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- 在分析NGS数据(fastq格式)之前,需要有参考基因组,bed文件,输入数据这里构建一个流程,分为两步:将fastq比对为sam,并转成bam(需安装bwa或bowtie,还需安装samtools)对bam的某些区域进行测序深度评估,并绘图(需安装gnuplot)首先用人类hg19的 Exons的bed文件,随机选取某些基因的Exons,作为测试bed。如果用整个bed,运算时间较长。其次... 在分析NGS数据(fastq格式)之前,需要有参考基因组,bed文件,输入数据这里构建一个流程,分为两步:将fastq比对为sam,并转成bam(需安装bwa或bowtie,还需安装samtools)对bam的某些区域进行测序深度评估,并绘图(需安装gnuplot)首先用人类hg19的 Exons的bed文件,随机选取某些基因的Exons,作为测试bed。如果用整个bed,运算时间较长。其次...
- TCGA(The Cancer Genome Atlas)项目完成后,最终和其它的一些肿瘤医学项目一起归档在 GDC Portal网站,方便人们访问。网址是 https://portal.gdc.cancer.gov其中除了TCGA的数据还有其它一些医学项目产生的基因测序数据,以及临床信息数据。网站首页如下:左侧可以点击Projects 根据项目类型,实验类型,基因突变类型搜索样本或数据信... TCGA(The Cancer Genome Atlas)项目完成后,最终和其它的一些肿瘤医学项目一起归档在 GDC Portal网站,方便人们访问。网址是 https://portal.gdc.cancer.gov其中除了TCGA的数据还有其它一些医学项目产生的基因测序数据,以及临床信息数据。网站首页如下:左侧可以点击Projects 根据项目类型,实验类型,基因突变类型搜索样本或数据信...
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