAST_TOP/c++/ReleaseMT/bin ls blastp 说明编译安装成功。 4.3 RPM方式安装说明：由于blast的rpm包太大，建议根据第6章自行打包。步骤 1 复制RPM包至目标服务器“ /home”目录并安装。步骤 2 安装RPM包。yum localinstall blast-2.9.0-1.el7.aarch64.rpm查看是否生成blastpcd /usr/local/ncbi-blast-2.9.0+-src/c++/ReleaseMT/binll blastp说明安装成功。----结束 5 运行和验证说明：RPM安装方式，已经将配置过程集成到安装过程中，配置步骤可以跳过，直接从“运行验证“开始。5.1 验证 BLAST步骤 1 手动下载测试算例protein_query.fastas：https://gitlab.com/arm-hpc/packages/uploads/1acce57b88cc76f6c89a087e449456b5/protein_query.fastaSWISSPROT：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/swissprot.gz 步骤 2 上传至服务器mkdir -p /usr/local/case && cd /usr/local/case上传算例至case目录步骤 3 编译算例数据gzip -d swissprot.gzmv swissprot swissprot.famkdir datamv swissprot.fa data/mv protein_query.fasta data/编译安装方式单独需执行：export PATH=$BLAST_TOP/c++/ReleaseMT/bin:$PATHRPM方式安装单独需执行：export PATH=/usr/local/ncbi-blast-2.9.0+-src/c++/ReleaseMT/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/ncbi-blast-2.9.0+-src:$LD_LIBRARY_PATH Case目录下执行：makeblastdb -in data/swissprot.fa -dbtype prot cd data 步骤 4 执行验证在case目录下执行{ time blastp -query data/protein_query.fasta -db data/swissprot.fa ; } 2>&1 |tee output_protein_alignments.txt需要查看日志中最后的time命令输出中的“real”数值，单位是时间“x分钟y秒”，数值越低性能越优。----结束 6 RPM打包(参考)说明：本段提供了RPM包制作的详细过程，当部署环境与本文档环境不兼容时，可参考此打包过程，自制RPM包，然后再安装到部署环境。6.1 编译安装gcc 9.1.0参考以下链接完成：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-37708-1-1.html 6.2 准备RPM 打包环境步骤 1 安装rpmdevtools。yum install rpmdevtools图步骤 2 生成打包目录树。rpmdev-setuptree图步骤 3 进入目录~/rpmbuild，应有如下文件夹：cd ~/rpmbuild ----结束6.3 RPM打包资源准备步骤 1 下载BLAST源码。下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ 手动下载源码包“ncbi-blast-2.9.0+-src.tar.gz” 步骤 2 上传至服务器。拷贝至以下目录：cp ncbi-blast-2.9.0+-src.tar.gz ~/rpmbuild/SOURCES/并且将gcc 9.1.0的libstdc++.so.6拷贝至SOURCES：cp /usr/local/gnu/lib64/libstdc++.so.6 ~/rpmbuild/SOURCES 步骤3 下载LMDB源码。下载地址：https://github.com/LMDB/lmdb/releases手动下载源码包“ lmdb-LMDB_0.9.24.tar.gz” 步骤 4 上传至服务器“/opt”目录。 6.4 编辑SPEC文件步骤 1 生成SPEC文件模板1．切换目录至~/rpmbuild/SPECS。cd ~/rpmbuild/SEPCS2．生成模板文件blast2.9.0.spec。rpmdev-newspec blast2.9.0ls 步骤 2 修改SPEC文件vi blast2.9.0.spec修改后，blast2.9.0.spec文件内容如下：%define __debug_install_post \%{_rpmconfigdir}/find-debuginfo.sh %{?_find_debuginfo_opts} "%{_builddir}/%{?buildsubdir}"\%{nil}Name: blastVersion: 2.9.0Release: 1%{?dist}Summary: Basic Local Alignment Search Tool License: GPLURL: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgiSource0: ncbi-blast-2.9.0+-src.tar.gzSource1: libstdc++.so.6 %descriptionThe Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families. %prep%setup -c -n %{name}-%{version}cd ncbi-blast-2.9.0+-srcexport BLAST_TOP=`pwd`export CC=gccexport CXX=g++cp /opt/lmdb-LMDB_0.9.24.tar.gz ./tar -xvf lmdb-LMDB_0.9.24.tar.gzcd lmdb-LMDB_0.9.24export LMDB_PATH=$BLAST_TOP/lmdb-LMDB_0.9.24 %buildcd ncbi-blast-2.9.0+-src/c++/./configurecd ReleaseMT/buildmake all_r -j4 %installmkdir -p ~/rpmbuild/BUILDROOT/blast-2.9.0-1.el7.aarch64/usr/localcd %{_builddir}/blast-2.9.0cp -r ncbi-blast-2.9.0+-src ~/rpmbuild/BUILDROOT/blast-2.9.0-1.el7.aarch64/usr/local%{__install} -p -D -m 0755 %{SOURCE1} %{buildroot}/usr/local/ncbi-blast-2.9.0+-src %files/usr/local%doc ----结束6.5 RPM打包步骤 1 构建SRPM和RPMrpmbuild -ba blast2.9.0.spec 步骤 2 查看生成的RPM包ls ~/rpmbuild/RPMS/aarch64 步骤 3 RPM包验证RPM包的验证，可参考”5 运行和验证“----结束 7 FAQ7.1 RPM打包流程、示例及问题集 1、参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html 2、参考Arm公司官网：https://developer.arm.com/tools-and-software/server-and-hpc/arm-architecture-tools/resources/porting-and-tuning/building-blast-with-arm-compiler/single-page 7.2 Contains an invalid rpath问题现象：解决：vi ~/.rpmmacros

行解大鹏 发表于2020-03-20 17:40:25 2020-03-20 17:40:25 最后回复敬业的板砖工 2020-04-11 15:14:23
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yum Linux
KunPeng平台 Bowtie 1.2.3版本移植安装指南

1 Bowtie简介 Bowtie是一个超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列对比至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。换言之，bowtie非常适配下一代测序技术。2 环境信息2.1 环境信息项目版本下载地址CentOS7.6https://www.centos.org/download/Kernel4.14.0包含在操作系统镜像中CPU鲲鹏920服务器配置16U16GB40GB3 配置编译环境说明：文档中的Yum源配置包含本地yum源、网络yum、华为yum源三种，本次使用Centos官方默认yum源，其它方式保留在文档中，按需参考。3.1 配置本地yum源说明：如果组网环境处于外网受限情况下，服务器yum命令无法通过外界获取依赖包时，可参考本节内容进行本地源配置。步骤 1 获取镜像文件。将OS镜像文件CentOS-7-aarch64-Everything-1810.iso拷贝到服务器的“/root”目录下。步骤 2 镜像文件挂载。 1. 将“/root”目录下的CentOS操作系统对应iso文件挂载到“/mnt”目录下(该操作单次生效，重启后失效)。 mount /root/CentOS-7-aarch64-Everything-1810.iso /mnt 2. （可选）设置开机挂载。如果需要开机启动后自动挂载镜像，则请执行以下操作。否则，请忽略该步骤 a. 打开fstab文件。 vi /etc/fstab b. 编辑/etc/fstab文件，在文件末尾添加如下内容: /root/CentOS-7-aarch64-Everything-1810.iso /mnt iso9660 loop 0 0 c. 保存并退出fstab文件。步骤 3 添加本地源文件。 1. 备份“/etc/yum.repos.d”目录。 mv /etc/yum.repos.d /etc/yum.repos.d.bak 1. 进入“/etc/yum.repos.d”目录。 mkdir –p /etc/yum.repos.d cd /etc/yum.repos.d 2. 创建local.repo文件。 a. 打开local.repo文件 touch local.repo vi local.repo b. 在local.repo文件中添加如下内容: [local] name=local.repo baseurl=file:///mnt enabled=1 gpgcheck=0 其中，baseurl中file路径为镜像挂载路径，与步骤2的挂载目录“/mnt”对应。步骤 4 生效本地源。 yum clean all yum makecache 说明：使用yum repolist查看repo列表，结果中包含local，即表示本地源配置成功： yum repolist ----结束3.2 配置网络yum源(清华大学源) 说明：如果centos官方yum源及本地源无法满足依赖包的安装，需要使用到网络yum源时，可参考本节内容进行网络yum源（清华大学源）配置。步骤 1 备份系统原来的repo文件。 1. 进入“/etc/yum.repos.d”目录。 cd /etc/yum.repos.d 2. 备份系统官方的repo文件。 cp CentOS-Base.repo CentOS-Base.repo.bak 步骤 2 修改/etc/yum.repos.d/ CentOS-Base.repo文件。在 mirrorlist= 开头行前面加 # 注释掉；并将 baseurl= 开头行取消注释（如果被注释的话），把该行内的域名/系统框架（例如mirror.centos.org/altarch）替换为mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/centos-altarch。步骤 3 执行yum源更新命令。 yum clean all yum makecache 说明：使用yum repolist查看repo列表，结果中包含base/7/aarch64，即表示网络源配置成功： yum repolist ----结束3.3 配置华为yum源步骤 1 将华为源配置写入华为源repo文件： echo -e "[kunpeng]\nname=CentOS-kunpeng - Base - mirrors.huaweicloud.com\nbaseurl=https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng /yum/el/7/aarch64/\ngpgcheck=0\nenabled=1" >/etc/yum.repos.d/CentOS-Base-kunpeng.repo 步骤 2 更新yum源配置： yum clean all yum makecache 说明：使用yum repolist查看repo列表，结果中包含kunpeng，即表示华为源配置成功： yum repolist ----结束3.4 安装依赖包步骤1 安装依赖包。 yum install gcc gcc-c++ zlib-devel ----结束4 安装说明：本文将介绍两种安装方式，请视具体情况选择其中一种安装方式。表 4-1 安装方式说明安装方式安装说明源码编译安装源码安装，与环境内核无冲突，可定制，但是复杂度高。rpm方式安装rpm包方式，方便简单（当部署环境与本文档环境一致时，推荐使用本方式）。4.1 源码编译安装 4.1.1 获取源码步骤 1 下载bowtie源码。 wget –O bowtie-1.2.3.zip https://github.com/BenLangmead/bowtie/archive/v1.2.3.zip 说明：如果提示”wget: 未找到命令”，请先用yum install wget安装wget工具。步骤 2 复制至服务器“/home”目录。 cp bowtie-1.2.3.zip /home 4.1.2 编译安装bowtie 步骤 1 解压openssl源码包。 cd /home unzip bowtie-1.2.3.zip 说明：如果提示”unzip: 未找到命令”，请先用yum install unzip安装unzip工具。步骤 2 修改Makefile文件中的”BITS”值大小。 cd bowtie-1.2.3 Vi Makefile 要支持aarch64，需要在BITS赋值下方增加如下内容： ifeq (aarch64, $(shell uname -m)) BITS=64 endif 修改前为：修改后为：步骤3 修改Makefile，m64编译项增加x86分支。增加aarch64分支： M64_FLAG := -m64 ifeq (aarch64, $(shell uname -m)) M64_FLAG := endif 修改前为：修改后为：步骤4 添加环境变量。 export NO_TBB=1 export POPCNT_CAPABILITY=0 步骤5 make编译。 make 说明：编译过程的警告信息可以忽略，结束后使用echo $?查询编译结果，预期为0。 echo $? ----结束步骤6 make install安装。 make install echo $? ----结束4.2 RPM方式安装说明：附件中的rpm都是通过开源代码编译打包而成，并验证通过，打包过程参考“6 RPM打包”。步骤 1 从附件获取RPM包，并复制RPM包至服务器“ /home”目录并安装。 ls /home 步骤 2 安装RPM包。 yum localinstall /home/bowtie-1.2.3-1.el7.aarch64.rpm ----结束5 运行和验证5.1 验证准备步骤 1 获取测试fna文件。 wget https://github.com/BenLangmead/bowtie/blob/v1.2.3/genomes/NC_008253.fna ----结束5.2 运行测试步骤 1 bowtie-build构建index。 bowtie-build NC_008253.fna NC_008253.index ls –l *.ebwt …….. ----结束6 RPM打包(参考) 说明：本段提供了RPM包制作的详细过程，当部署环境与本文档环境不兼容时，可参考此打包过程，自制RPM包，然后再安装到部署环境。6.1 准备RPM 打包环境步骤 1 安装rpmdevtools。 yum install rpmdevtools 步骤 2 生成打包目录树。 cd ~/ rpmdev-setuptree 步骤 3 进入目录~/rpmbuild，应有如下文件夹： cd ~/rpmbuild ----结束6.2 编辑SPEC文件步骤 1 生成SPEC文件模板。 1．切换目录至~/rpmbuild/SPECS。 cd ~/rpmbuild/SPECS 2．生成模板文件bowtie.spec。 rpmdev-newspec bowtie ls 步骤 2 修改SPEC文件。 vi bowtie.spec 修改后，bowtie.spec文件内容如下： Name: bowtie Version: 1.2.3 Release: 1%{?dist} Summary: Bowtie is an ultrafast, memory-efficient short read aligner. License: Artistic License 2.0 URL: http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml %undefine _disable_source_fetch Source0: https://github.com/BenLangmead/bowtie/archive/v1.2.3.zip BuildRequires: gcc gcc-c++ zlib-devel unzip %description Bowtie is an ultrafast, memory-efficient short read aligner. It aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Bur rows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end). %prep %setup -q %build sed -i '/BITS=32/a\ifeq (aarch64,$(shell uname -m))\r\n BITS=64\r\nendif' Makefile sed -i '/DEBUG_FLAGS = -O0/d' Makefile sed -i '/RELEASE_FLAGS = -O3/d' Makefile sed -i '/NOASSERT_FLAGS = -DNDEBUG/d' Makefile sed -i '/FILE_FLAGS = -D_LARGEFILE_SOURCE/d' Makefile sed -i '/BIN_LIST = bowtie-build-s/i\M64_FLAG := -m64\r\n\r\nifeq (aarch64, $(shell uname -m))\r\n M64_FLAG :=\r\n\r\nendif' Makefile export NO_TBB=1 export POPCNT_CAPABILITY=0 make %install rm -rf $RPM_BUILD_ROOT %make_install %define local_bin_path %{_prefix}/local/bin/ %files %{local_bin_path} %doc %changelog （spec文件也可以从附件获取） ----结束6.3 RPM打包步骤 1 rpmlint检查SPEC文件或RPM包。 1．安装rpmlint。 yum install rpmlint 2．错误检查。说明：如果返回错误/警告，使用 “-i” 选项查看更详细的信息。但由于rpmlint检测较严格，一些错误可忽略，可根据实际情况结合检测结果进行修改。 rpmlint –i bowtie.spec 步骤 2 构建SRPM和RPM。 rpmbuild -bb bowtie.spec ........ 步骤 3 查看生成的RPM包。 ls ~/rpmbuild/RPMS/aarch64 步骤 4 RPM包验证。 RPM包的验证，可参考”5 运行和验证“。 ----结束7 FAQ7.1 RPM打包流程、示例及问题集参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html

行解大鹏 发表于2020-03-20 11:44:06 2020-03-20 11:44:06 最后回复远方的天空 2020-05-15 17:11:39
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yum Linux
[Atlas200] 关于Linux kernel Image问题

《Atlas 200 软件开发指南 02.pdf》第2章节 ‘安全启动特性’ 里面写到：由于安全启动校验特性，不允许替换表2-1中的7个二进制文件，否则会导致系统无法正常启动。但现在我需要修改Linux kernel 配置选项重新编译出Image，来增加外设驱动支持（不能以ko模块形式编译）。但编译出来的Image是不能启动，这问题怎么解决？另外，还需要修改dtb文件。按介绍说dtb同样也是不能替换的............

猴子请来的救兵 发表于2020-03-20 10:42:32 2020-03-20 10:42:32 最后回复猴子请来的救兵 2020-03-25 10:40:10
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Image kernel Linux
[交流吐槽] 建议增加ArchLinux和ArchLinuxcn镜像

目前国内稳定的ArchLinux源并不多，最终用户运营商带宽，线路地域分布资源等因素，Linux 用户想稳定的更新系统还是比较麻烦的。国内镜像排名1.阿里云开源镜像站https://mirrors.aliyun.com2.华为开元镜像站https://mirrors.huaweicloud.com3.清华大学开原镜像站https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn4.中国科学技术大学https://mirrors.ustc.edu.cn5.大连东软信息学院https://mirrors.neusoft.edu.cn6. 华中科技大学开源镜像站https://mirrors.hust.edu.cn7.网易开源镜像站https://mirrors.163.com8.重庆大学开源镜像站https://mirrors.cqu.edu.cnNO.1是阿里第二是华为清华和中科大并列第三网易紧追其后东软，重大，华科，旗鼓相当……………………………………%%%%%%%%%%%%%%……………………………………以上仅列出部分高校开源镜像站，目前并不是所有镜像站都有 ArchLinuxcn ，ArchLinux相信很多人都在用，但是社区的源太少，下载太慢了，因此希望华为云增加ArcLinux和ArchLinuxcn的镜像源。

纯真年代 发表于2020-03-19 04:55:19 2020-03-19 04:55:19 最后回复纯真年代 2020-03-19 04:55:19
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镜像服务 IMS Linux
[技术干货] 【南京HDZ】CentOS 7内核升级

想必大家都知道，如果部署Docker 17以上版本，则需要将Docker Engin部署在Linux 4.0以上版本的Kernel上，由于CentOS 8发布不久，很多设置习惯与之前版本不一样，并且很多已有软件和程序包无法在其上正常工作，但是CentOS 7使用的内核版本默认为3.10.x，如果想升级到更高版本的内核，就必须通过下载Kernel RPM包的方式自行升级，具体操作步骤如下：1. 访问内核下载网站，如清华大学官方镜像站点：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/elrepo/kernel/，里面会看到如下的资源列表清单：el5/ - 2012-08-01 03:45el6/ - 2019-05-12 11:08el7/ - 2019-05-12 01:35el8/ - 2019-07-22 05:46其表示的含义就是CentOS的大版本号，如CentOS 6.x，就选择el6/，我们是CentOS 7的系统，当然选择el7/进入（‘el’表示Enterprise Linux）,然后选择x86_64/之后再选择RPMS/，又会出现以下资源清单：elrepo-release-7.0-4.el7.elrepo.noarch.rpm 8.5 KiB 2019-07-16 00:03kernel-lt-4.4.215-1.el7.elrepo.x86_64.rpm 39.2 MiB 2020-02-29 00:39kernel-lt-4.4.216-1.el7.elrepo.x86_64.rpm 39.3 MiB 2020-03-11 21:30kernel-lt-devel-4.4.215-1.el7.elrepo.x86_64.rpm 10.2 MiB 2020-02-29 00:39kernel-lt-devel-4.4.216-1.el7.elrepo.x86_64.rpm 10.2 MiB 2020-03-11 21:30kernel-lt-doc-4.4.215-1.el7.elrepo.noarch.rpm 6.1 MiB 2020-02-29 00:39kernel-lt-doc-4.4.216-1.el7.elrepo.noarch.rpm 6.1 MiB 2020-03-11 21:30kernel-lt-headers-4.4.215-1.el7.elrepo.x86_64.rpm 1016.2 KiB 2020-02-29 00:39kernel-lt-headers-4.4.216-1.el7.elrepo.x86_64.rpm 1016.4 KiB 2020-03-11 21:30kernel-lt-tools-4.4.215-1.el7.elrepo.x86_64.rpm 150.8 KiB 2020-02-29 00:39......kernel-ml-5.5.8-1.el7.elrepo.x86_64.rpm 49.2 MiB 2020-03-05 21:41kernel-ml-5.5.9-1.el7.elrepo.x86_64.rpm 49.2 MiB 2020-03-12 07:25kernel-ml-devel-5.5.8-1.el7.elrepo.x86_64.rpm 12.9 MiB 2020-03-05 21:41kernel-ml-devel-5.5.9-1.el7.elrepo.x86_64.rpm 12.9 MiB 2020-03-12 07:25kernel-ml-doc-5.5.8-1.el7.elrepo.noarch.rpm 8.3 MiB 2020-03-05 21:41kernel-ml-doc-5.5.9-1.el7.elrepo.noarch.rpm 8.3 MiB 2020-03-12 07:25......这里要注意的是，如果是企业生产环境，一定要选择lt（longterm）长期支持版的镜像包（ml表示mainline，即主线滚动更新版本），如kernel-lt-4.4.216-1.el7.elrepo.x86_64.rpm，并且同时下载配套的开发包kernel-lt-devel-4.4.216-1.el7.elrepo.x86_64.rpm（其中包含有.h和C/C++ lib函数库）。2. 安装下载好的内核包：# yum localinstall kernel-lt-4.4.216-1.el7.elrepo.x86_64.rpm kernel-lt-devel-4.4.216-1.el7.elrepo.x86_64.rpm -y3. 设置新的内核为系统默认启动项：# grub2-mkconfig // 查询启动项配置文件找到'CentOS Linux (4.4.216-1.el7.elrepo.x86_64) 7 (Core)'# grub2-set-default 'CentOS Linux (4.4.215-1.el7.elrepo.x86_64) 7 (Core)'重启操作系统，会显示新内核为默认启动项。这里需要注意的地方是，网络配置需要通过 nmcli c reload 重新载入，否则会默认变为DHCP动态获取IP方式。南京HDZ开发者社区正式成立志愿者火热招募中，期待您的加入~社区宗旨：开放、创新、多元对于前沿技术开发感兴趣的朋友欢迎加入到HDZ的大家庭！！！南京HDZ报名通道：https://275956.weixin.drip.im/form/detail/27667c0f-8c4e-4c47-957d-a7bf3d524245?special=275956【南京HDZ 公众号】

tiffanybly 发表于2020-03-13 14:14:10 2020-03-13 14:14:10 最后回复 tiffanybly 2020-03-13 14:14:10
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CentOS Linux
[迁移工具] 【dependency advisor 问题反馈】rpm安装包扫描存在异常

如下rpm包，进行安装包扫描，分析结果不到1分钟http://s3.amazonaws.com/dev.hortonworks.com/HDP/centos7/3.x/BUILDS/3.1.0.0-78/knox/knox_3_1_0_0_78-1.0.0.3.1.0.0-78.noarch.rpm通过porting advisor软件分析构建中心重新构建，生成knox_3_1_0_0_78-1.0.0.3.1.0.0-78.aarch64.rpm包再用dependency advisor进行安装包扫描，扫描时间非常长，超过5分钟，且结果有误。

way 发表于2020-03-03 15:31:13 2020-03-03 15:31:13 最后回复阿奇@汪汪队 2020-03-03 15:48:03
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