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按照安装模拟器 安装指南(CentOS 7.6)进行AVD运行环境搭建,在升级mesa的步骤时,遇到如下错误,报错如下:meson --prefix=/usr -Dtexture-float=true -Dgallium-drivers=radeonsi,swrast -Ddri-drivers=radeon,swrast -Dplatforms=drm,x11 -Dglx-tls=true -Dshared-glapi=true -Ddri3=true -Dlmsensors=true -Dgbm=true -Dxa=true -Dosmesa=gallium -Dvdgpu=true -Dnine=true -Dva=true -Dlibglvnd=true -Dllvm=true -DCFLAGS="-fsigned-char -O2" -DCPPFLAGS="-fsigned-char -O2" -DCXXFLAGS="-fsigned-char -O2" -Dautotools=trueThe Meson build systemVersion: 0.61.3Source dir: /home/mesa-19.3.5Build dir: /home/mesa-19.3.5/buildBuild type: native buildProgram python found: YES (/usr/bin/python)WARNING: You should add the boolean check kwarg to the run_command call. It currently defaults to false, but it will default to true in future releases of meson. See also: https://github.com/mesonbuild/meson/issues/9300../meson.build:21:0: ERROR: Unknown options: "CFLAGS, CPPFLAGS, CXXFLAGS, autotools, glx-tls, libglvnd, nine, texture-float, va, vdgpu, xa"A full log can be found at /home/mesa-19.3.5/build/meson-logs/meson-log.txt遇到该问题后,通过联系华为ARM原生专家已进行紧急处理,目前该问题已处理完成1、通过专家排查,发现机器存在多个yum源文件,安装指南中已写明注意事项:由于安装部署机器为共用机器,可能有同事对yum源进行了替换或更新,导致安装了非官方的一些基本的软件库,从而导致后续编译出现了问题处理方案: 1、将多余yum源进行删除,只保留系统默认yum源,更新本地yum缓存 2、将之前预安装的编译依赖包进行卸载,重新已系统默认yum源进行安装2、安装部署机器在硬件上没有使用GPU,而是使用CPU进行渲染,在经过ARM原生专家的排查下,发现没有安装显卡,编译mesa驱动时编译的是radeon显卡驱动,有可能导致跑起来会有问题处理方案: 1、把mesa编译时的“-Ddri-drivers=radeon,swrast”这个编译选项改为“-Ddri-drivers=swrast”然后继续指南上下面的步骤在ARM原生专家的帮助下,目前已处理mesa编译问题,环境已成功部署,非常感谢ARM原生专家的鼎力帮助!
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ACE 7.0.0移植指南 for openEuler文档版本 V1.0发布日期 2022-3-11修订记录日期修订版本CR号修改章节修改描述2022-3-11V1.0初稿新建1简介ACE是一个开放源代码框架,为开发高性能,分布式实时和嵌入式系统提供了许多组件和模式。 ACE为套接字,解复用循环,线程,同步原语提供了强大而高效的抽象。官方链接:http://download.dre.vanderbilt.edu/类别:开放源代码框架语言:C/C++2环境类别子项版本获取地址(方法)硬件CPUKunpeng 920iBMC网络Ethernet-10GEiBMC存储SATA 4TiBMC内存240G 2933MHziBMCOSopenEuler20.03cat /etc/centos-releaseKernel4.19.90-2112cat /proc/version软件GCC7.3.0gcc -vGlibc2.2.8ldd --versionOpenJDK1.8.0_191参考下面安装说明cmake3.13.2cmake --version3依赖安装3.1安装OpenJDK1. 下载aarch64二进制包并安装curl -O https://github.com/AdoptOpenJDK/openjdk8-binaries/releases/download/jdk8u191-b12/OpenJDK8U-jdk_aarch64_linux_hotspot_8u191b12.tar.gz tar -zxf OpenJDK8U-jdk_aarch64_linux_hotspot_8u191b12.tar.gzmv jdk8u191-b12 /opt/tools/installed/2. 使用yum安装yum install java-1.8.0-openjdk*3. 配置java环境变量,在/etc/profile文件末尾处增加下面的代码:# 手动安装的JAVA_HOME设置export JAVA_HOME=/opt/tools/installed/jdk8u191-b12# yum安装的JAVA_HOME设置export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.8.0export JRE_HOME=$JAVA_HOME/jreexport CLASSPATH=$JAVA_HOME/lib:$JRE_HOME/lib:$CLASSPATHexport PATH=$JAVA_HOME/bin:$JRE_HOME/bin:$PATH4. 运行下面命令,使修改的环境变量生效:source /etc/profile3.2安装GCC等依赖项sudo yum install -y snappy snappy-devel autoconf automake \libtool git gcc gcc-c++ make cmake openssl \openssl-devel ncurses-devel zlib zlib-devel \bzip2 bzip2-devel bzip2-libs readline readline-devel \bison zip unzip tar tcl3.3对gcc、g++和c++增加-fsigned-char选项1、对gcc增加-fsigned-char选项1)使用which gcc命令寻找gcc所在路径(一般位于/usr/bin/gcc)which gcc2)、更改gcc的名字(比如改成gcc-arm)mv /usr/bin/gcc /usr/bin/gcc-arm3)、进入gcc所在目录执行vim gcc,并填入如下内容保存:cd /usr/bin/vim gcc# 添加以下内容#! /bin/sh/usr/bin/gcc-arm -fsigned-char "$@"4)、执行chmod +x gcc给脚本添加执行权限chmod +x gcc2、对g++增加-fsigned-char选项1)使用which g++命令寻找g++所在路径(一般位于/usr/bin/g++)which g++2)、更改g++的名字(比如改成g++-arm)mv /usr/bin/g++ /usr/bin/g++-arm3)、进入g++所在目录执行vi g++,并填入如下内容保存:cd /usr/bin/vim g++# 填入以下内容#! /bin/sh/usr/bin/g++-arm -fsigned-char "$@"4)、执行chmod +x g++给脚本添加执行权限chmod +x g++3、对c++增加-fsigned-char选项1)使用which c++命令寻找g++所在路径(一般位于/usr/bin/c++)which c++2)、更改c++的名字(比如改成c++-arm)mv /usr/bin/c++ /usr/bin/c++-arm3)、进入c++所在目录执行vi c++,并填入如下内容保存:cd /usr/bin/vim c++# 填入以下内容#! /bin/sh/usr/bin/c++-arm -fsigned-char "$@"4)、执行chmod +x c++给脚本添加执行权限chmod +x c++4移植分析使用checkSo工具检查ACE 6.5.0对应x86的安装包或源码包是否有依赖x86的so文件,通过检查ACE 6.5.0的源码没有发现有依赖的x86架构的so文件。工具获取地址:http://3ms.huawei.com/km/groups/2351/blogs/details/10361837?l=en_US&moduleId=614273918841663488 5依赖库暂无6编译安装1、从ACE官网下载源码并解压wget http://download.dre.vanderbilt.edu/previous_versions/ACE-6.5.0.tar.gztar zxvf ACE-6.5.0.tar.gz2、进入解压目录mv ACE_wrappers /usr/local/cd /usr/local/ACE_wrappers/3、配置ACE环境变量cat >/etc/profile.d/ace.sh <<'EOF'export ACE_ROOT=/usr/local/ACE_wrappersexport LD_LIBRARY_PATH=$ACE_ROOT:$LD_LIBRARY_PATHEOFsource /etc/profile.d/ace.shcat /etc/profile.d/ace.sh4、ACE编译前配置echo '#include "ace/config-linux.h"' > $ACE_ROOT/ace/config.hecho 'include $(ACE_ROOT)/include/makeinclude/platform_linux.GNU' > $ACE_ROOT/include/makeinclude/platform_macros.GNUecho 'INSTALL_PREFIX = /usr/local' >> $ACE_ROOT/include/makeinclude/platform_macros.GNU#如果需要生成静态库,需要加入static_libs = 1(该命令根据实际需求选择是否执行)echo 'static_libs = 1' >> $ACE_ROOT/include/makeinclude/platform_macros.GNU5、进入$ACE_ROOT/ace目录进行ACE编译安装cd $ACE_ROOT/acemake && make install6、回到$ACE_ROOT目录进行ACE编译安装(可选)cd $ACE_ROOT/make –j64make install7验证1、编译验证使用checkSo工具检查编译后的/usr/local/ACE_wrappers/路径中是否不再含有依赖的x86架构的so文件,检查方法参考工具中的 《CheckSo使用说明.docx》,如果还有依赖的x86架构的so文件,则需要继续完成对应jar包的编译,直到无依赖的x86架构的so文件后,再次编译该组件并通过checkSo工具检查确认,编译后的组件包不再有依赖的x86架构的so文件则表明编译成功。工具获取地址:http://3ms.huawei.com/km/groups/2351/blogs/details/10361837?l=en_US&moduleId=6142739188416634882、功能验证暂无8参考信息1、http://download.dre.vanderbilt.edu/ 9FAQ1. Make install 报错/usr/bin/env: “perl\r”: 没有那个文件或目录make[1]: *** [GNUmakefile.ACE:529:install] 错误 127make[1]: 离开目录“/usr/local/ACE_wrappers/ace”make: *** [GNUmakefile:31:install] 错误 2解决:sed -i 's/\r$//' /usr/local/ACE_wrappers/MPC/prj_install.pl
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【AICC 8.15.0】版本配套表---ARM版需要升级到最新AICC的spc版本,并根据AICC版本说明升级其他部件到对应版本,以下为基础版本平台OFFERING安全送检配套版本版本support链接备注AICC AICC 8.15.1https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-252955149&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-252304915/PBI1-252305005/PBI1-23904935AICC_8.15.0_Software_Linux-x86-64_VMPkg.zipAICC_8.15.0_Docker_onekeyInstall.zip 升级小版本:https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-253701803&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-252304915/PBI1-252305005/PBI1-23904935需要升级到8.15,.1.SPC3Breeze iDeployBreeze iDeploy V100R003C05SPC630https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-251781205&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-8132344/PBI1-14675SUSE服务器上安装CBBDigitalWare NSLB V600R002C09https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-252814691&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-23088383/PBI1-7276258/PBI1-252726637 DigitalWare-NSLB_V600R002C09_Software_Ideploy-Install-Aarch64.zip DigitalWareDigitalWare OpenAS V600R002C08https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-252814695&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-23088383/PBI1-7276258/PBI1-250758308 DigitalWare-OpenAS_V600R002C08_Software_OpenAS.zip SUMAPI Fabric V600R002C09https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-252918145&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-23088383/PBI1-7276325/PBI1-22449093APIFabric-WebRouterService_2.9.0.tar.gz SIAAPI Fabric V600R002C09https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-252918145&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-23088383/PBI1-7276325/PBI1-22449093APIFabric-AccessAuthService_2.9.0.tar.gz UAPUAP9600 V100R005C00SPC026https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-254274775&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-23088383/PBI1-7276331/PBI1-19920512UAP9600_NMU_V100R005C00_kylin.zip ICDICD V300R008C23SPC001https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-253733803&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-23088383/PBI1-7276331/PBI1-14511 ICDV300R008C23SPC001_PUBLIC_ICD.zip/OpenEyeICDICD V300R008C23SPC009https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-255535539&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-23088383/PBI1-7276331/PBI1-14511 DigitalViewDigitalView-SW V800R001C60https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-252325797&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-22895937/PBI1-22896572/PBI1-21681856DV不支持麒麟OSDigitalView-uniagentDigitalView-SW V800R001C60https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-252895275&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-22895937/PBI1-22896572/PBI1-21681856 Redis AICC 8.15.0.SPC2https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-254211023&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-252304915/PBI1-252305005/PBI1-23904935 GuassDBCS_GaussDB1.2.1/IT Infra 1.2.0.SPC1https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-255094921&path=PBI1-7275736/PBI1-8134855/PBI1-8134857/PBI1-252739467 ITInfra_1.1.0_Software_Linux-Aarch64_Ideploy-GaussDBT1.2.1ServerSingle-Any-20210929101528.tar.gzPowerCOM PowerCOM V100R002C17https://support.huawei.com/carrier/navi?coltype=software#col=software&detailId=PBI1-252860167&path=PBI1-7275736/PBI1-23084441/PBI1-23088383/PBI1-7276331/PBI1-14523
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1介绍MariaDB数据库管理系统是MySQL的一个分支,主要由开源社区在维护,采用GPL授权许可。MariaDB的目的是完全兼容MySQL,包括API和命令行,使之能轻松成为MySQL的代替品,MariaDB还提供了许多更好的新特性。2环境要求2.1硬件要求项目说明服务器TaiShan 200 服务器(型号2280)CPU鲲鹏920处理器磁盘分区进行性能测试时,数据目录需使用单独硬盘,即一个系统盘,一个数据盘,至少两块硬盘。非性能测试时,直接在系统盘上建数据目录即可。具体硬盘数量根据实际需求配置。网络可访问外网 2.2操作系统项目版本银河麒麟V10 3 配置编译环境3.1 配置代理3.1.1 打开/etc/profile文件vim /etc/profile3.1.2 在/etc/profile文件中增加以下内容(根据实际情况填写)。export http_proxy="http://用户名:密码@代理IP:代理端口"export https_proxy=$http_proxyexport no_proxy=127.0.0.1,.huawei.com,localhost,local,.local3.1.3 使代理生效。source /etc/profile 3.2 配置yum源3.2.1 配置源文件#mv /etc/yum.repos.d/ /etc/yum.repos.d-bak#mkdir /etc/yum.repos.d#echo -e "[local]\nname=local\nbaseurl=file:///mnt\ngpgcheck=0\nenabled=1" > /etc/yum.repos.d/local.repo3.2.2 挂载OS镜像文件至“/mnt”目录下mount /root/CentOS-7-aarch64-Everything-1810.iso /mnt3.2.3 使yum源生效yum clean allyum makecacheyum list3.3 安装依赖包yum -y install readline-devel zlib-devel openssl* git perl* bison wget4 编译和安装4.1 下载MariaDB 10.3.8源码包cd /root/wget https://archive.mariadb.org//mariadb-10.3.8/source/mariadb-10.3.8.tar.gz --no-check-certificate4.2 解压源码包tar zxvf mariadb-10.3.8.tar.gz4.3 进入解压目录cd mariadb-10.3.84.4 执行编译cmake . -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/mariadb -DMYSQL_DATADIR=/data/mariadb/data -DSYSCONFDIR=/etc -DWITHOUT_TOKUDB=1 -DWITH_INNOBASE_STORAGE_ENGINE=1 -DWITH_ARCHIVE_STORAGE_ENGINE=1 -DWITH_BLACKHOLE_STORAGE_ENGINE=1 -DWITH_READLINE=1 -DWITH_SSL=system -DWITH_ZLIB=system -DWITH_LOBWRAP=0 -DMYSQL_UNIX_ADDR=/data/mariadb/run/mysql.sock -DDEFAULT_CHARSET=utf8 -DDEFAULT_COLLATION=utf8_general_ci部分的路径参数说明如表1所示,请根据实际情况修改。表1 关键路径说明路径说明-DCMAKE_INSTALL_PREFIX软件安装路径-DMYSQL_DATADIR数据文件路径-DSYSCONFDIR配置文件路径-DMYSQL_UNIX_ADDRsock文件路径 4.5 执行安装make -j 64 && make install说明:-j 64参数充分利用多核CPU优势,加快编译速度。编译命令参数-j后数字为CPU核数,可用“cat /proc/cpuinfo | grep processor | wc -l”进行查看,此数值应小于等于CPU核数。4.6 查看安装目录ls /usr/local/mariadb/4.7 查看数据库版本/usr/local/mariadb/bin/mysqld --version
yd_296558940
发表于2022-03-14 11:09:43
2022-03-14 11:09:43
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yd_296558940
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1、 软件介绍Disconf是一个分布式配置管理平台,专注于各种「分布式系统配置管理」的「通用组件」和「通用平台」, 提供统一的「配置管理服务」。2、 预制条件Disconf需要依赖openjdk,Mariadb,Tomcat,Nginx,zookeeper,redis,需用户提前安装好,本次安装基于euler2.8环境3、 下载Disconf安装包下载zip源码包,本次安装版本为2.6.35下载地址:https://github.com/knightliao/disconf/archive/stable.zip将安装包上传到/home文件夹下4、 安装Disconf# 1、安装disconf-web unzip disconf-stable.zip # 2、将你的配置文件放到此地址目录下(以下地址可自行设定): /home/work/dsp/disconf-rd/online-resources # 如果不确定如何配置,可以拷贝/disconf-web/profile/rd/目录下的文件,拷贝过去后修改即可。 # 配置文件包括: - jdbc-mysql.properties (数据库配置) - redis-config.properties (Redis配置,主要用于web登录使用) - zoo.properties (Zookeeper配置) - application.properties (应用配置) # 注意,记得执行将application-demo.properties复制成application.properties: cp application-demo.properties application.properties # 注意,即使只有一个redis,也应该配置两个redis client,否则将造成内部错误。* # 3、设置War包将要被部署的地址(以下地址可自行设定): /home/work/dsp/disconf-rd/war # 4、构建 vim /etc/profile # 添加如下内容: ONLINE_CONFIG_PATH=/home/work/dsp/disconf-rd/online-resources WAR_ROOT_PATH=/home/work/dsp/disconf-rd/war export ONLINE_CONFIG_PATH export WAR_ROOT_PATH # 修改后更新环境变量 source /etc/profile # 开始构建 cd disconf-web sh deploy/deploy.sh # 这样会在 /home/work/dsp/disconf-rd/war 生成以下结果: -disconf-web.war -html -META-INF -WEB-INF # 5、初始化数据库 # 可以参考 sql/readme.md 来进行数据库的初始化。注意顺序执行 0-init_table.sql 1-init_data.sql 201512/20151225.sql 20160701/20160701.sql # 里面默认有6个用户(请注意线上环境删除这些用户以避免潜在的安全问题) name pwd admin admin testUser1 MhxzKhl9209 testUser2 MhxzKhl167 testUser3 MhxzKhl783 testUser4 MhxzKhl8758 testUser5 MhxzKhl112 # 如果想自己设置初始化的用户名信息,可以参考代码来自己生成用户: src/main/java/com/baidu/disconf/web/tools/UserCreateTools.java # 6、部署War # 修改server.xml文件,在Host结点下设定Context: <Context path="" docBase="/home/work/dsp/disconf-rd/war"></Context> # 并设置端口为 8015 # 启动Tomcat,即可。 # 7、部署 前端 # 修改 nginx.conf upstream disconf { server 127.0.0.1:8015; } server { listen 8081; server_name disconf.com; access_log /home/work/var/logs/disconf/access.log; error_log /home/work/var/logs/disconf/error.log; location / { root /home/work/dsp/disconf-rd/war/html; if ($query_string) { expires max; } } location ~ ^/(api|export) { proxy_pass_header Server; proxy_set_header Host $http_host; proxy_redirect off; proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr; proxy_set_header X-Scheme $scheme; proxy_pass http://disconf; } }关于host这里的 host 设置成 disconf.com (可以自定义),但它 必须与 application.properties 里的domain一样。然后浏览器的访问域名也是这个。5、 验证Disconf1、登录主页使用流量器访问http://disconf.com:80812、登录使用默认管理员admin admin登录6、 常见问题disconf访问页面显示403。查看log日志发现,是由于html文件夹访问权限有问题,添加权限后就可以访问了。7、 环境信息类别子项版本硬件硬件服务器Taishan2280 V2OSEulerOS2.8Kernel4.19软件Openjdk1.8Maraidb10.3.9Nginx1.14.0Tomcat9.0.21Redis2.4.5(如果要使用其他版本注意更新pom中的jar包)Zookeeper3.3.0(如果要使用其他版本注意更新pom中的jar包)8、 更多安装指导 请访问HCS解决方案知识空间:http://3ms.huawei.com/hi/group/1502497/threads.html?category=1584312
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简介InfluxDB是一个开源的时序数据库,使用GO语言开发,特别适合用于处理和分析资源监控数据这种时序相关数据。而InfluxDB自带的各种特殊函数如求标准差,随机取样数据,统计数据变化比等,使数据统计和实时分析变得十分方便。安装依赖库yum install -y wget vim openssl openssl-devel curl curl-devel expat expat-devel gcc.aarch64 gcc-c++.aarch64 gcc-gfortran.aarch64 libgcc.4 tcl gettext #能访问互联网,或是有epel源,可直接yum安装go、git。yum install -y epel-release yum install -y golanggo version #centos7.6默认版本1.13git --version #centos7.6默认版本1.8.3.1安装gitwget https://mirrors.edge.kernel.org/pub/software/scm/git/git-2.28.0.tar.gztar -zxvf git-2.28.0.tar.gz -C /opt/ && cd /opt/git-2.28.0/编译:./configuremake prefix=/usr/local all安装到/usr/local/bin :make prefix=/usr/local install验证git版本:ln -s /usr/local/bin/git /usr/bin/git --version 安装gowget https://studygolang.com/dl/golang/go1.14.6.linux-arm64.tar.gz tar -zxvf go1.14.6.linux-arm64.tar.gz -C /usr/local/ln -sf /usr/local/go/bin/{go,gofmt} /usr/bin/go version安装influxdb可以将dep通俗的理解为go语言的依赖管理工具,类似于python中的pip,java中的Maven以及node.js中的npm工具通过以下命令来安装depgo get github.com/golang/dep/cmd/depgo get github.com/influxdata/influxdb#若出现类似下图错误,由网络问题导致cd /root/go/src/mkdir -p golang.org/x/cd golang.org/x/git clone https://github.com/golang/xerrors.git###########################################################################cd /root/go/src/github.com/influxdata/influxdbgit checkout 1.8git pull vim build.py #将521、522行注释或删除python build.py如果您使用的 Go 版本是 1.13 及以上 (推荐):go env -w GO111MODULE=ongo env -w GOPROXY=https://goproxy.io,direct如果您使用的 Go 版本是 1.12 及以下:# 启用 Go Modules 功能export GO111MODULE=on# 配置 GOPROXY 环境变量export GOPROXY=https://goproxy.io############################################################安装成功后,指令存放在./build目录下
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VScode 是目前非常流行的编辑器之一,基于 Electron 开发的桌面版应用Electron 通过使用Node.js(作为后端)和Chromium的渲染引擎(作为前端)完成跨平台的桌面GUI应用程序的开发(Electron - 维基百科,自由的百科全书 (wikipedia.org))官方(Download Visual Studio Code - Mac, Linux, Windows)已提供arm64安装包,如下图实际下载rpm包或者tar.gz后安装,执行bin/code后会报错,如下:根据资料查询,vscode在arm64下,依赖的Electron框架(默认带的静态)是用4K pagesize编译的,而大部分arm64的os是64K页表(getconf PAGE_SIZE查询值是65536),所以非64K内核的系统下运行会segment fault,提示“ELECTRON_RUN_AS_NODE=1 "$ELECTRON" "$CLI" --ms-enable-electron-run-as-node "$@"”,如果要用的话,要么编译4K内核,要么设置electron的编译参数,指明要用64K页表,,去编译然后替换掉vscode目录的相关库。这个问题是个open的issuehttps://github.com/microsoft/vscode/issues/108509https://github.com/electron/electron/issues/25387已验证:重新编译os内核,配置4K页表,重启进入4K内核后,vscode能正常运行
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一、换Logo分析gui安装过程需要替换的图片仅有openeuler的logo,原图见附件sidebar-logo.png,其余gui安装过程中会出现的图片请见压缩包。Logo图片属性信息:其余部分需要修改的是grub命令行信息及tui、gui安装过程中出现的title:二、镜像制作1. 解压isol /mnt/cdrom用于挂载镜像点用,首先将openEuler的iso文件挂载到/mnt/cdrom/下,然后将里面的所有文件拷贝到/mnt/openEuler_file目录下mkdir -p /mnt/cdrom /mnt/openEuler_file /mnt/install_img /mnt/rootfs_imgmount -t iso9660 -o rw /home/openEuler-20.03-LTS-SP1-aarch64-dvd.iso /mnt/cdrom/cp -r /mnt/cdrom/* /mnt/openEuler_file/ (记得查看.discinfo 和 .treeinfo是否拷贝成功) 2. Anaconda换标-install.img(图片,文字显示)l 进入/mnt/openEuler_file/images目录下,将install.img拷贝到/mnt/install_img目录下,l 用unsquashfs解压拷贝出来的install.img文件,得到一个squashfs-root的文件夹。进入squashfs-root/LiveOS,有一个rootfs.img文件。l 将rootfs.img以读写的方式挂载到/mnt/roofs_img下。l 替换logo文件(/mnt/rootfs_file/usr/share/anaconda/pixmaps/)l 修改anaconda安装源相关的openEuler盘符字段(缩略提示删除,内部详细提示openEuler修改为换标内容)(/mnt/rootfs_file/usr/lib64/python3.7/site-packages/pyanaconda/ui/gui/spokes/installation_source.py)l 修改安装最后license路径内的openEuler显示内容。(修改代码将openEuler换标)( /mnt/rootfs_file/usr/lib64/python3.7/site-packages/pyanaconda/core/configuration/license.py)l 替换显示文字 将.buildstamp内容替换为需要换的os名字与版本l 修改日志显示文件(/mnt/rootfs_file/etc/os-release) 具体启动调用可查看systemd的源码 src/core/main.cl 修改anaconda的openeuler.conf配置文件,并在同目录拷贝一份全小写的 xxx.comf(xxx自己替换) (rootfs_img中etc/anaconda/product.d/下操作)l 然后将/mnt/install_img/squashfs-root重新压成install.img文件, 替换到/mnt/openEuler_file/images/目录底下解压挂载image文件cp -r /mnt/openEuler_file/images/install.img /mnt/install_imgcd /mnt/install_imgunsquashfs install.imgcd squashfs-root/LiveOSlosetup /dev/loop0 rootfs.img (如果设备忙 更换loop后数字)kpartx -av rootfs.imgmount /dev/loop0 /mnt/rootfs_img (和losetup参数对应) 修改图片替换/mnt/rootfs_file/usr/share/anaconda/pixmaps/下的logo 修改安装源的提示信息(修改start接口与_show_autodetect_box接口)vim /mnt/rootfs_file/usr/lib64/python3.7/site-packages/pyanaconda/ui/gui/spokes/installation_source.py 修改安装完成 anaconda最下方显示license目录(修改property接口)vim /mnt/rootfs_file/usr/lib64/python3.7/site-packages/pyanaconda/core/configuration/license.py 修改anaconda显示名称(修改Product与Version)vi /mnt/rootfs_file/usr/.buildstamp 修改anaconda的配置文件cd /mnt/rootfs_file/etc/anaconda/product.dvim openeuler.conf (修改product name)cp openeuler.conf xxxx.conf (xxxx根据需要的名字自行修改)cd - 修改启动日志的 welcome信息(只修改pretty name)vi /mnt/rootfs_file/etc/os-release 解挂载imageumount /mnt/rootfs_img 替换install.imgcd /rootmksquashfs /mnt/install_img/squashfs-root install.imgcp -r /root/install.img /mnt/openEuler_file/images/ 3. 安装菜单-EFI/BOOT/grub.cfg(文字显示)l 修改/mnt/openEuler_file/BOOT/grub.cfg,将其中的openEuler相关字段替换成换标字段修改grub名字vi /mnt/openEuler_file/EFI/BOOT/grub.cfg4. 重新制作isol 使用mkisofs命令重新制作软件包命令如下:yum install -y genisoimagecd /mnt/openEuler_filemkisofs -R -J -T -r -l -d -joliet-long -allow-multidot -allow-leading-dots -no-bak -V "openEuler-20.03-LTS-SP1-aarch64" -o "/root/openEuler-20.03-LTS-SP1-aarch64-dvd.iso" -e images/efiboot.img -no-emul-boot ./ (根据实际情况还需要修改参数)
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初入研一,就有机会接触到OpenEuler开源软件迁移的项目。一开始,不知道OpenEuler是啥,也不知道如何进行软件迁移,在官网查看了CentOS的软件迁移指南,发现这不就是按部就班的“CV”操作吗?但真正着手进行这个项目才发现,其实没有想象中那么简单。 首先Openeuler是一个基于linux的操作系统。对于linux系统,起初我了解的不多,也没有使用linux进行过工作。linux系统的使用是作为计算机相关专业必备知识,正好借此机会,让我更加熟悉了linux的操作以及其工作原理。华为已经在CentOS7.6操作系统下成功迁移了多款开源软件,对于在OpenEuler操作系统下进行迁移有一定的帮助。但是OpenEuler与CentOS也有着一些底层上的设计区别,以及所使用的编译器区别,导致在软件迁移过程中仍存在不少问题。 本项目使用毕昇编译器进行开源软件迁移。毕昇编译器是华为推出的编译器,使用华为自己的编译器在华为自己开发的OpenEuler平台上进行软件迁移,意义重大。很多linux操作系统以及编译器均是国外的东西,且发展较为成熟。在进行项目的过程中发现毕昇编译器以及OpenEuler操作系统的资源非常少,算是属于开拓阶段,很庆幸自己也能成为开拓者之一,为我们本国的操作系统、编译器以及整个生态系统的发展贡献一份力量,也希望有更多的人参与其中,做出贡献。 回到项目本身,起初是基础环境的搭建。需要搭建毕昇编译器版本的HyperMPI。由于HyperMPI的安装会默认选择GCC,需要在进行源码安装HyperMPI时指定毕昇编译器。当时我是在论坛专家的帮助下完成的。当然现在已经有了标准的操作步骤提供给大家了哈。之后配置好多节点运行环境,然后便要开始软件的迁移了,大概步骤为:安装前置软件-安装需要迁移的软件-使用HMPI进行单节点/多节点测试。其中最为困难的部分应该是软件的安装,包括前置软件和需要迁移的软件。软件的安装需要使用到编译器,不同的软件的安装步骤不同,某些参数也需要根据编译器的不同来指定。通过不断地学习与尝试,以及和华为工程师的讨论,与软件开发者的交流(图为与mooseframework软件开发者交流),最终解决了绝大部分问题。这提高了自己的发现问题解决问题的能力。整个项目的进行过程虽然很波折,有遇到不少困难时的困惑,也有解决问题时的欣喜。但最终看到自己编写的迁移文档出现在了华为官网,心中自豪感油然升起。 本次项目和华为的合作很愉快,在遇到问题时,华为工程师会跟我们一起尝试解决,一起交流问题的原因以及可能的解决方案。自己也在解决一个接一个的问题过程中提高了自己的能力。希望有更多的开发者投入到国产生态系统的建设中,缩短与国外的差距,也避免受到限制。之前,哈工大、哈工程两所院校被禁止使用正版软件MATLAB,已经可以看到过多依赖国外技术的弊端。所以希望有更多像华为这样的公司,敢于构建本国的生态系统;希望有更多的开发者参与其中,一起为本国技术发展贡献力量! 重庆邮电大学-数据分析与智能决策创新团队-汪志勋 指导老师-刘勇老师
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1 介绍Personal Cancer Genome Reporter (PCGR) 是一个独立的软件包,用于为精准癌症医学对单个癌症基因组进行功能注释和翻译。目前,它可以解释体细胞 SNV/InDels 和拷贝数畸变。该软件扩展了Ensembl 的变异效应预测器 (VEP) 中的基本基因和变异注释,并通过vcfanno灵活检索了与肿瘤学相关的最新注释,并生成用于临床解释的交互式 HTML 报告。语言:R、Python一句话描述:用于为精准癌症医学对单个癌症基因组进行功能注释和翻译。建议的版本建议使用版本为“pcgr 0.9.2”。2 环境要求硬件要求硬件要求如表2-1所示。表2-1 硬件要求项目说明CPUKunpeng 920GPUNVIDIA Tesla A100 软件要求软件要求如表2-2所示。表2-2 软件要求项目版本下载地址pcgr0.9.2https://github.com/sigven/pcgr/releases/tag/v0.9.2docker20.10.11 python3.6.8https://www.python.org/ftp/python/3.6.8/Python-3.6.8.tgzExagear1.2.1.1https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/ExaGear/ExaGear_1.2.1.1.tar.gz 操作系统要求操作系统要求如表2-3所示。表2-3 操作系统要求项目版本下载地址CentOS8.2https://www.centos.org/download/Kernel4.18.0-193.el8.aarch64https://www.centos.org/download/3 移植规划数据本章节给出pcgr软件在移植过程中涉及到的相关软件安装规划路径的用途及详细说明。表3-1 移植规划数据序号软件安装规划路径用途说明1-基础环境搭建中的各安装包安装路径。参考《HPC解决方案 基础环境搭建指导书》中“安装规划数据”章节。2/path/to/pcgrpcgr的安装规划路径。这里的安装规划路径只是一个举例说明,建议部署在共享路径中。现网需要根据实际情况调整,后续章节凡是遇到安装路径的命令,都以现网实际规划的安装路径为准进行替换,不再单独说明。3/path/to/PYTHON3Python3的安装规划路径。4 配置编译环境前提条件使用SFTP工具将各安装包上传至服务器对应目录下。配置流程表4-1 配置流程序号配置项说明1基础环境搭建参考《HPC解决方案 基础环境搭建指导书》中“安装规划数据”章节。2修改PAGE_SIZE参考4.1修改PAGE_SIZE为4KB3安装docker参考4.2安装docker4安装python3参考4.3安装python35安装Exagear for docker参考4.4安装Exagear for docker 4.1 修改PAGE_SIZE为4KB操作步骤 步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。 步骤 2 执行以下命令创建工作组。groupadd mockbuilduseradd mockbuild -g mockbuild 步骤 3 执行以下命令下载包。wget https://vault.centos.org/7.6.1810/os/Source/SPackages/kernel-alt-4.14.0-115.el7a.0.1.src.rpm 步骤 4 安装相关依赖。yum install -y xmlto asciidoc newt-devel pciutils-develyum install rpm-build redhat-rpm-config asciidoc hmaccalc perl-ExtUtils-Embed pesign xmlto –yyum install audit-libs-devel binutils-devel elfutils-devel elfutils-libelf-devel –yyum install ncurses-devel newt-devel numactl-devel pciutils-devel python-devel zlib-devel -y 步骤 5 安装rpm包。rpm -ivh kernel-alt-4.14.0-115.el7a.0.1.src.rpm注:安装完成后rpm构建工程自动部署在/root/rpmbuild/SPECS/root/rpmbuild/SOURCES 步骤 6 rpmbuild 构建。cd /root/rpmbuild/SPECSrpmbuild -bp --target=$(uname -m) kernel-alt.speccd /root/rpmbuild/BUILD/kernel-alt-4.14.0-115.el7a/linux-4.14.0-115.el7.0.1.aarch64(以实际路径为准)make menuconfig选择Kernel Features-->Page size (64KB)--> Page size (4KB) 保存 #Page size调整为4K。make -j 64make modules_installmake install 步骤 7 重启机器,进入iBMC选择对应的内核进入系统。 步骤 8 验证是否修改成功。getconf PAGE_SIZE回显信息为:4096----结束4.2 安装docker操作步骤 步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。 步骤 2 执行以下命令下载yum-utils包。yum install -y yum-utils 步骤 3 执行以下命令添加docker储存库。yum-config-manager --add-repo https://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo注:若由于证书原因添加不成功,可在/etc/yum.conf文件中加上“sslverify=false”后再添加 步骤 4 执行以下命令安装docker。yum install docker-ce docker-ce-cli containerd.io 步骤 5 执行以下命令启动docker。systemctl start docker 步骤 6 通过运行hello-world 映像验证 Docker Engine 是否已正确安装。docker run hello-world回显信息如下:----结束4.3 安装python3操作步骤 步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。 步骤 2 执行以下命令下载python3.6.8。wget https://www.python.org/ftp/python/3.6.8/Python-3.6.8.tgz 步骤 3 执行以下命令解压安装包。tar xvf Python-3.6.8.tgz 步骤 4 执行以下命令进入解压后目录。cd Python-3.6.8 步骤 5 执行以下命令编译安装Python3。./configure --prefix=/path/to/PYTHON3make -j16make install 步骤 6 执行以下命令设置Python3的环境变量。export PATH=/path/to/PYTHON3/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/path/to/PYTHON3/lib:$LD_LIBRARY_PATH 步骤 7 验证Python3环境是否生效。python3 -V----结束4.4 安装Exagear for docker操作步骤 步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。 步骤 2 执行以下命令下载Exagear安装包。wget https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/ExaGear/ExaGear_1.2.1.1.tar.gz 步骤 3 执行以下命令解压安装包。tar xvf ExaGear_1.2.1.1.tar.gz 步骤 4 安装ExaGear for Docker on CentOS with 4KB该发布件由三个包组成:exagear-core-x64a64-container-<package_version>.aarch64.rpmexagear-core-x32a64-container-<package_version>.aarch64.rpmexagear-utils-<package_version>.noarch.rpm.使用rpm包管理工具yum install完成发布件在ARM64 主机环境下的安装:(注意需要输入对应的版本package_version)yum install exagear-core-x64a64-container-<package_version>.aarch64.rpm exagear-core-x32a64-container-<package_version>.aarch64.rpm exagear-utils-<package_version>.noarch.rpm 步骤 5 制作X86容器的pcgr镜像。下载x86容器镜像到x86系统上,并将其拷贝到你将要用ExaGear运行容器的ARM64主机系统,在安装有docker的x86机器上进行如下操作:docker pull sigven/pcgr:0.9.2 && docker save sigven/pcgr:0.9.2 > docker-pcgr-0.9.2.tar.gz 步骤 6 将docker-pcgr-0.9.2.tar.gz 拷贝至ARM64主机系统上.。 步骤 7 将x86容器镜像加载到ARM64主机系统上的ARM64 docker中。docker load < docker-pcgr-0.9.2.tar.gz 步骤 8 在ARM64主机系统上运行x86 docker容器。docker run sigven/pcgr:0.9.2----结束 5 获取源码操作步骤 步骤 1 下载pcgr安装包“pcgr-0.9.2.tar.gz”。下载地址:https://github.com/sigven/pcgr/releases/tag/v0.9.2 步骤 2 下载pcgr数据包“pcgr.databundle.grch37.20210627.tgz”、“pcgr.databundle.grch38.20210627.tgz”。下载地址:http://insilico.hpc.uio.no/pcgr/pcgr.databundle.grch37.20210627.tgz下载地址:http://insilico.hpc.uio.no/pcgr/pcgr.databundle.grch38.20210627.tgz 步骤 3 使用SFTP工具将安装包和数据包上传至服务器“/path/to/pcgr”目录。----结束6 编译和安装操作步骤 步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。 步骤 2 执行以下命令解压pcgr安装包。tar xvf pcgr-0.9.2.tar.gz 步骤 3 执行以下命令解压pcgr数据包。tar xvf pcgr.databundle.grch37.20210627.tgztar xvf pcgr.databundle.grch38.20210627.tgz 步骤 4 执行以下命令进入解压后pcgr主程序目录。cd pcgr-0.9.2 步骤 5 执行以下命令将数据包目录移动到主程序目录。mv ../date .----结束7 运行和验证操作步骤 步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。 步骤 2 执行以下命令创建报告生成目录:mkdir /path/to/output 步骤 3 执行以下命令运行测试:python3 pcgr.py --pcgr_dir /path/to/pcgr/pcgr-0.9.2 --output_dir /path/to/pcgr/output --sample_id tumor_samplr.BRCA --genome_assembly grch37 --input_vcf /path/to/pcgr/pcgr-0.9.2/examples/tumor_sample.BRCA.vcf.gz验证结果:回显信息如下最后查看output文件夹有相关报告生成----结束8 更多资源pcgr-github官网:https://github.com/sigven/pcgr
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1 介绍Personal Cancer Genome Reporter (PCGR) 是一个独立的软件包,用于为精准癌症医学对单个癌症基因组进行功能注释和翻译。目前,它可以解释体细胞 SNV/InDels 和拷贝数畸变。该软件扩展了Ensembl 的变异效应预测器 (VEP) 中的基本基因和变异注释,并通过vcfanno灵活检索了与肿瘤学相关的最新注释,并生成用于临床解释的交互式 HTML 报告。语言:R、Python一句话描述:用于为精准癌症医学对单个癌症基因组进行功能注释和翻译。建议的版本建议使用版本为“pcgr 0.9.2”。2 环境要求硬件要求硬件要求如表2-1所示。表2-1 硬件要求项目说明CPUKunpeng 920GPUNVIDIA Tesla A100 软件要求软件要求如表2-2所示。表2-2 软件要求项目版本下载地址pcgr0.9.2https://github.com/sigven/pcgr/releases/tag/v0.9.2docker20.10.11 python3.6.8https://www.python.org/ftp/python/3.6.8/Python-3.6.8.tgzExagear1.2.1.1https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/ExaGear/ExaGear_1.2.1.1.tar.gz 操作系统要求操作系统要求如表2-3所示。表2-3 操作系统要求项目版本下载地址CentOS8.2https://www.centos.org/download/Kernel4.18.0-193.el8.aarch64https://www.centos.org/download/3 移植规划数据本章节给出pcgr软件在移植过程中涉及到的相关软件安装规划路径的用途及详细说明。表3-1 移植规划数据序号软件安装规划路径用途说明1-基础环境搭建中的各安装包安装路径。参考《HPC解决方案 基础环境搭建指导书》中“安装规划数据”章节。2/path/to/pcgrpcgr的安装规划路径。这里的安装规划路径只是一个举例说明,建议部署在共享路径中。现网需要根据实际情况调整,后续章节凡是遇到安装路径的命令,都以现网实际规划的安装路径为准进行替换,不再单独说明。3/path/to/PYTHON3Python3的安装规划路径。4 配置编译环境前提条件使用SFTP工具将各安装包上传至服务器对应目录下。配置流程表4-1 配置流程序号配置项说明1基础环境搭建参考《HPC解决方案 基础环境搭建指导书》中“安装规划数据”章节。2修改PAGE_SIZE参考4.1修改PAGE_SIZE为4KB3安装docker参考4.2安装docker4安装python3参考4.3安装python35安装Exagear for docker参考4.4安装Exagear for docker 4.1 修改PAGE_SIZE为4KB操作步骤 步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。 步骤 2 执行以下命令创建工作组。groupadd mockbuilduseradd mockbuild -g mockbuild 步骤 3 执行以下命令下载包。wget https://vault.centos.org/7.6.1810/os/Source/SPackages/kernel-alt-4.14.0-115.el7a.0.1.src.rpm 步骤 4 安装相关依赖。yum install -y xmlto asciidoc newt-devel pciutils-develyum install rpm-build redhat-rpm-config asciidoc hmaccalc perl-ExtUtils-Embed pesign xmlto –yyum install audit-libs-devel binutils-devel elfutils-devel elfutils-libelf-devel –yyum install ncurses-devel newt-devel numactl-devel pciutils-devel python-devel zlib-devel -y 步骤 5 安装rpm包。rpm -ivh kernel-alt-4.14.0-115.el7a.0.1.src.rpm注:安装完成后rpm构建工程自动部署在/root/rpmbuild/SPECS/root/rpmbuild/SOURCES 步骤 6 rpmbuild 构建。cd /root/rpmbuild/SPECSrpmbuild -bp --target=$(uname -m) kernel-alt.speccd /root/rpmbuild/BUILD/kernel-alt-4.14.0-115.el7a/linux-4.14.0-115.el7.0.1.aarch64(以实际路径为准)make menuconfig选择Kernel Features-->Page size (64KB)--> Page size (4KB) 保存 #Page size调整为4K。make -j 64make modules_installmake install 步骤 7 重启机器,进入iBMC选择对应的内核进入系统。 步骤 8 验证是否修改成功。getconf PAGE_SIZE回显信息为:4096----结束4.2 安装docker操作步骤 步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。 步骤 2 执行以下命令下载yum-utils包。yum install -y yum-utils 步骤 3 执行以下命令添加docker储存库。yum-config-manager --add-repo https://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo注:若由于证书原因添加不成功,可在/etc/yum.conf文件中加上“sslverify=false”后再添加 步骤 4 执行以下命令安装docker。yum install docker-ce docker-ce-cli containerd.io 步骤 5 执行以下命令启动docker。systemctl start docker 步骤 6 通过运行hello-world 映像验证 Docker Engine 是否已正确安装。docker run hello-world回显信息如下:----结束4.3 安装python3操作步骤 步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。 步骤 2 执行以下命令下载python3.6.8。wget https://www.python.org/ftp/python/3.6.8/Python-3.6.8.tgz 步骤 3 执行以下命令解压安装包。tar xvf Python-3.6.8.tgz 步骤 4 执行以下命令进入解压后目录。cd Python-3.6.8 步骤 5 执行以下命令编译安装Python3。./configure --prefix=/path/to/PYTHON3make -j16make install 步骤 6 执行以下命令设置Python3的环境变量。export PATH=/path/to/PYTHON3/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/path/to/PYTHON3/lib:$LD_LIBRARY_PATH 步骤 7 验证Python3环境是否生效。python3 -V----结束4.4 安装Exagear for docker操作步骤 步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。 步骤 2 执行以下命令下载Exagear安装包。wget https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/ExaGear/ExaGear_1.2.1.1.tar.gz 步骤 3 执行以下命令解压安装包。tar xvf ExaGear_1.2.1.1.tar.gz 步骤 4 安装ExaGear for Docker on CentOS with 4KB该发布件由三个包组成:exagear-core-x64a64-container-<package_version>.aarch64.rpmexagear-core-x32a64-container-<package_version>.aarch64.rpmexagear-utils-<package_version>.noarch.rpm.使用rpm包管理工具yum install完成发布件在ARM64 主机环境下的安装:(注意需要输入对应的版本package_version)yum install exagear-core-x64a64-container-<package_version>.aarch64.rpm exagear-core-x32a64-container-<package_version>.aarch64.rpm exagear-utils-<package_version>.noarch.rpm 步骤 5 制作X86容器的pcgr镜像。下载x86容器镜像到x86系统上,并将其拷贝到你将要用ExaGear运行容器的ARM64主机系统,在安装有docker的x86机器上进行如下操作:docker pull sigven/pcgr:0.9.2 && docker save sigven/pcgr:0.9.2 > docker-pcgr-0.9.2.tar.gz 步骤 6 将docker-pcgr-0.9.2.tar.gz 拷贝至ARM64主机系统上.。 步骤 7 将x86容器镜像加载到ARM64主机系统上的ARM64 docker中。docker load < docker-pcgr-0.9.2.tar.gz 步骤 8 在ARM64主机系统上运行x86 docker容器。docker run sigven/pcgr:0.9.2----结束 5 获取源码操作步骤 步骤 1 下载pcgr安装包“pcgr-0.9.2.tar.gz”。下载地址:https://github.com/sigven/pcgr/releases/tag/v0.9.2 步骤 2 下载pcgr数据包“pcgr.databundle.grch37.20210627.tgz”、“pcgr.databundle.grch38.20210627.tgz”。下载地址:http://insilico.hpc.uio.no/pcgr/pcgr.databundle.grch37.20210627.tgz下载地址:http://insilico.hpc.uio.no/pcgr/pcgr.databundle.grch38.20210627.tgz 步骤 3 使用SFTP工具将安装包和数据包上传至服务器“/path/to/pcgr”目录。----结束6 编译和安装操作步骤 步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。 步骤 2 执行以下命令解压pcgr安装包。tar xvf pcgr-0.9.2.tar.gz 步骤 3 执行以下命令解压pcgr数据包。tar xvf pcgr.databundle.grch37.20210627.tgztar xvf pcgr.databundle.grch38.20210627.tgz 步骤 4 执行以下命令进入解压后pcgr主程序目录。cd pcgr-0.9.2 步骤 5 执行以下命令将数据包目录移动到主程序目录。mv ../date .----结束7 运行和验证操作步骤 步骤 1 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。 步骤 2 执行以下命令创建报告生成目录:mkdir /path/to/output 步骤 3 执行以下命令运行测试:python3 pcgr.py --pcgr_dir /path/to/pcgr/pcgr-0.9.2 --output_dir /path/to/pcgr/output --sample_id tumor_samplr.BRCA --genome_assembly grch37 --input_vcf /path/to/pcgr/pcgr-0.9.2/examples/tumor_sample.BRCA.vcf.gz验证结果:回显信息如下最后查看output文件夹有相关报告生成----结束8 更多资源pcgr-github官网:https://github.com/sigven/pcgr
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【功能模块】【操作步骤&问题现象】1、2、【截图信息】【日志信息】(可选,上传日志内容或者附件)
新入行的初学者
发表于2021-12-14 11:38:45
2021-12-14 11:38:45
最后回复
chuangzhijian@汪汪队
2021-12-14 11:56:38
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查询例子select * from bcp_ods.ods_wa_mforensics_020500 where bsn_no ='3310812021120810031'; 查询结果错误select count(*) from bcp_ods.ods_wa_mforensics_020500 where bsn_no ='3310812021120810031'; 查询结果是正确的返回值如图
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**一、问题现象** 1、按照华为云帮助文档指导安装gsql工具,华为云指导链接如下: https://support.huaweicloud.com/qs-opengauss/opengauss_01_0030.html 安装完成后,gsql -V 能查到具体版本号,说明工具已安装成功。 说明:本文档的gsql安装路径为: /opt/tools  2、验证yum命令是否异常  经确认,使用yum命令会报错。报错信息为:ImportError: /lib64/libcurl.so.4: symbol SSLv3_client_method version OPENSSL_1_1_0 not defined in file libssl.so.1.1 with link time reference **二、问题分析** 1、从报错信息看,OPENSSL_1_1_0的libssl.so库文件中缺少SSLv3_client_method函数的使用。 执行命令:ldd /lib64/libcurl64.so.4 查看引用openssl 库文件的路径 从以下图片可知,openssl库文件的路径为gsql安装路径,即安装gsql设置环境变量后,导致引用的文件路径发生了变化,导致yum命令异常。  2、确认libssl.so.1.1文件路径后,执行nm 命令确认库文件是否定义了SSLv3_client_method函数。 如图可知,当前的库文件未定义SSLv3_client_method函数。  3、查看系统自带的libssl.so.1.1是否定义了SSLv3_client_method函数 nm /lib64/libssl.so.1.1 | grep SSLv3_client_method  **三、解决方案** 1、备份/tmp/tools/lib下的libssl.so libssl.so.1.1 文件 cd /tmp/tools/lib mkdir bak mv libssl.so.1* bak  2、复制/lib64下 libssl.so.1.1 libssl.so.1.1.1文件到/tmp/tools/lib 下 cp /lib64/libssl.so.1.1* /tmp/tools/lib 3、验证yum 命令,yum list *jdk* 正常情况下,yum已经可以正常使用,如出现以下情况  4、查看系统自带的libcrypto.so.1.1是否定义了BIO_dgram_sctp_wait_for_dry函数  5、备份/tmp/tools/lib下的libcrypto.so libcrypto.so.1.1 文件 cd /tmp/tools/lib mv libcrypto.so.1* bak cp /lib64/libcrypto.so.1.1* /opt/tools/lib  6、验证yum 命令,yum list *jdk*  yum 命令已正常使用 **四、说明** 如果本地的libssl.so.1.1 文件也未做函数的SSLv3_client_method的定义,需要下载openssl源码重新进行编译安装。 ./config shared --prefix=/root/test enable-ssl3 enable-ssl3-method make make install 安装成功后,去到/root/test/lib 目录获取需要的 libssl.so libssl.so.1.1 文件替换工具包内的文件。
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