1 Bowtie简介       Bowtie是一个超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列对比至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。换言之，bowtie非常适配下一代测序技术。2 环境信息2.1 环境信息项目版本下载地址CentOS7.6https://www.centos.org/download/Kernel4.14.0包含在操作系统镜像中CPU鲲鹏920服务器配置16U16GB40GB3 配置编译环境        说明：文档中的Yum源配置包含本地yum源、网络yum、华为yum源三种，本次使用Centos官方默认yum源，其它方式保留在文档中，按需参考。3.1 配置本地yum源        说明：如果组网环境处于外网受限情况下，服务器yum命令无法通过外界获取依赖包时，可参考本节内容进行本地源配置。        步骤 1   获取镜像文件。                将OS镜像文件CentOS-7-aarch64-Everything-1810.iso拷贝到服务器的“/root”目录下。        步骤 2   镜像文件挂载。                1. 将“/root”目录下的CentOS操作系统对应iso文件挂载到“/mnt”目录下(该操作单次生效，重启后失效)。                        mount /root/CentOS-7-aarch64-Everything-1810.iso /mnt                2. （可选）设置开机挂载。                        如果需要开机启动后自动挂载镜像，则请执行以下操作。否则，请忽略该步骤                        a. 打开fstab文件。                            vi /etc/fstab                        b. 编辑/etc/fstab文件，在文件末尾添加如下内容:                            /root/CentOS-7-aarch64-Everything-1810.iso /mnt iso9660 loop 0 0                        c. 保存并退出fstab文件。        步骤 3   添加本地源文件。                1. 备份“/etc/yum.repos.d”目录。                        mv /etc/yum.repos.d /etc/yum.repos.d.bak                1. 进入“/etc/yum.repos.d”目录。                        mkdir –p /etc/yum.repos.d                        cd /etc/yum.repos.d                2. 创建local.repo文件。                        a. 打开local.repo文件                           touch local.repo                           vi local.repo                        b. 在local.repo文件中添加如下内容:                            [local]                            name=local.repo                            baseurl=file:///mnt                            enabled=1                           gpgcheck=0                           其中，baseurl中file路径为镜像挂载路径，与步骤2的挂载目录“/mnt”对应。        步骤 4   生效本地源。                yum clean all                 yum makecache                 说明：使用yum repolist查看repo列表， 结果中包含local，即表示本地源配置成功：                yum repolist                                ----结束3.2 配置网络yum源(清华大学源)        说明：如果centos官方yum源及本地源无法满足依赖包的安装，需要使用到网络yum源时，可参考本节内容进行网络yum源（清华大学源）配置。        步骤 1   备份系统原来的repo文件。                1. 进入“/etc/yum.repos.d”目录。                        cd /etc/yum.repos.d                2. 备份系统官方的repo文件。                        cp CentOS-Base.repo CentOS-Base.repo.bak        步骤 2   修改/etc/yum.repos.d/ CentOS-Base.repo文件。                在 mirrorlist= 开头行前面加 # 注释掉；                并将 baseurl= 开头行取消注释（如果被注释的话），把该行内的域名/系统框架（例如mirror.centos.org/altarch）替换为mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/centos-altarch。        步骤 3   执行yum源更新命令。                yum clean all                yum makecache                说明：使用yum repolist查看repo列表， 结果中包含base/7/aarch64，即表示网络源配置成功：                yum repolist                                      ----结束3.3 配置华为yum源        步骤 1   将华为源配置写入华为源repo文件：                echo -e "[kunpeng]\nname=CentOS-kunpeng - Base - mirrors.huaweicloud.com\nbaseurl=https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng                /yum/el/7/aarch64/\ngpgcheck=0\nenabled=1" >/etc/yum.repos.d/CentOS-Base-kunpeng.repo        步骤 2   更新yum源配置：                yum clean all                             yum makecache                说明：使用yum repolist查看repo列表， 结果中包含kunpeng，即表示华为源配置成功：                yum repolist                                ----结束3.4 安装依赖包        步骤1   安装依赖包。                yum install gcc gcc-c++ zlib-devel                                ----结束4 安装        说明：本文将介绍两种安装方式，请视具体情况选择其中一种安装方式。        表 4-1 安装方式说明安装方式安装说明源码编译安装源码安装，与环境内核无冲突，可定制，但是复杂度高。rpm方式安装rpm包方式，方便简单（当部署环境与本文档环境一致时，推荐使用本方式）。4.1 源码编译安装        4.1.1 获取源码                步骤 1   下载bowtie源码。                        wget –O bowtie-1.2.3.zip https://github.com/BenLangmead/bowtie/archive/v1.2.3.zip                        说明：如果提示”wget: 未找到命令”，请先用yum install wget安装wget工具。                步骤 2   复制至服务器“/home”目录。                        cp bowtie-1.2.3.zip /home        4.1.2 编译安装bowtie                步骤 1   解压openssl源码包。                        cd /home                        unzip bowtie-1.2.3.zip                        说明：如果提示”unzip: 未找到命令”，请先用yum install unzip安装unzip工具。                                        步骤 2   修改Makefile文件中的”BITS”值大小。                        cd bowtie-1.2.3                        Vi Makefile                        要支持aarch64，需要在BITS赋值下方增加如下内容：                        ifeq (aarch64, $(shell uname -m))                                    BITS=64                        endif                        修改前为：                                                修改后为：                                        步骤3   修改Makefile，m64编译项增加x86分支。                        增加aarch64分支：                        M64_FLAG := -m64                        ifeq (aarch64, $(shell uname -m))                        M64_FLAG :=                        endif                        修改前为：                                                修改后为：                                        步骤4   添加环境变量。                        export NO_TBB=1                        export POPCNT_CAPABILITY=0                步骤5   make编译。                        make                                                说明：编译过程的警告信息可以忽略，结束后使用echo $?查询编译结果，预期为0。                        echo $?                                                ----结束                步骤6   make install安装。                        make install                        echo $?                                                ----结束4.2 RPM方式安装        说明：附件中的rpm都是通过开源代码编译打包而成，并验证通过，打包过程参考“6 RPM打包”。        步骤 1   从附件获取RPM包，并复制RPM包至服务器“ /home”目录并安装。                ls /home                        步骤 2   安装RPM包。                yum localinstall /home/bowtie-1.2.3-1.el7.aarch64.rpm                                ----结束5 运行和验证5.1 验证准备        步骤 1   获取测试fna文件。                wget https://github.com/BenLangmead/bowtie/blob/v1.2.3/genomes/NC_008253.fna                ----结束5.2 运行测试        步骤 1   bowtie-build构建index。                bowtie-build NC_008253.fna NC_008253.index                ls –l *.ebwt                                ……..                                                ----结束6 RPM打包(参考)        说明：本段提供了RPM包制作的详细过程，当部署环境与本文档环境不兼容时，可参考此打包过程，自制RPM包，然后再安装到部署环境。6.1 准备RPM 打包环境        步骤 1   安装rpmdevtools。                yum install rpmdevtools                        步骤 2   生成打包目录树。                cd ~/                rpmdev-setuptree        步骤 3   进入目录~/rpmbuild，应有如下文件夹：                cd ~/rpmbuild                                ----结束6.2 编辑SPEC文件        步骤 1   生成SPEC文件模板。                1．切换目录至~/rpmbuild/SPECS。                        cd ~/rpmbuild/SPECS                2．生成模板文件bowtie.spec。                        rpmdev-newspec bowtie                        ls                                步骤 2   修改SPEC文件。                vi bowtie.spec                修改后，bowtie.spec文件内容如下：                                        Name:           bowtie                        Version:        1.2.3                        Release:        1%{?dist}                        Summary:        Bowtie is an ultrafast, memory-efficient short read aligner.                        License:        Artistic License 2.0                        URL:            http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml                        %undefine _disable_source_fetch                        Source0:        https://github.com/BenLangmead/bowtie/archive/v1.2.3.zip                        BuildRequires:  gcc gcc-c++ zlib-devel unzip                        %description                        Bowtie is an ultrafast, memory-efficient short read aligner. It aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25                         million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Bur                        rows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end).                        %prep                        %setup -q                        %build                        sed -i '/BITS=32/a\ifeq (aarch64,$(shell uname -m))\r\n        BITS=64\r\nendif' Makefile                        sed -i '/DEBUG_FLAGS = -O0/d' Makefile                        sed -i '/RELEASE_FLAGS = -O3/d' Makefile                        sed -i '/NOASSERT_FLAGS = -DNDEBUG/d' Makefile                        sed -i '/FILE_FLAGS = -D_LARGEFILE_SOURCE/d' Makefile                        sed -i '/BIN_LIST = bowtie-build-s/i\M64_FLAG := -m64\r\n\r\nifeq (aarch64, $(shell uname -m))\r\n        M64_FLAG :=\r\n\r\nendif' Makefile                        export NO_TBB=1                        export POPCNT_CAPABILITY=0                        make                        %install                        rm -rf $RPM_BUILD_ROOT                        %make_install                        %define local_bin_path %{_prefix}/local/bin/                        %files                        %{local_bin_path}                        %doc                                                %changelog                        （spec文件也可以从附件获取）                ----结束6.3 RPM打包        步骤 1   rpmlint检查SPEC文件或RPM包。                1．安装rpmlint。                        yum install rpmlint                                        2．错误检查。                        说明：如果返回错误/警告，使用 “-i” 选项查看更详细的信息。但由于rpmlint检测较严格，一些错误可忽略，可根据实际情况结合检测结果进                        行修改。                        rpmlint –i bowtie.spec                                 步骤 2   构建SRPM和RPM。                rpmbuild -bb bowtie.spec                                 ........                        步骤 3   查看生成的RPM包。                ls ~/rpmbuild/RPMS/aarch64                        步骤 4   RPM包验证。                RPM包的验证，可参考”5 运行和验证“。                ----结束7 FAQ7.1 RPM打包流程、示例及问题集        参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html

    最近需要在Euler-arm的GAUSS200上扩展功能组件，该组件依赖于第三方组件，因为本地缺乏编译环境，按照文档进行编译容易出现各种问题。    集群又无外网，因此想从系统镜像中补齐缺失的组件，结果意外发现在镜像中其实有很多组件可以直接使用，而我只需要编译镜像中没有的少数工具即可。    yum使用系统镜像进行安装的操作如下：复制镜像文件到任意目录，如/opt/software/Euler2.0SP8.iso建立挂载目录，如/media/，mkdir /media/ 挂载镜像 mount /opt/software/Euler2.0SP8.iso  /media/ -o loop修改yum配置文件/etc/yum.repos.d/euleros_aarch64.repo（注意修改前备份）name 可根据实际情况自由修改baseurl 修改为挂载目录，如baseurl=file:///media/gpgkey 修改为挂载目录下的key文件，如gpgkey=file:///media/RPM-GPG-KEY-EulerOS（如果没有key也可以删除这一行）清理yum缓存  yum clean all    这样就可以愉快的使用镜像来安装组件了，比如常见的GCC编译工具：yum install gcc 安装后就可以直接使用，不需要单独编译。    镜像中还有许多其他有用的工具，小伙伴们自行探索吧

1 FASTDFS简介        FastDFS是一个开源的轻量级分布式文件系统，它对文件进行管理，功能包括：文件存储、文件同步、文件访问（文件上传、文件下载）等，解决了大容量存储和负载均衡的问题。特别适合以文件为载体的在线服务，如相册网站、视频网站等等。 2 环境信息2.1 环境信息类别子项版本获取地址OSCentOS7.6 Aarch64https://www.centos.org/download/服务器配置16U16GB40GB软件 fastdfs5.11Fastdfs-5.11-1.el7.aarch64.rpm         说明：fastdfs的安装部署依赖于fastdfs-nginx-module、libfastcommon、nginx，而nginx的安装又依赖于其它三个模块的安装及配置；所以，为了部署方便，将4个模块一起安装、配置、打包。即：安装了Fastdfs-5.11-1.el7.aarch64.rpm包以后，fastdfs服务相关的4个模块都全部安装、配置完成。 3 安装准备3.1 配置yum源(可选)        本地yum源配置（也可用以下脚本配置），详见参考信息5.1。        网络yum源配置，详见参考信息5.2。3.2 相关软件上传        上传相关的包至服务器任意目录下，如/opt/。4 软件安装4.1 安装        yum localinstall *.rpm 或者 yum localinstall *（这样安装，必须先将所有rpm包拷贝到单独的目录）:                        说明：使用yum localinstall安装 RPM包，可以自动安装依赖；如使用rpm安装，则需要手动安装依赖。4.2 验证FastDFS可用性        测试步骤如下：        a.生成测试文件。        cd /usr/local/src        touch a.txt        vi a.txt        **如下内容并保存。        kungpeng test fastdfs ok!        b.生成文件链接        /usr/bin/fdfs_upload_file  /etc/fdfs/client.conf a.txt        回显信息如下：        [root@host-192-168-0-74 src]# /usr/bin/fdfs_upload_file /etc/fdfs/client.conf a.txt         记录返回的信息为“group1/M00/00/00/wKgAS15Ti_eAE1E-AAAAGWIin0Y864.txt”。                c. 放通云服务器安全组中入口规则里的80端口，在浏览器中输入“http://[ECS IP]:80/group1/M00/00/00/wKgAS15Ti_eAE1E-AAAAGWIin0Y864.txt”可以看到返回的“a.txt”相关信息。                说明: ECS IP为部署fastdfs服务器的IP，本地测试，可以使用127.0.0.1代替。5 参考信息5.1 本地yum源配置        参考：https://www.cnblogs.com/diantong/p/10105805.html5.2 网络yum源配置        参考：https://www.cnblogs.com/AganRun/p/12079080.html5.3 RPM打包流程、示例及问题集        参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html5.4 RPM打包SPEC文件内容        spec文件请参见附件fastdfs.spec.zip                                                Specs文件说明：        1. 为什么nginx的安装配置要放在fastdfs包中，而不独立打包？        Nginx的打包过程中，包含配置步骤(./configure)，其有个关键参数—add-module，要提供fastdfs-nginx-module的配置信息，这个配置信息必须是fastdfs-nginx-module模块安装部署后才会产生; 即：nginx的打包依赖于fastdfs-nginx-module的安装；因此，要么在安装了除nginx外的三个模块后，再手动编译安装nginx，要么nginx和其它模块一起打包。        2. 为什么nginx的安装编译步骤，放在%post部分（安装后处理），而不放在%build、%install部分？        与上面的问题相关，nginx编译时，要提供—add-module参数，这个参数与fastdfs-nginx-module安装后的路径相关，并且还要读取安装路径下的配置，因此只能待其安装后，再编译nginx。%post部分是放置安装后脚本的地方，所以将nginx的安装编译放置在此处。        3. 这种方式安装存在的缺陷        Fastdfs服务本身通过yum安装，因此也可以通过yum卸载(yum erase或yum remove)，但是nginx相当于通过编译安装，不能通过yum卸载。        4. 关于fastdfs服务相关服务器地址的配置        Fastdfs安装过程中， 要在三个配置文件中，设置fastdfs服务的地址，安装程序按服务器的第一个非127.0.0.1地址来获取，若与实际部署环境存在差异，可以手动修改配置文件，并重启相关的服务。涉及的配置文件：/etc/fdfs/storage.conf、/etc/fdfs/client.conf、/etc/fdfs/mod_fastdfs.conf。

鲲鹏迁移工具和扫描工具PDF文档中的apt源描述有误，可以更正下下。

1 Sysbench简介    Sysbench是一款开源的多线程性能测试工具，可以执行CPU、内存、线程、IO、数据库等方面的性能测试。2 环境信息2.1 环境信息类别子项版本获取地址OSCentOS7.6 Aarch64https://www.centos.org/download/服务器配置16U16GB40GB3 安装准备3.1 配置yum源(可选)    本地yum源配置（也可用以下脚本配置），详见参考信息5.1。    网络yum源配置，详见参考信息5.2。4 软件安装4.1 安装    Sysbench的官方Git页面上有关于yum安装的说明，方便快捷，步骤如下：         参考网址：https://github.com/akopytov/sysbench/blob/master/README.md#sysbench    我们按说明进行安装，步骤及回显如下：    curl -s https://packagecloud.io/install/repositories/akopytov/sysbench/script.rpm.sh | sudo bash        sudo yum -y install sysbench     4.2 验证Sysbench可用性4.2.1 安装验证依赖    yum install mariadb mariadb-server mysql-devel –y    4.2.2 准备测试数据    启动mariadb服务： Systemctl start mariadb        初始化测试环境：    mysql –e “create user ‘sysuser’@’localhost’ IDENTIFIED BY ‘123456’;”    mysql –e “flush privileges;”    mysql –e “GRANT ALL ON *.* TO ‘sysuser’@’localhost’;”    mysql –e “flush privileges;”        连接数据库：mysql –usysuser –p123456 –hlocalhost –p3306        创建测试数据库：    Create database dbtest;    Show databases;    4.2.3 测试Sysbench    使用sysbench准备测试数据。    sysbench /usr/share/sysbench/tests/include/oltp_legacy/oltp.lua --mysql-host=localhost --mysql-port=3306 --mysql-user=sysuser --mysql-password=123456 --mysql-db=dbtest --oltp-tables-count=1 --oltp-table-size=1000 --oltp-dist-type=uniform --oltp-read-only=off --oltp-test-mode=complex --rand-init=on --db-driver=mysql --report-interval=10 --threads=1000 --time=120 prepare    回显信息如下：        登录数据库，查看“dbtest”数据库中是否新建表“sbtest1”且表记录数为1000条。    mysql -usysuser -p123456 -hlocalhost -P3306    use dbtest;    show tables;    回显信息如下：        查询表“sbtest1”中的记录数，如下为1000，则表示sysbench安装成功且可正常使用。    select count(*) from sbtest1;    回显信息如下：        如上，与预期一致，sysbench安装测试成功。5 参考信息5.1 本地yum源配置    参考：https://www.cnblogs.com/diantong/p/10105805.html5.2 网络yum源配置    参考：https://www.cnblogs.com/AganRun/p/12079080.html5.3 RPM打包流程、示例及问题集    参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html

一 介绍简要介绍ShakeMap由美国地质**（USGS）开发的，可促进地震信息的交流，而不仅仅是震级和位置。通过快速绘制地震地动图，ShakeMap描绘了振动的分布和严重性。该信息对于评估受影响区域的范围，确定哪些区域可能受到最严重的打击以及快速估算损失至关重要。ShakeMap成功的关键在于，开发了利用任何高质量记录的地面运动以及任何可用的宏观地震烈度数据的算法，从而为震动提供了真实的约束。当前官网上并没有arm版本的rpm包，所以需要直接从源码进行移植。2.建议的版本本次迁移涉及到组件的版本如下。shakemap采用3.5版本，下载地址：https://vault.gps.caltech.edu/repos/products/shakemap/tags/release-3.5/shakemap依赖于gmt和mysql安装二环境运行要求本组件迁移是基于鲲鹏920服务器和中标麒麟v7u6操作系统三 配置编译环境3.1 配置本地yum源挂载OS镜像：mount   YOUR_OS.iso /media -o loop修改/etc/yum.repos.d/Base.repo文件，配置yum本地源：[Local]name=   Localbaseurl=file:///media/enabled=1gpgcheck=0运行下面的命令，使yum源配置生效：yum   clean allyum   makecache3.2 安装cpanmCpanm可以直接通过yum安装：                                               四 获取源码4.1 Gmt4.5.18参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-41837-1-1.html4.2 Mysql5.7.27参考https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-27230-1-1.html4.3 安装其他依赖Shakemap还需依赖如下组件，部分可以通过yum直接安装，部分需通过cpanm安装：                                               4.3.1 Yum直接安装Libwww-perl:Dbd::mysqlXml::parser:Xml::writerXml::simpleDatetime:4.3.2 Cpanma安装perl模块本地yum源无法找到的组件通过cpanm进行安装，源码下载地址：www.cpan.orgHtml::tmplate脚本安装Enum脚本安装:Ctime脚本安装:Event脚本安装：Mail::sender脚本安装:Config::general脚本安装:五 编译安装5.1 shakemap编译获取源码：svn checkout https://vault.gps.caltech.edu/repos/products/shakemap/tags/release-3.5/进入安装目录：cd install make make all5.2 mysql配置使用创建shakemap数据库、用户：mysql -uroot -p配置shakemap连接数据库相关信息：按如下操作，创建passwords文件修改mydb.conf创建shakemap所需的表：./bin/mktables5.3 配置支持web创建data软连接：如果安装分区上的磁盘空间有限，应将data目录放置在一个比较大的分区。六 运行验证七 FAQ7.1 svn info |grep Revision:>lib/shakemap.revision1 问题现象vi makefile注释以下代码：添加如下语句7.2 找不到 -lnetcdf1 问题现象2解决办法在编译时通过export LDLibrary=包含对应的动态库或者创建软连接7.3 未知的类型名‘BOOLEAN’1 问题现象sm_nearneighbor44.c中BOOLEAN不识别2解决办法在sm_nearneighbor44.c中包含stdbool.h并增加bool类型定义7.4 Unable to connect to a database1 问题现象2解决办法修改mysql的sock软连接                                              

一 介绍简要介绍gmt: generic mapping tools是一个通用绘图工具，绘制曲线图和地形图、世界地图或者区域地图方面表现极其优秀,这是地球科学领域享有盛名的绘图工具，也可以用来绘制地震相关的图像。当前官网上并没有arm版本的rpm包，所以需要直接从源码进行移植。2.建议的版本本次迁移涉及到组件的版本如下。二 环境要求本组件是基于鲲鹏920在中标麒麟v7u6操作系统上做的迁移三配置编译环境在编译安装之前，需要配置编译环境，安装一些必要的编译工具（如gcc,cmake）和运行环境依赖（如jdk）等。3.1 安装cmakeCmake是yum源基本编译工具，直接使用yum install 安装即可：yum   install cmakecmake   --version3.2 安装GCC挂载OS镜像：mount   YOUR_OS.iso /media -o loop修改/etc/yum.repos.d/Base.repo文件，配置yum本地源：[Local]name=   Localbaseurl=file:///media/enabled=1gpgcheck=0运行下面的命令，使yum源配置生效：yum   clean allyum   makecacheyum安装GCC相关软件：yum   install gcc.aarch64 gcc-c++.aarch64 gcc-gfortran.aarch64 libgcc.aarch643.3 安装curlCurl可以直接下载然后编译：wget   https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.1.tar.gztar   –xvf curl-7.61.1.tar.gzcd   curl-7.61.1./configure   –prefix=/usr/localmakemake   install四 获取源码4.1 Hdf5Hdf5的下载和解压操作如下：wget https://github.com/live-clones/hdf5/archive/hdf5-1_8_21.tar.gztar  xvf  hdf5-1_8_21.tar.gz  4.2 netcdfwget  https://github.com/Unidata/netcdf-c/archive/v4.7.0.tar.gztar -xvf   v4.7.0.tar.gz 4.3 gdal此次移植指定的版本为1.21.0，针对ARM64， 官方直接发布了二进制的软件包，我们可以下载直接使用而不需要经过编译。下载地址如下：https://github.com/portainer/portainer/releases注意，需要获取的版本为arm64，见下图:直接使用wget方式获取：wget http://download.osgeo.org/gdal/2.3.2/gdal-2.3.2.tar.gztar -xvf gdal-2.3.2.tar.gz4.4 gshhg与dcw-gmtgshhg与dcw是gmt运行时的数据库开源组件。下载地址如下wget https://fossies.org/linux/misc/GMT/gshhg-gmt-2.3.7.tar.gzwget https://fossies.org/linux/misc/GMT/dcw-gmt-1.1.4.tar.gztar xvf gshhg-gmt-2.3.7.tar.gztar xvf dcw-gmt-1.1.4.tar.gz 4.5 blas和lapack下载地址：Blas:www.netlib.org/blas/Lapack:wget http://www.netlib.org/lapack/ lapack-3.8.0.tar.gz 4.6 gmt下载地址：wget ftp://ftp.soest.hawaii.edu/gmt/gmt-4.5.18-src.tar.bz2 tar jxvf  gmt-4.5.18-src.tar.bz2五编译安装5.1 Hdf5编译Hdf5直接解压后使用configure和make命令编译即可cd   hdf5-hdf5-1_8_21mkdir   buildcd   build../configure   -prefix=/usr/local/hdf5 -build=arm-linuxmakemake   install 5.2 netcdf编译netcdf编译依赖于hdf5，zlib，curl等组件，zlib可以直接yum install也可以直接下载源码编译。cd   netcdf-c-4.6.1mkdir   buildcd   buildyum   install zlib*../configure --prefix=/usr/local/netcdf --enable-hdf5   --with-hdf5=/usr/local/hdf5 --with-zlib=/usr/local/zlib   CPPFLAGS="-I/usr/local/curl/include -I/usr/local/hdf5/include"   LDFLAGS="-L/usr/local/curl/lib -L/usr/local/hdf5/lib"makemake   install5.3 gdal编译gdal也是执行configure和make命令进行编译：  cd gdal-2.3.2./configure -prefix=/usr/local/gdal makemake install 5.4 blas和LAPACK编译这两个组件用来生成动态库，将生成的动态库添加到环境变量里或者直接cp到/usr/lib64Blascd BLAS-3.8.0/gfortran -shared -O2 *.f -o libblas.so -fPIC  会在当前目录生成libblas.soLAPACKcd lapack-3.8.0/cp make.inc.example make.inc 在make.inc中的编译选项中增加-fPICOPTS    = -O2 -frecursive -fPICDRVOPTS = $(OPTS)NOOPT   = -O0 -frecursive -fPIC并将如下的静态库修改为动态库BLASLIB = ../../librefblas.soLAPACKLIB = liblapack.so继续修改SRC/Makefile,将../$(LAPACKLIB):   $(ALLOBJ)$(ARCH)   $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)    $(RANLIB) $@修改为：../$(LAPACKLIB):   $(ALLOBJ)1.             $(LOADER)   $(LOADOPTS) -shared -Wl,-soname,liblapack.so -o $@ $(ALLOBJ)   ../librefblas.so 修改BLAS/SRC/Makefile将1.         $(BLASLIB): $(ALLOBJ)2.             $(ARCH)   $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)3.             $(RANLIB) $@修改为：$(BLASLIB):   $(ALLOBJ)1.             $(LOADER)   $(LOADOPTS) -z muldefs -shared -Wl,-soname,librefblas.so -o $@ $(ALLOBJ)然后执行make和make blaslibmake lapacklib会生成librefblas.so将动态库添加到环境变量 export LIBPATH=/path/BLAS-3.8.0/libblas.so:/path/lapack-3.8.0/liblapack.so:$LIBPATH5.5 Pcre编译pcre编译方法也是使用configure和makecd pcre-8.4.2mkdir buildcd build../configure -prefix=/usr/local/pcre makemake install 5.6 Gmt编译获取源码：wget ftp://ftp.soest.hawaii.edu/gmt/gmt-4.5.18-src.tar.bz2解压tar -jxvf gmt-4.5.18-src.tar.bz2编译配置：./configure --prefix=/usr/local/gmt/ --enable-netcdf=/opt/yql/gmt-dependency/netcdf-c-4.7.0 --with-gshhg-dir=/opt/yql/gmt-dependency/gshhg-gmt-2.3.7编译安装：makemake install配置gmt环境变量：vi /etc/profile                                               source /etc/profile六 运行验证Gmt安装好之后，使用ldd命令检查下生成的动态库是否正确                                               因为gmt是一个绘图工具，可以使用gmt命令行来绘图以及使用gs(ghostscript来查看生成的图)使用如下命令可以在当前目录下生成低分辨率海岸线的图map.psGMT pscoast -JM10c -R70/140/2/60 -B10g5WSne -Ggray -Wthin > map.ps该图需要ghostscript（可以yum install来安装）工具才能查看gs map.ps 使用ps来查看生成的map.ps图的效果Gmt使用手册参考：七 FAQ7.1 缺少X11/Intrinsic.h1 问题现象2解决方法安装libxt和libXaw组件7.2  make:*** [suppl]错误21 问题现象2解决方法重新编译（make）即可解决7.3   PS_font_info.d:Not a directory1 问题现象2解决方法将源文件的share目录cp到/usr/local下cp -r /opt/yql/gmt-dependency/gmt-4.5.18/share /usr/local/gmt/

1 软硬件环境服务器：Taishan 200 2280操作系统：Neokylin 7.62 安装基础软件1、yum安装GCC python，选择系统盘中自带的gcc python python-devellibgcc-4.8.5-36.el7.ns7.01.aarch64gcc-4.8.5-36.el7.ns7.01.aarch64python-2.7.5-76.el7.aarch64python-devel-2.7.5-76.el7.aarch642、由于系统盘中无pip，在/etc/yum.repos.d/增加含pip 的yum源cd /etc/yum.repos.dvi kylin.repo输入以下内容后保存退出[kylin]name=kylinbaseurl=http://download.cs2c.com.cn/neokylin/server/releases/7.0/aarch64/os/enabled=1gpgcheck=03、更新yum源：yum clean all yum makecache4、yum 安装python-pippython-pip-1.5.6-2.nd7.1.noarch2 安装paramiko1、输入pip install -I paramiko若遇到python NameError: name ‘platform_system’ is not defined报错，则执行如下操作：pip intall --upgrade pippip install --upgrade setuptools2、yum安装libffi libffi-devel （在新添加的源中有）libffi-devel-3.1-6.nd7.1.aarch64libffi-3.1-6.nd7.1.aarch643、再次运行pip install -I paramiko

1 SquidCache简介        SquidCache（简称Squid）是一个流行的自由软件（GNU通用公共许可证）的代理服务器和WEB缓存服务器。 2 环境信息2.1 环境信息类别子项版本获取地址OSCentOS7.6 Aarch64https://www.centos.org/download/服务器配置16U16GB40GB软件Squid4.7Squid-4.7-1.el7.aarch64.rpm(附件)软件Perl-Crypt-OpenSSL-X5091.803Perl-Crypt-OpenSSL-X509-1.803-4.el7.aarch64.rpm(附件) 3 安装准备3.1 配置yum源(可选)        本地yum源配置，详见参考信息5.1。        网络yum源配置，详见参考信息5.2。3.2 相关软件上传        上传Squid-4.7-1.el7.aarch64.rpm、Perl-Crypt-OpenSSL-X509-1.803-4.el7.aarch64.rpm包至服务器任意目录下，如/opt/。  4 软件安装4.1 安装rpm包        yum install squid-4.7-1.el7.aarch64.rpm                         如果出现：firewalld conflicts with squid-4.7-1.el7.aarch64错误，请卸载python-firewall，如：                yum remove python-firewall                 如果出现：“需要：perl（Crypt::OpenSSL:: X509）错误，请安装附件中的perl-Crypt-OpenSSL-X509-1.803-4.el7.aarch64.rpm包(yum自动依赖安装无法解决)，如：                 Yum install perl-Crypt-OpenSSL-X509-1.803-4.el7.aarch64.rpm        4.2 验证squid可用性        进入squid安装目录：cd /usr/local/squid/sbin，执行: ./squid -v         5 参考信息5.1 本地yum源配置        参考：https://www.cnblogs.com/diantong/p/10105805.html5.2 网络yum源配置        参考：https://www.cnblogs.com/AganRun/p/12079080.html5.3 RPM打包流程、示例及问题集        参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html5.4 RPM打包SPEC文件内容        sepc文件内容如下 ：spec文件请参见附件.spec.zip        

1 Erlang简介        Erlang是一种通用的面向并发的编程语言，它由瑞典电信设备制造商爱立信所辖的CS-Lab开发，目的是创造一种可以应对大规模并发活动的编程语言和运行环境。2 环境信息2.1 环境信息类别子项版本获取地址OSCentOS7.6 Aarch64https://www.centos.org/download/服务器配置16U16GB40GB软件Erlang21.0erlang-21.0-1.el7.arrch64.rpm3 安装准备3.1 配置yum源(可选)        本地yum源配置（也可用以下脚本配置）：        详见参考信息5.1。        网络yum源配置        详见参考信息5.2。3.2 相关软件上传        上传erlang-21.0-1.el7.arrch64.rpm包至服务器任意目录下，如/opt/，RPM包获取参考附件。4 软件安装4.1 安装rpm包                        说明：使用yum localinstall安装 RPM包，可以自动安装依赖；如使用rpm安装，则需要手动安装依赖。4.2 验证erlang可用性        5 参考信息5.1 本地yum源配置        参考：https://www.cnblogs.com/diantong/p/10105805.html5.2 网络yum源配置        参考：https://www.cnblogs.com/AganRun/p/12079080.html5.3 RPM打包流程、示例及问题集         参考：https://bbs.huaweicloud.com/forum/thread-38327-1-1.html 5.4 RPM打包SPEC文件内容        spec文件请参见附件erlang.spec.zip        

文档位置已迁移至如下链接：https://support.huaweicloud.com/instg-kunpenghpcs/kunpenghpcs_instg_0001.html

epel 404请修复，目前导致yum无法使用https://mirrors.huaweicloud.com/epel/6/x86_64/repodata/4b55588c8959429c5310901bd1bfd53415445b652f89e3a32e1a1708744efff0-primary.sqlite.bz2: [Errno 14] PYCURL ERROR 22 - "The requested URL returned error: 404 Not Found"系统版本[root@vultr ~]# cat /etc/redhat-release;cat /proc/version;sysctl net.ipv4.tcp_available_congestion_control;sysctl net.ipv4.tcp_congestion_control;sysctl net.core.default_qdisc;lsmod | grep bbrCentOS release 6.10 (Final)Linux version 2.6.32-754.23.1.el6.x86_64 (mockbuild@x86-01.bsys.centos.org) (gcc version 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-23) (GCC) ) #1 SMP Thu Sep 26 12:05:41 UTC 2019net.ipv4.tcp_available_congestion_control = cubic renonet.ipv4.tcp_congestion_control = cubicnet.core.default_qdisc = pfifo_fast[root@vultr ~]# repomd.xml文件内，引导的primary.sqlite.bz2文件为4b55588c8959429c5310901bd1bfd53415445b652f89e3a32e1a1708744efff0，但是目录下不存在赶紧修，，，这是第几次出这种404毛病了，就论坛帖我也是第二次反映了，，加上没反映过的。。估计有三四次了

Euler系统在官网中已经到2.8了，这里没有体现这个系统版本，希望能够在下拉框中体现。方便用户使用。另外V2.0SP3这个不能够直接和2.3版本对应起来，希望明确说明一下，减少用户思考，犹豫的时间。另外，配置文件希望使用wget的方式获取，简化用户的使用，提高用户的复用。使用 wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo https://repo.huaweicloud.com/repository/conf/CentOS-7-reg.repo 类似的下载。

可以新增Centos-AltArch的配置文件吗？使用 wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo https://repo.huaweicloud.com/repository/conf/CentOS-7-reg.repo 类似的下载。现在点击下面的之后直接跳转到仓库目录中了。

如果误操作不小心删除了yum，导致不能方便安装更新或卸载其他软件，这时候需要我们重新安装yum软件。在Linux中依次输入下面的命令：1，下载最新的yum-3.4.3.tar.gz并解压wget  http://yum.baseurl.org/download/3.4/yum-3.4.3.tar.gz tar   xvf yum-3.4.3.tar.gzll2，进入目录，运行安装       cd   yum-3.4.3yummain.py install yum如果结果提示错误： CRITICAL:yum.cli:Config Error: Error accessing file for config file:///etc/可能是原来是缺少配置文件。在etc目录下面新建yum.conf文件，然后再次运行 yummain.py install yum，顺利完成安装。或者提示错误:   -bash: yummain.py: command not found     或者使用后：    ./yummain.py install yum   出现错误： from yum import Errors第一步：       http://mirrors.163.com/centos/6/os/x86_64/Packages/       到上面这个网站去下载如下RPM包       python-iniparse-0.3.1-2.1.el6.noarch.rpm       yum-metadata-parser-1.1.2-14.1.el6.x86_64.rpm        yum-3.2.29-69.el6.centos.noarch.rpm       yum-plugin-fastestmirror-1.1.30-30.el6.noarch.rpm       下载完成之后，用rpm命令进行安装，如下：        rpm -ivh --force --nodeps python-iniparse-0.3.1-2.1.el6.noarch.rpm        rpm -ivh --force --nodeps yum-metadata-parser-1.1.2-14.1.el6.x86_64.rpm         rpm -ivh --force --nodeps  yum-3.2.29-69.el6.centos.noarch.rpm yum-plugin-fastestmirror-1.1.30-30.el6.noarch.rpm        这里安装的时候需要注意，一定要加 --force --nodeps不然会报错安装不上        到这一步了当你输入yum命令的时候出现如下错误：        第二步：       根据上图的提示到 http://yum.baseurl.org/wiki       下载yum-3.4.3.tar.gz ，放到你指定的目录下解压，解压命令如下：        tar -zxvf yum-3.4.3.tar.gz     #解压后进到yum-3.4.3目录                输入如下命令            ./yummain.py install yum        如果出现错误：        是因为yum已经更新了的原因导致的http://mirrors.163.com/centos/进官网可以看到已经更新到7.x了进入7可以看到有repodata/repomd.xml打开CentOS7-Base.repo（名字可能不一样），一般在 ./etc/yum.repos.d文件夹下则：  ll   /etc/yum.repos.d/                 vim /etc/yum.repos.d/CentOS7-Base-163.repo        vim /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo        将其中baseurl中的$releasever全改为7，如下图：                :%s/$releasever/7/g        改了后执行yum makecache        ./yummain.py install yum        ./yummain.py update 如下图：               注意红框中的操作，完成之后，你试着输入一下yum 就OK了，如下图：       3，最后更新系统。yum check-update yum update yum clean all