• NextFlow学习记录--序列比对和评估
  在分析NGS数据（fastq格式）之前，需要有参考基因组，bed文件，输入数据这里构建一个流程，分为两步：将fastq比对为sam，并转成bam（需安装bwa或bowtie，还需安装samtools）对bam的某些区域进行测序深度评估，并绘图（需安装gnuplot）首先用人类hg19的 Exons的bed文件，随机选取某些基因的Exons，作为测试bed。如果用整个bed，运算时间较长。其次...
  benymorre

  发表于2019-06-05 20:09:38

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  在分析NGS数据（fastq格式）之前，需要有参考基因组，bed文件，输入数据这里构建一个流程，分为两步：将fastq比对为sam，并转成bam（需安装bwa或bowtie，还需安装samtools）对bam的某些区域进行测序深度评估，并绘图（需安装gnuplot）首先用人类hg19的 Exons的bed文件，随机选取某些基因的Exons，作为测试bed。如果用整个bed，运算时间较长。其次...
  pipeline
• TCGA肿瘤基因数据的访问<二>
  TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目完成后，最终和其它的一些肿瘤医学项目一起归档在 GDC Portal网站，方便人们访问。网址是 https://portal.gdc.cancer.gov其中除了TCGA的数据还有其它一些医学项目产生的基因测序数据，以及临床信息数据。网站首页如下：左侧可以点击Projects 根据项目类型，实验类型，基因突变类型搜索样本或数据信...
  benymorre

  发表于2019-06-01 15:34:39

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  TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目完成后，最终和其它的一些肿瘤医学项目一起归档在 GDC Portal网站，方便人们访问。网址是 https://portal.gdc.cancer.gov其中除了TCGA的数据还有其它一些医学项目产生的基因测序数据，以及临床信息数据。网站首页如下：左侧可以点击Projects 根据项目类型，实验类型，基因突变类型搜索样本或数据信...
  pipeline